《从全球视角解读SARS-CoV-2(新型冠状病毒)毒株的致死作用:分子发病机制与进化差异》

  • 来源专题:实验室生物安全
  • 编译者: 张虎
  • 发布时间:2020-05-13
  • 检索不同国家发布的不同病毒株全基因组测序的可用数据,然后使用多重序列比对和成对序列比对进行分析,从而构建系统树。深入筛选每个位置和相应的遗传变异。然后在蛋白质水平上分析变异,特别强调非同义氨基酸取代。将不同国家的病死率与突变数,核苷酸改变的稀有性以及蛋白质水平上非同义变化的功能影响进行了单独或组合的匹配。结果发现所有病毒株均来自台湾的病毒株(MT192759),与武汉的祖先SARS-CoV-2序列(NC 045512.2;于2020年1月5 日提交)100%相同。

  • 原文来源:http://biorxiv.org/content/early/2020/04/09/2020.04.06.027854.abstract
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    • 编译者:张虎
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    • 在过去的二十年中,全世界经历了三起冠状病毒爆发,发病率上升。当前,全球社会正面临着Beta冠状病毒属的新兴病毒SARS-CoV-2病毒爆发,该病毒似乎比SARS-CoV更易传播,但致命性更低。当前的这项研究目的是在追踪SARS-CoV-2.进化祖先和不同的进化策略。我们的全基因组分析表明,SARS-CoV-2是蝙蝠SARS / SARS状CoV的后代,蝙蝠充当了天然宿主。 SARS-CoV-2使用突变和重组作为包膜,膜,核衣壳和刺突糖蛋白等不同基因组区域的关键策略,成为一种新型的传染原。我们证实,SARS-CoV-2不同基因组区域中的突变对病毒繁殖适应性具有特定影响,从而可以在快速变化的环境中进行基因型调整和适应。此外,我们首次在SARS-CoV-2中鉴定了九种推定的重组模式,其中包括尖峰糖蛋白,RdRp,解旋酶和ORF3a。在S基因中发现了六个重组区,这无疑对进化存活很重要,与此同时,这使得病毒可以修饰表面抗原性,从而找到一种从动物免疫侦察中适应人类宿主的方法。通过这些自然选择的策略,SARS-CoV-2成为人类社会中的一种新型病毒。
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