《研究者通过逆向生物合成扩展生物的合成途径》

  • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
  • 编译者: 陈方
  • 发布时间:2021-03-08
  • 研究者通过逆向生物合成扩展生物合成途径
    2021年1月8日Nature Communication报道,韩国科学技术院(KAIST)研究者通过结合逆向生物合成和前体选择步骤,设计了首个短链伯胺的生物合成途径,短链伯胺在化学工业中具有广泛的应用。该方法为系统设计生产化学物质的生物合成途径的提供了一种新策略。
    利用微生物可生产的化学物质的范围随着系统代谢工程学的发展而不断扩大,但是目前在工业上具有重要用途的短链伯胺至今尚未有生物学生产方法的报道。短链伯胺(Short-chain primary amines ,SCPAs)是氨(NH3)中一个氢原子被碳链长度从1到7的烷基或芳基取代所形成的分子。SCPAs已经广泛应用在化学工业,如作为药物的前体(治疗糖尿病药和抗高血压的药物)、农用化学品(如除草剂、杀菌剂和杀虫剂)、溶剂、橡胶硫化促进剂和增塑剂。
    短链伯胺尚无法生物生产的主要原因是由于其生物合成途径还未知。此次,研究团队通过结合逆向生物合成和前体选择步骤,为短链伯胺设计了合成生物合成途径。研究者首先确定的15种目标SCPAs的直接前体,再利用编码缬氨酸脱羧酶的vlmD在体外和体内从前体生成SCPAs,表达异源vlmD的大肠杆菌可以利用其直接前体产生其中10种SCPA。此外,代谢工程的大肠杆菌菌株被开发出来,从葡萄糖产生代表性的SCPA,包括通过批次投料培养可以生产10.67g/l的异丁胺。
    吴晓燕  编译自https://phys.org/news/2021-01-biosynthetic-pathway-retrobiosynthesis.html
    原文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-020-20423-6
    原文标题:Microbial production of multiple short-chain primary amines via retrobiosynthesis

相关报告
  • 《研究探明呋喃脂肪酸生物合成路径》

    • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
    • 编译者:陈方
    • 发布时间:2020-09-10
    • 脂肪酸在细胞生存代谢中都发挥重要作用。呋喃脂肪酸(Furan fatty acids,FuFAs)普遍存在于植物、鱼类和微生物的脂质中,在保护细胞膜免受侵害过程中发挥重要作用,还具有抗氧化、抗炎活性以及对非酶类脂质过氧化的抑制作用。作为一种特殊的长链脂肪酸,FuFA还可以作为燃料、润滑剂、药物和食品添加剂等产品的生物基原料,成为石油基产品有潜力的可持续替代方案。 2020年7月17日Journal of Biological Chemistry报道,美国威斯康星大学麦迪逊分校的研究者结合化学、遗传学和合成生物学方法,破译了两种α-变形杆菌(Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 和Rhodopseudomonas palustris CGA009)中关于单甲基化FuFA、9M5-FuFA(即methyl 9-(3-methyl-5-pentylfuran-2-yl) nonanoate)及其二甲基对应物——9D5-FuFA(即methyl 9-(3,4-dimethyl-5-pentylfuran-2-yl) nonanoate)的生物合成过程。 研究者发现FuFA生物合成的每个步骤都在已存在的磷脂脂肪酸链上进行,研究还确定了催化9M5-FuFA和9D5-FuFA合成的途径中间体和基因产物。一种以前未知的途径中间体是11Me-10t,12t-18:2(即(10E,12E)-11-methyloctadeca-10,12-dienoic acid),是由一种新鉴定的脂肪酸去饱和酶UfaD将11Me-12t-18:1(即(11E)-methyloctadeca-11-enoic acid)转化形成。研究还表明,氧气是9M5-FuFA呋喃环中氧原子的来源,说明O2衍生的氧原子可以通过蛋白质UfaO掺入9M5-FuFA中,使用11Me-10t,12t-18:2脂肪酸磷脂链为底物。研究者发现R. palustris中还包含SAM依赖性甲基化酶FufM,该酶将9M5-FuFA转化成9D5-FuFA。 这些结果揭示了9M5-FuFA和9D5-FuFA生物合成的细菌途径中中间体的生化序列,并提示在其他生物体中存在同源酶在FuFA生物合成中发挥作用。                                 吴晓燕 编译自https://phys.org/news/2020-07-bioenergy-discovery-paves-production-hydrocarbon.html 原文链接:https://www.jbc.org/content/295/29/9786 原文标题:A bacterial biosynthetic pathway for methylated furan fatty acids
  • 《Cell | 肠道共生体通过次级胆汁酸生物合成途径缓解MASH》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-04-24
    • 2024年4月22日,北京大学医学部基础医学院/北京大学第三医院医学创新研究院姜长涛教授团队、北京大学第三医院乔杰院士团队、北京大学第三医院庞艳莉团队、温州医科大学附属第一医院郑明华团队以及北京大学医学部药学院贾彦兴团队合作,在Cell杂志在线发表了题为Gut symbionts alleviate MASH through a secondary bile acid biosynthetic pathway的研究论文。 该研究构建了基于点击化学富集策略结合非靶向代谢组学方法的次级胆汁酸挖掘体系,发现肠道菌群对胆汁酸的全新修饰类型—3-酰基化修饰,并在菌群、小鼠、人群三个维度系统地检测了7种3-酰基化胆汁酸的丰度及流行率。通过分离培养建构肠道菌株库及大规模筛选,研究团队发现单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)是3-琥珀酰胆酸(3-sucCA)主要产生者。进一步,通过基于活性的蛋白追踪纯化策略,研究团队挖掘出3-sucCA的合成酶——“BAS-suc”。最后,临床队列提示3-sucCA与代谢相关脂肪性肝炎(MASH)进程呈显著的负相关性。研究团队深入解析了3-sucCA对MASH进程的改善作用与分子机制,发现其通过菌群重塑—促进益生菌嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akkermansia muciniphila)的生长,改善肠屏障损伤,降低慢性低水平炎症,从而逆转小鼠的MASH进程。