根据对基因组数据的初步分析，一种高致病性禽流感病毒株已经在美国牛群中悄悄传播了几个月。疫情可能始于病毒从受感染的鸟类跳到牛身上，可能是在去年12月底或1月初左右。这意味着该病毒的传播时间旷日持久，未被发现，这表明在美国各地甚至邻近地区，感染禽流感的牛比目前报告的要多。
这些结论是基于4月21日总部设在华盛顿特区的美国农业部（USDA）将基因组数据转储到公共存储库后的快速分析。但令科学家沮丧的是，这些数据并不包括能够揭示疫情起源和演变的关键信息。研究人员还表示担心，直到3月25日宣布疫情爆发近四周后，基因组数据才公布。
南非斯泰伦博斯大学（Stellenbosch University）的生物信息学家图里奥·德·奥利维拉（Tulio de Oliveira）说，对于可能引发大流行的快速传播的呼吸道病原体来说，共享数据的速度尤为重要。牛的爆发不应该使病毒能够在人与人之间传播，但研究人员表示，保持警惕很重要。
“在疫情应对中，你获得数据的速度越快，你就能越早采取行动，”马里兰州贝塞斯达美国国家生物技术信息中心（NCBI）的基因组流行病学家玛莎·尼尔森说。尼尔森补充说，随着时间的流逝，控制疫情的窗口正在缩小。“对我们来说，我们是否还不算太晚，这是一个价值百万美元的问题。单次溢出美国联邦官员于3月25日宣布，在奶牛中发现了一种高致病性禽流感菌株。截至4月30日，美国农业部已确认在9个州的34个奶牛群中感染了名为H5N1的毒株。3月底和4月初，美国农业部在广泛使用的存储库GISAID上发布了一些来自德克萨斯州奶牛样本的病毒序列和来自人类病例的序列。
4月21日，美国农业部在NCBI维护的序列读取档案库（SRA）上发布了更多测序数据。最新上传的数据包括来自239种动物的约10千兆字节的测序信息，包括牛、鸡和猫，加利福尼亚州拉霍亚斯克里普斯研究所的计算生物学家Karthik Gangavarapu说。
各国如何利用基因组学帮助避免第二波冠状病毒浪潮基因组分析表明，牛的爆发可能始于去年12月或1月初从野生鸟类中引入的一次。“好消息是，到目前为止，我们只能辨别出一次跳跃。但坏消息是，在许多方面，它可能已经传播了几个月，“图森亚利桑那大学的进化生物学家迈克尔·沃罗比说。
“这种病毒显然以某种方式在奶牛之间传播，”费城宾夕法尼亚大学的进化病毒学家Louise Moncla说。
尼尔森说，她最惊讶的是感染牛的病毒的遗传多样性程度，这表明病毒有几个月的进化时间。她说，这些突变包括病毒蛋白部分的变化，科学家们认为这种变化可能与在哺乳动物中传播的适应有关。
数据还显示，偶尔会从受感染的奶牛跳回鸟类和猫。“这是一次多宿主爆发，”尼尔森说。
文献信息：doi: https://doi.org/10.1038/d41586-024-01256-5
