《Nature | cGAS核内降解的分子机制》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-02-29
  • 2024年2月28日,瑞士洛桑联邦理工学院Andrea Ablasser教授团队在Nature期刊上发表题为The CRL5–SPSB3 ubiquitin ligase targets nuclear cGAS for degradation的文章。

    文章首先通过活细胞成像和定量图像细胞分析(QIBC)技术发现在细胞有丝分裂时,胞质中的cGAS会完全结合到染色质上,然后集中于子细胞的细胞核内。随着细胞周期的推移,子细胞中的核cGAS不断减少,而胞质中的cGAS增加。尽管通常认为这是核内cGAS转运到胞质中的结果,但通过光转化荧光标签的追踪发现,核cGAS实际上从未转运到细胞质中,而是在细胞核内被降解。通过大规模RNAi沉默筛选,研究者发现泛素化连接酶复合物CUL5,以及一个尚未被研究过的受体SPSB3对cGAS的核内降解起着重要的调节作用。

    通过冷冻电镜三维重构技术,研究者成功解析了核小体NCP-cGAS-SPSB3复合物的结构。他们发现,受体SPSB3能够特异性识别cGAS C端末尾的一个在脊椎动物中保守的NN序列。利用CUL5复合物家族已知的结构,研究者构建了cGAS和SPSB3-CUL5-RBX2-ARIH2-UBiquitin泛素连接酶复合物的完整结构模型。在这个模型中,研究者观察到cGAS含有一个保守的赖氨酸对“KK”(lysine pair),紧邻泛素化酶的活性位点。通过质谱分析和体外泛素化筛选,研究者确认了这个保守的赖氨酸对是cGAS被泛素化降解的关键修饰位点。

    通过对cGAS的SPSB3识别位点NN、以及泛素化位点KK进行突变,研究者观察到突变后的cGAS在细胞核中大量积累,并引发了干扰素相关基因的激活。相对于野生型而言,通过mRNA转染表达的降解抵抗突变型cGAS,在癌细胞中的留存以及免疫激活时间增强了四倍以上,为癌症免疫疗法提供了一个新的潜在的工具。

    总的来说,该研究通过对cGAS在分子和细胞水平的深入研究,详细探讨了其在胞质中翻译生成后,如何依赖于细胞周期进行转运和降解,并详细解释了在细胞核中被泛素化降解的分子机制。这一研究系统性地阐述了cGAS在维持细胞免疫稳态方面的重要作用,除了核小体抑制之外,还强调了cGAS通过核内降解来维持免疫平衡的必要性。这为激活或抑制自身免疫系统提供了新的思路,对于免疫学领域具有重要的意义。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07112-w
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  • 《Science:从结构上揭示I型CRISPR-Cas系统降解靶DNA机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-07-11
    • 作为最流行的CRISPR 系统,I型CRISPR-Cas的特征是有序的靶标搜索和降解。首先,多亚基监测复合物Cascade(用于抗病毒防御的CRISPR相关复合物)识别相匹配的两侧具有最佳的前间区序列邻近基序(protospacer-adjacent motif, PAM)的双链DNA靶标,促进CRISPR RNA(crRNA)和靶DNA链之间形成异源双链体,并将非靶DNA链置换掉,从而导致在靶位点上形成R-环(R-loop)。随后,将具有解螺旋酶活性和核酸酶活性的酶Cas3特异性地招募到Cascade/R-loop上并切割和渐进性地降解靶DNA链。来自褐色嗜热裂孢菌(Thermobifida fusca, Tfu)的I-E型Cascade/R-loop和Cas3/单链DNA(ssDNA)复合物的高分辨率结构阐明了PAM识别和R-环形成机制。然而,Cas3招募、DNA切割和降解机制仍然是难以捉摸的。 在一项新的研究中,来自美国康奈尔大学和哈佛医学院的研究人员重建出TfuCascade/R-loop/Cas3(即来自褐色嗜热裂孢菌的Cascade/R-loop/Cas3)三元复合物,并利用单颗粒低温电镜技术(cryo-EM)解析出它在R-环切割前状态和R-环切割后状态下的结构。这些结果为理解I型CRISPR-Cas系统中crRNA指导的DNA降解提供了结构基础。相关研究结果发表在2018年7月6日的Science期刊上,论文标题为“Structure basis for RNA-guided DNA degradation by Cascade and Cas3”。 这些研究人员解析出TfuCascade/R-loop/Cas3在非靶DNA链切割前状态下的分辨率为3.7埃的低温电镜图。Cas3的结合不会引起形成R-环的Cascade复合物发生进一步构象变化,这提示着Cascade-Cas3相互作用在很大程度上是一种构象捕获机制而不是一种诱导契合机制。Cas3-Cascade相互作用完全是由Cascade中的Cse1亚基介导的。Cas3对Cascade的识别是由于与Cascade/R-loop在电荷和表面轮廓上是互补的,但与Cascade的种泡状态(seed-bubble state)并不是互补的。这是因为在R-环充分形成之前,Cse1的C-末端结构域处于一种替代性方向。通过与Cse1的两个结构域进行广泛接触,Cas3能够检测Cse1的表面轮廓发生变化,从而排斥处于这样的功能状态下的Cascade。有条件地将Cas3招募到Cascade上就能够避免错误靶向仅具有部分互补性的DNA。 再者,这些研究人员提供了直接的证据表明一种底物移交机制对I-E型CRISPR干扰是至关重要的。Cas3的HD核酸酶结构域直接捕获非靶DNA链用于链切割,而且这种作用完全绕过了它的解旋酶结构域。这种底物捕获依赖于非靶DNA链中存在的柔性凸起,而且这种切割位点偏好性是由这种招募通路预先确定的。 这些研究人员进一步解析出TfuCascade/R-loop/Cas3在非靶DNA链切割后状态下的分辨率为4.7埃的结构,这就允许他们鉴定出与这种链切割反应相伴随的结构变化。这种结构揭示出由于增加的柔性,R环区域中的完整非靶DNA链消失了。一旦腺苷5'-三磷酸(ATP)水解,与PAM相邻的一半非靶DNA链自发地重新定位到Cas3中的解旋酶结构域的开口处。因此,在ATP水解时,Cas3的解旋酶结构域让非靶DNA链通过它自身并进一步进入Cas3的HD核酸酶结构域,从而进入一种渐进性DNA降解模式。 总之,这些研究人员描述了导致I-E型CRISPR干扰的分子事件的结构-功能特征。CRISPR干扰的出现在Cas3招募步骤中受到严格控制,从而降低脱靶效应。然而,当切割非靶DNA链时,I型CRISPR-Cas系统在靶标破坏方面表现优异,这是因为Cas3渐进性地降解DNA而不是停下来产生双链DNA断裂。这些特征可能解释着为什么I型CRISPR-Cas系统进化成为自然界中最常见的CRISPR-Cas系统。观察I型CRISPR-Cas系统是否可能转化为一种具有与Cas9不同的实用性的基因组编辑工具将是令人关注的。
  • 《蛋白质快速降解分子工具再升级》

    • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
    • 编译者:陈方
    • 发布时间:2020-04-08
    • 细胞功能依赖于蛋白质的功能,而这些蛋白质功能受到干扰往往会导致疾病的产生。细胞生物学研究的核心目标是确定单个蛋白质的功能以及它们的干扰如何导致疾病。 蛋白质功能研究的一种常用方法是将蛋白质快速地从细胞中去除然后观察其变化。在过去几年中,研究人员已经开发出几种技术来实现这一目标。其中一种技术被称为生长素诱导降解因子(auxin-inducible degron,AID)。该方法利用一类植物激素的信号传导来快速降解细胞中的单个蛋白质。然而,非生长素诱导的基础降解和生长素诱导降解的低效性往往限制了该方法的应用。 2019年8月26日,芬兰赫尔辛基大学在Nature Methods上发文表示,他们设计了一种更加高效的AID系统,由生长素受体F-box蛋白At AFB2和短降解因子miniIAA7组成。该系统改善了生长素依赖性,使基础降解减少到最小,并且能够在1小时内快速诱导降解内源性人跨膜、细胞质和核蛋白等多种类型的蛋白质,具有强大的功能表型。 研究人员通过优化AID系统的功能扩展了该技术的潜在用途。目前,该技术主要用于基础研究领域,随着基因技术的进步,它还有助于拓展新型诊断和治疗方法。