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《全球病原学分析确定了12个物种的已知和候选遗传抗微生物药物耐药性决定因素》

  • 来源专题：农业生物安全
  • 编译者： 刘小燕
  • 发布时间：2023-12-10

  • 用于管理抗菌素耐药性 （AMR） 的监测计划已经产生了数千个适合数据驱动机制发现的基因组。我们提出了一个整合了泛基因组学、基因注释和机器学习的工作流程，以大规模识别 AMR 基因。当应用于12个物种，27,155个基因组和69种药物时，我们（1）发现AMR基因转移主要局限于相关物种内，多个物种中有925个基因，但多个系统发育类别中只有8个基因；（2）发现面向发现的支持向量机在恢复已知AMR基因方面优于当代方法，恢复263个基因，而Pyseer恢复了145个基因；（3）确定了142个AMR候选基因。在大肠杆菌BW25113中对两种候选药物的验证揭示了条件耐药的情况:ΔcycA在含有d -丝氨酸的最小培养基中产生环丙沙星耐药，frdD V111D在ampC存在时通过修饰重叠启动子产生氨苄西林耐药。我们希望这种方法适用于其他物种和表型。

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41467-023-43549-9
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相关报告

  • 《跟踪抗微生物药物耐药性的全球传播》
    • 来源专题：食物与营养
    • 编译者：李晓妍
    • 发布时间：2023-03-14
    • 一个国际研究小组提供了有价值的新信息，说明是什么推动了细菌中负责抗微生物药物耐药性(AMR)的基因的全球传播。这项合作研究由Quadram研究所和东安格利亚大学的研究人员领导，汇集了来自法国、加拿大、德国和英国的专家，将为应对抗生素耐药性的全球挑战提供新的信息。通过检查2008年至2016年间收集的约2000种耐药细菌(主要是大肠杆菌)的全基因组序列，研究小组发现不同类型的AMR基因在时间动态上有所不同。例如，有些病毒最初在北美发现并传播到欧洲，而另一些病毒则从欧洲传播到北美。这项研究不仅研究了来自不同地理区域的细菌，还研究了来自人类、动物、食物(肉类)和环境(废水)等不同宿主的细菌，以确定这些独立但相互关联的因素是如何影响AMR的发展和传播的。理解这种相互联系体现了“同一个健康”方法，对于理解传播动态和耐药基因传播机制至关重要。这项研究得到了抗微生物药物耐药性联合规划倡议(JPIAMR)的支持，这是一个涉及29个国家和欧盟委员会的全球合作项目，其任务是扭转抗微生物药物耐药性的趋势。如果没有全球范围内的协调一致努力，抗生素耐药性无疑将使数百万人更容易受到目前可以用抗微生物药物处理的细菌和其他微生物的感染。
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  • 《顺铂耐药性的遗传因素》
    • 来源专题：重大新药创制—内分泌代谢
    • 编译者：李永洁2
    • 发布时间：2016-10-14
    • 一项新公布的基因测序研究显示，TP53和MDM2与顺铂治疗男性晚期生殖细胞肿瘤（GCTS）预后不良相关。数据表明，这些患者的遗传分析可以用来提高风险分层并确定替代的治疗策略的目标。 约20% -30% 的转移性生殖细胞肿瘤男性初始治疗是以顺铂化疗为主。决定顺铂耐药的潜在遗传变异大多数还未清楚。为了解决这种不确定性，Darren R. Feldman在Memorial Sloan Kettering癌症中心带领一个团队对基因序列104顺铂耐药和76顺铂敏感的全外显子进行测序。 在最初的样本研究中发现，10位顺铂耐药患者中有5位患者TP53有基因突变或者MDM2的扩增或者P53基因负调控（P=0.033），但是最初样本中的9位顺铂敏感患者全都无此现象。在161 GCTS前瞻性验证队列中，顺铂耐药GCTS男性的TP53或MDM的基因改变比顺铂敏感GCTS男性更为显著(21.3% vs 3%; P = 0.001)。 研究基因突变与临床病理特征数据集之间的关联，其结果显示，TP53或MDM2基因显著突变的男性的无进展生存期显著缩短（P <0.001）。在多变量分析中，TP53或MDM2突变是基于铂一线治疗后基本进展的独立预测因子（P = 0.016）。 该研究小组正在继续其他的遗传因素，除了MDM2的突变外，可能的目标包括PI3K的成员和RAS途径，如RAC1。
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