《Cell|补体受体上过敏性毒素结合、激活和信号偏倚的分子基础》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2023-10-20
  • 2023年10月17日,印度理工学院等机构的研究人员在 Cell 上发表了题为Molecular basis of anaphylatoxin binding,activation, and signaling bias at complement receptors的文章。

    补体系统是我们先天免疫反应的关键组成部分,该级联的最终产物过敏性毒素C3a和C5a主要通过两个GPCRsC3aR和C5aR1发挥其生理和病理生理反应。然而,这些受体的配体识别、激活和信号偏倚的分子机制仍不明确。在这里,该研究展示了9种被天然和合成激活的C3aR和C5aR1的低温电子显微镜结构,它们的激动剂激活,揭示了补体过敏毒素的不同结合袋拓扑,并为受体激活和传感器偶联提供了关键的见解。

    该研究还揭示了一种自然发生的机制的结构基础,该机制通过末端精氨酸的蛋白水解和由C5a鉴定的C3aR肽激动剂引起的g蛋白信号偏倚来抑制炎症反应。总之,该研究阐明了补体过敏性毒素受体的内支配作用,并应有助于结构引导的药物发现,以在一系列疾病中靶向这些受体。


  • 原文来源:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867423010747
相关报告
  • 《Nat Chem Bio | 上海药物所揭示过敏毒素识别补体受体系统的分子模式和选择性机理》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-05-12
    •   补体是先天免疫系统的重要组成部分,对于防御微生物感染以及清除免疫复合物和受损细胞至关重要。补体激活过程除了产生攻膜复合物MAC(membrane-attack complex)杀灭病原菌发挥免疫防御之外,同时也产生多种活性物质发挥免疫调节功能,包括被称为过敏毒素的系列碱性肽,例如C3a和C5a。在功能上,过敏毒素既发挥固有免疫防御活性,又同时参与调控获得性免疫中T细胞活性等。   C3a和C5a是重要的炎症介质,两者虽然在氨基酸序列和结构上相似,但却分别特异性结合并激活细胞膜上不同的G蛋白偶联受体(G-protein coupled receptor, GPCR),C3aR和C5aR(C5aR1/ C5aR2)发挥生理功能。C3aR,C5aR1和C5aR2三种补体受体均属于Class A类GPCR,构成GPCR超家族中的补体受体亚家族。C5aR1(CD88)和C5aR2(C5L2或GPR77)为C5aR的两种亚型,二者均可被C5a以高亲和力结合并激活。C3aR和C5aR广泛分布在中性粒细胞和肥大细胞等免疫细胞中,其中,C3aR 与C5aR1 是典型的GPCR,被过敏毒素激活后通过活化G蛋白Gi/o介导下游信号通路,或者介导非G蛋白依赖的β-arrestin信号传导。作为趋化类GPCR,C5aR1与甲酰肽受体(FPRs)、趋化因子受体、白三烯B4受体(BLTRs)和前列腺素D2受体2 (CRTH2)等GPCR在进化上高度同源,共同构成一个Gi偶联的趋化因子受体亚家族,在固有免疫防御以及炎症发生和消除过程中发挥重要作用。与C3aR和C5aR1不同的是,C5aR2并不表现Gi蛋白偶联和信号活性,对β-arrestin信号存在天然的偏向性。   C3a轴和C5a轴信号传导构成补体系统免疫的重要组成部分,在炎症反应发生发展过程中扮演重要角色。过去近二十年的研究发现,补体系统的过度激活以及C3a轴和C5a轴信号通路异常与多种严重的急性或慢性炎症疾病的发生发展密切相关,包括败血症、类风湿性关节炎、哮喘和新冠病毒SARS-CoV-2引起的急性呼吸衰竭等。靶向调节C3a-C3aR和C5a-C5aR相互作用进而干预炎症反应的发生与进程展现出对这些疾病的巨大治疗潜力,同时也是科学研究和治疗炎症相关疾病药物开发的热点。2021年,FDA批准了首个靶向C5aR1的选择性抑制剂Avacopan用于抗中性粒细胞胞质自身抗体相关性血管炎。然而,过敏毒素C3a和C5a如何结合并激活其特异性受体介导信号传递的机制长期处于未知状态,严重制约了相关靶向药物发现进程。   2023年5月11日,中国科学院上海药物研究所徐华强研究员、庄友文副研究员在Nature Chemical Biology发表了最新的研究成果“Revealing the signaling of complement receptors C3aR and C5aR1 by anaphylatoxins”。本研究首先利用冷冻电镜技术方法获得了C3a结合C3aR,无配体结合的C3aR和C5a结合C5aR1分别偶联下游Gi蛋白异源三聚体的高分辨率复合体结构,结合大量突变研究结果,该团队解释了过敏毒素识别补体受体的独特作用机制,由配体结合口袋的拓扑特征介导的选择性机制,以及与趋化因子受体不同的作用模式等科学问题。   C3a 和C5a分别由77和74个氨基酸构成,且含三对分子内二硫键,该研究团队首先尝试了多种外源表达策略和优化手段,实现了具备高生物活性的重组过敏毒素蛋白分子的异源高表达和有效纯化。C3aR的第二个胞外环ECL2具有172个氨基酸,C3aR和C5aR1分别含有多个酪氨酸磺酸化翻译后修饰,这些结构特征赋予了该受体家族难表达、不稳定的特性。该研究团队前期经过大量摸索,包括标签筛选、组装方式、去垢剂优化等技术手段,最终克服了过敏毒素-补体受体复合物不稳定和冷冻电镜样品难进孔等技术难题,获得了分辨率为2.9-3.2埃的电镜结构。   研究发现,C3a 和C5a均以羧基端(C端)插入正构结合口袋的方式识别补体受体,这与趋化因子和甲酰肽等其他多肽趋化类炎症介质以氨基端(N端)插入的方式识别受体的模式不同(甲酰肽受体FPRs能模式化识别含甲酰化甲硫氨酸标记的甲酰肽,参与固有免疫防御和活性调节。研究团队前期报道了甲酰肽受体FPR1和FPR2在甲酰肽和其他多肽炎症分子等激活下的系列结构,揭示了FPRs识别甲酰肽等的保守分子模式和潜在的激活机理等1,2)。结构表明,C3a和C5a的C末端loop区均以“Hook”构象将之锚定到受体的正性结合口袋,并且构成与受体互作的主要界面。该团队通过结构分析,将C3a和C3aR的结合分为两个部分,分别为正性结合口袋和胞外结合域,即“两位点模型”。然而,C5a在此基础上多了与C5aR1的N末端的相互作用,即“三位点模型”,更类似于趋化因子与趋化因子受体的识别模式。C5a与C5aR1的N末端的直接相互作用促使了整个C5a的α螺旋核心区域相对于C3a在C3aR的结合模式偏转了约84°。相比之下,C5a在C5aR1的结合口袋大小比C3a在C3aR中的高出了447 埃3。   C3a和C5a的C端序列,尤其是C末端的精氨酸,对于两者激活各自受体至关重要3,4。该研究结合大量受体和配体的突变功能实验结果,发现C3a 和C5a的C末端精氨酸的侧链插入到补体受体TM6/7附近保守的带负电结合口袋,与受体的D7.35形成静电作用,并与Y6.51形成阳离子-π相互作用,这对补体受体的识别和激活至关重要。通过C3a和C5a的C末端氨基酸互换,发现C3a的C末端对完全激活C3aR具有不可替代性,而C5a的C末端替换为C3a相应的氨基酸(长度为5个氨基酸),依然可以完全激活C5aR1,将替换长度增加为10个氨基酸,则减弱1000倍的亲和力,揭示了C5aR1的胞外端对识别C5a极为关键。这些结果共同阐述了过敏毒素C3a 和C5a保守的分子识别模式,以及各自的受体选择性拓扑结构决定因素,为靶向补体受体C3aR和C5aR1的药物研发提供了结构和功能基础,同时,完善并深化了科学家对补体系统信号传导分子机制的认识。   本项研究中的冷冻电镜数据由中国科学院上海高峰电镜中心收集。上海药物所2018级博士生王悦、2019级硕士毕业生刘卫一为该论文的共同第一作者,庄友文副研究员和徐华强研究员为共同通讯作者,中国科学院上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项、上海市市级科技重大专项、中国科学院特别助理研究项目、上海市自然科学基金面上项目、上海市启明星项目扬帆专项和中国科学院青促会等基金的资助。 全文链接:https://www.nature.com/articles/s41589-023-01339-w 参考文献: 1.Zhuang, Y. et al. Structure of formylpeptide receptor 2-Gi complex reveals insights into ligand recognition and signaling. Nature communications 11, 885, doi:10.1038/s41467-020-14728-9 (2020). 2.Zhuang, Y. et al. Molecular recognition of formylpeptides and diverse agonists by the formylpeptide receptors FPR1 and FPR2. Nature communications 13, 1054, doi:10.1038/s41467-022-28586-0 (2022). 3.Wilken, H.-C., Gotze, O., Werfel, T. & Zwirner, J. C3a (desArg) does not bind to and signal through the human C3a receptor. Immunology letters 67, 141-145 (1999). 4.Cain, S. A. & Monk, P. N. The orphan receptor C5L2 has high affinity binding sites for complement fragments C5a and C5a des-Arg(74). The Journal of biological chemistry 277, 7165-7169, doi:10.1074/jbc.C100714200 (2002).
  • 《上海药物所徐华强课题组合作揭示多巴胺受体D3配体选择性和激活Gi的结构基础》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-03-04
    • 多巴胺(dopamine, DA)是人体中枢神经系统和周围神经系统的主要神经递质之一,通过结合多巴胺受体发挥众多重要的生理功能,包括学习、记忆、认知、奖励、情感、调节情绪和控制运动等1。多巴胺受体属于G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor, GPCR)超家族,包含D1R到D5R共五个受体成员,其中D1R和D5R两个亚型偶联激活型G蛋白(Gs),而D2R、D3R和D4R通过激活抑制型G蛋白(Gi)发挥其生物学功能。多巴胺信号转导的失衡和改变是导致多种精神类疾病的原因之一,这些疾病包括帕金森症(parkinson's disease)、精神分裂症、阿尔兹海默症和亨廷顿氏病等。作为多巴胺受体中重要的成员,D3R是当前帕金森病、药物成瘾和精神分裂等疾病的热门靶点之一。临床用于帕金森病治疗的药物多为D2R和D3R的激动剂,如临床获批用于帕金森病和不安腿综合征(Willis-Ekbom病)治疗的普拉克索(pramipexole)等2,3。普拉克索和小分子激动剂PD128907均能激活D2R和D3R,尤其对D3R亚型表现出优于D2R和D4R的选择性。多年以来,以抗帕金森疾病药物为代表的大部分多巴胺受体激动剂都是以分布更为广泛的D1R和D2R为药物靶点。但是,越来越多的研究表明:D3R更集中地分布在大脑中某些对精神疾病极为关键的部位,例如腹侧纹状体,包括伏隔核,丘脑,海马体和皮质。实际上,内源性配体多巴胺和大部分用于临床治疗的多巴胺受体激动剂药物,都表现出对D3R亚型更高的亲和力。这些都表明D3R受体在精神疾病的发生发展和药物开发中的重要地位和价值。通过对D3R受体进行结构药理学研究揭示配体选择性的分子机制对理解D3R激活和设计高效低毒的多巴胺受体靶向药物具有重要的理论意义和应用价值。目前尽管已有若干多巴胺受体亚型的高分辨率结构获得解析,包括D2R,D3R和D4R与拮抗剂结合复合物的晶体结构和D2R与激动剂复合物的冷冻电镜结构等。然而,D3R与激动剂结合复合物的结构仍未获得解析,极大地限制了人们对D3R配体识别和受体激活机制的理解,成为了制约基于结构的靶向D3R受体药物研发的瓶颈。   2021年2月5日,中国科学院上海药物研究所徐华强研究员和程曦副研究员、浙江大学医学院与浙江省良渚实验室张岩研究员、以及北卡罗来纳大学教堂山分校Bryan L. Roth教授等共同在Molecular Cell杂志上在线发表了他们最新的研究成果“Structures of the human dopamine D3 receptor-Gi complexes”,首次解析了D3R分别与帕金森病治疗药物普拉克索和小分子激动剂PD128907,以及抑制型Gi蛋白复合物的高分辨率冷冻电镜结构,揭示了配体选择性识别和激活D3R的分子机制。 研究团队采用单颗粒冷冻电镜分别对帕金森病治疗药物普拉克索和小分子激动剂PD128907激活D3R后形成的复合物分别进行了结构重塑,最终解析了D3R在两种配体激活情况下与Gi蛋白的复合物结构。其中,普拉克索与D3R-Gi复合物结构的分辨率为3.0埃;PD128907与D3R-Gi复合物结构的分辨率达到了2.7埃,代表了当前A型GPCR冷冻电镜结构研究的最高解析度(图1)。 通过比对D3R受体分别与普拉克索和PD128907两种激动剂结合的结构细节,研究团队发现了两种小分子激动剂与受体结合具有明显的特征区别;通过与D2R和D4R激活结构的比对分析发现,结合口袋中TM6上的6.55位组氨酸的空间位置是决定配体对多巴胺受体亚型D2R、D3R和D4R选择性的决定性因素;研究同时对多巴胺受体各亚型偶联下游Gs和Gi选择性的机制进行了探讨,发现受体TM6上的三个特定位置的差异残基(6.31, 6.36和6.38位)是导致不同多巴胺受体亚型选择性偶联Gs或Gi的决定因素,这与徐华强研究员团队在2018年报道的Rhodopsin-Gi结构所揭示的Gs/Gi选择性机制相符合4;研究进一步发现,D3R与其他Gi偶联GPCR类似,均通过高度相似的静电相互作用类型偶联下游Gi蛋白;此外,研究揭示了多巴胺受体偶联Gi和Go这两类高度保守的G蛋白类型选择偏向性的分子基础。D3R具有Go蛋白的选择偏向性,而D2R对Gi蛋白具有更高的选择性。通过对D2R和D3R的结构观察发现,D3R的TM6相对D2R更具刚性,摆动幅度更小,导致产生了更小尺寸的跨膜螺旋胞内口袋,而Go蛋白相对Gi具有相对更小的氨基酸侧链,因此D3R较D2R表现出更为显著的Go蛋白偶联偏向性(图2)。 综上所述,团队利用单颗粒冷冻电镜技术首次解析了选择性D3R激动剂、D3R受体与效应G蛋白的复合物结构,从而在原子分辨率上详细阐释了D3R受体选择性识别配体,被激活后与G蛋白偶联的分子机制。该成果阐述了多巴胺受体D3R配体识别选择性和激活机制等重要的生物学问题,也为开发以多巴胺受体为靶标的选择性药物提供了重要的结构模型。   冷冻电镜数据在浙江大学冷冻电镜中心收集。研究工作同时得到了中国科学院上海药物研究所蒋华良院士和余学奎研究员,以及美国温安洛研究所的Karsten Melcher教授的帮助。上海药物研究所与浙江大学基础医学院联合培养博士生徐沛雨、上海药物研究所与上海科技大学联合培养博士生黄思婕、浙江大学基础医学院博士后毛春友和北卡罗来纳大学教堂山分校的Brian E. Krumm为本文共同第一作者。浙江大学为第一完成单位。该工作获得了上海市市级科技重大专项、科技部重点研发计划、中国科学院先导项目、国家自然基金委、浙江省自然基金委等的资助。