2012年在菲律宾开始进行手足口病（HFMD）监测，国家脊髓灰质炎和其他肠道病毒实验室为监测提供实验室支持。卫生部将手足口病定义为任何个体，患有急性发热性疾病，手掌和足底出现丘疹或斑丘疹，口腔内有或没有水疱病变。关于手足病毒71（EV71）在手足口病中的流行病学知识很多，但菲律宾的数据尚未确定。此前该国的肠道病毒研究仅针对急性弛缓性麻痹（AFP）和环境样本。从2012年到2017年，使用常规的半巢式平板肠道病毒RT-PCR对来自菲律宾17个地区的3,021个样本进行了测试，目标是5'非翻译区（5'UTR），以筛选是否存在肠道病毒并随后测试针对VP1区域的EV71。 2014年，包括针对VP1区域的柯萨奇病毒A6（CA6）和柯萨奇病毒A16（CA16）。为了确定2012 - 2013年流行的CA6和CA16的存在，对具有代表性的样本进行了回顾性筛选。对EV71阳性的所有样品进行测序，跨越完整的VP1序列（981bp）并进行系统发育分析以鉴定亚基因组。大多数转诊样本检测为肠道病毒阳性，占74％（2232/3021）。其中，76.7％被确定为CA6（1101/1436），8.9％为CA16（128/1436），3％为EV71（62/2232）。 CA6的增长趋势已从2012年的62％上升至2017年的88％，而CA16则逐渐下降，从2012年的15％降至2017年的0.9％。CA6是2012年至2017年菲律宾最常见的导致手足口病的肠道病毒。
