《非切割DNA型CRISPR/Cas9疗法逆转了多种疾病》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2017-12-13
  • 基因组编辑的最好方式是不直接切割DNA,造成潜在有害突变的双链断裂(double-strand break,DSB)。但是大多数情况下,普通CRISPR/Cas9基因编辑系统都会产生DSB。最新一期《Cell》描述了一种专注改变基因表达的改良版“表观基因组编辑CRISPR/Cas9系统”,很好地避免了这个问题,也许更适合临床应用

    去年《Genome Biology》就有文章预测,表观基因组编辑逐渐升温,人们希望操纵染色质和表观遗传修饰,借此研究细胞功能和治疗疾病。其中,表观基因组编辑的核心原理是将功能元件招募到目标DNA区域。前两年这种方法尚处于探索阶段,如今越来越多科学家们在动物体内证实了它的有效性。革命性发现——基因表达调控常规操作将被重写!

    12月7日,Salk研究所的科学家在《Cell》发表文章,在人类疾病小鼠模型中证实了这种新工具的高效性:保持了DNA的完整性,它成功激活了靶基因。文章描述,这种新系统改善了糖尿病、肌肉萎缩症和急性肾病小鼠的病情。

    本质上,转录机器应该位于相关DNA区域以促进相关基因表达。类似地,为了不引入潜在有害突变,这种原理也可以用来激活任何基因或基因通路。

    “我们采用改良后的单链向导RNAs,招募Cas9和转录激活复合物至靶位点,”文章作者写到。“这是一个稳健的系统,通过反式-表观遗传调制(trans-epigenetic modulation),可在体内激活内源靶基因。”

    这项技术的主要理念是利用两种腺相关病毒(AAVs)将遗传改造机器引入出生后的小鼠体内。研究人员先将Cas9酶基因插入其中一种AAV,再将一种为特定基因位点而设计的短单向导RNA(short single guide RNA,sgRNA)和一个转录激活因子插入另一种AAV,让sgRNA结合一个转录激活因子辅助Cas9酶工作。

    与常见的CRISPR/Cas9系统向导RNA(20nt)相比,这种sgRNA更短,只有14nt或15nt。因此,该版本的Cas9无法切割DNA。

    “革命性技术CRISPR/Cas9帮助人们取得了许多在过去难以想象的进步,尽管有新技术加持,遗传学领域依然存在一个很难跨越的瓶颈:细胞的DNA链受到剪切,细胞就有可能引入有害新突变,”文章通讯作者Salk研究所生物学教授Juan Carlos Izpisua Belmonte说。

    “我们想用更有效的基因治疗,不必剪切DNA就能改变细胞命运,”文章一作Fumiyuki Hatanaka解释道。

    这篇文章最引入注目的地方是,研究小组利用这种新方法逆转了几种疾病模型的病情!

    在急性肾病小鼠模型中,他们通过激活已经受损的或被沉默的基因,恢复了小鼠正常肾功能。他们还诱导小鼠肝细胞分化为胰腺样细胞,制造出了胰岛素,部分挽救了I型糖尿病小鼠。在肌肉萎缩症(已知的基因突变疾病)小鼠模型中,研究人员没有试图去纠正突变基因,而是增强了同一基因途径中其他基因的表达量以补偿受损基因,虽然突变基因依然存在,但小鼠肌肉功能却奇迹般地恢复了。彻底阻止1型糖尿病

    初步数据表明,该技术非常安全,不会产生不必要的基因突变。在引入临床检测之前,研究人员将继续进行更多检测,以确保它的安全、实用和有效。

    Belmonte认为,这种技术对治疗阿尔兹海默症和帕金森等神经障碍极具潜力。他预见,正如它可以恢复肾病、肌肉和胰岛素分泌功能障碍小鼠,它也可以恢复神经细胞,不久的将来我们也许就能在人类患者身上重现奇迹。

  • 原文来源:http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)31247-3
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  • 《两篇Nature Medicine揭示一种新型CRISPR/Cas9疗法有望治疗早衰症》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:huangcui
    • 发布时间:2019-02-28
    • 衰老是导致包括心脏病、癌症和阿尔茨海默病在内的许多衰竭性疾病的主要风险因素。这使得对抗衰老疗法的需求变得更加迫切。如今,在一项新的研究中,来自美国沙克生物研究所的研究人员开发出一种新的基因疗法来帮助减缓这种衰老过程。相关研究结果于2019年2月18日在线发表在Nature Medicine期刊上,论文标题为“Single-dose CRISPR–Cas9 therapy extends lifespan of mice with Hutchinson–Gilford progeria syndrome”。 这些研究结果重点介绍了一种新的CRISPR/Cas9基因组编辑疗法。它能够抑制哈钦森-吉尔福德早衰症综合征(Hutchinson-Gilford progeria syndrome)小鼠模型中观察到的加速衰老。作为一种罕见的遗传疾病,哈钦森-吉尔福德早衰症综合征也折磨着人类。这种疗法对参与加速衰老的分子通路以及如何通过基因疗法减少有毒蛋白积累提供了重要见解。 论文通讯作者、沙克生物研究所基因表达实验室教授Juan Carlos Izpisua Belmonte说,“衰老是一种复杂的过程,在这种过程中,细胞开始失去它们的功能,因此找到有效的方法来研究衰老的分子驱动因素对我们来说至关重要。早衰症是一种理想的衰老模型,这是因为它允许我们设计干预措施,对它进行优化并再次快速测试。” 由于早期发作和快速进展,早衰症是由LMNA基因突变引起的一组退行性疾病中的最严重形式之一。患有早衰症的小鼠和人类都表现出许多衰老的迹象,包括DNA损伤、心脏功能障碍和寿命显著缩短。LMNA基因通常在细胞内产生两种相似的蛋白:核纤层蛋白A(lamin A)和核纤层蛋白C(lamin C)。早衰症将核纤层蛋白A的产生切换到早衰蛋白(progerin)的产生。早衰蛋白是核纤层蛋白A的一种缩短的有毒形式,它随着年龄的增长而累积,并且在早衰症患者中加剧产生。 论文共同第一作者、Izpisua Belmonte实验室研究员Hsin-Kai Liao说,“我们的目标是减少LMNA基因突变导致细胞内的早衰蛋白积累而产生的毒性。我们推断早衰症可通过CRISPR/Cas9靶向破坏核纤层蛋白A和早衰蛋白来加以治疗。” 这些研究人员利用CRISPR/Cas9系统将基因疗法递送到表达Cas9的早衰症小鼠模型的细胞中。为此,他们采用了含有两种合成向导RNA(gRNA)和一种报告基因的腺相关病毒(AAV)。gRNA引导Cas9蛋白到达DNA上的特定位点,在那里,它能够进行切割,使得核纤层蛋白A和早衰蛋白失去功能,同时不会破坏核纤层蛋白C。这种报告基因有助于他们追踪受到AAV感染的组织。 在递送这种基因疗法两个月后,这些小鼠变得更强壮和更活跃,而且它们的心血管健康得到改善。它们表现出下降的主要动脉血管退化和延迟的心跳过缓(bradycardia)发作---在早衰症和老年时常见的两个问题。总体而言,这些接受治疗的早衰症小鼠具有与正常小鼠相似的活动水平,而且它们的寿命增加了大约25%。 论文共同作者、Izpisua Belmonte实验室博士后研究员Pradeep Reddy说,“一旦我们改进了我们的病毒感染多种组织的效率,我们就对我们将能够进一步延长寿命充满信心。” 总之,这些研究结果表明使用CRISPR/Cas9系统靶向核纤层蛋白A和早衰蛋白能够显著改善早衰症小鼠的生理健康和寿命。这些结果为科学家们最终如何能够靶向人类中衰老的分子驱动因素提供了重要的新见解。 未来的研究工作将集中在让这种疗法更有效,并将对它进行改进以便用于人体中。当前还没有治愈早衰症的方法,但可控制它的症状和治疗它的并发症。 Izpisua Belmonte说,“这是基因编辑疗法首次应用于治疗早衰综合征。它需要一些优化,但是相比于其他可用的治疗方案,它的不良影响要小得多。这对于治疗早衰症来说是一个令人兴奋的进步。” 与此同时,在另一项新的研究中,西班牙奥维耶多大学的José M. P. Freije、Carlos López-Otín及其团队开也发出一种基于CRISPR/Cas9的疗法来治疗哈钦森-吉尔福德早衰症综合征。对这种疗法的测试结果表明,它通过在LMNA基因中引入移码突变(frameshift mutation)逆转了在哈钦森-吉尔福德早衰症综合征小鼠模型和来自患上这种疾病的患者的细胞中发生的一些有害变化。相关研究结果于同日在线发表在Nature Medicine期刊上,论文标题为“Development of a CRISPR/Cas9-based therapy for Hutchinson–Gilford progeria syndrome”。
  • 《利用改进的CRISPR/Cas9系统校正微卫星重复扩增疾病中的RNA缺陷》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:huangcui
    • 发布时间:2017-12-18
    • 在此之前,CRISPR-Cas9基因编辑技术仅能够被用来操纵DNA。在2016年的一项研究中,美国加州大学圣地亚哥分校医学院的研究人员在一种被称作RNA靶向性Cas9(RNA-targeting Cas9, RCas9)的方法中改变这种技术的用途,利用它追踪活细胞中的RNA(Cell, doi: 10.1016/j.cell.2016.02.054)。在一项新的研究中,这些研究人员将RCas9又向前推进一步:他们利用这种技术校正导致微卫星重复扩增疾病(microsatellite repeat expansion diseases)的分子错误。相关研究结果于2017年8月10日在线发表在Cell期刊上,论文标题为“Elimination of Toxic Microsatellite Repeat Expansion RNA by RNA-Targeting Cas9”。微卫星重复扩增疾病包括1型肌强直性营养不良、2型肌强直性营养不良、最为常见的遗传性肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)和亨廷顿舞蹈病。 论文通信作者、加州大学圣地亚哥分校医学院细胞与分子医学教授Gene Yeo博士说,“这是激动人心的,这是因为我们不仅靶向当前缺乏延缓病情恶化的疗法的疾病的根源,而且我们我们重新改造了这种CRISPR-Cas9系统,从而使得通过一种病毒载体将它运送到特定组织中成为可能。” 在生物学中心法则中,编码在细胞核DNA中的基因先经过转录产生mRNA,随后mRNA进入细胞质中,在那里,它们经过翻译产生蛋白。 微卫星重复扩增疾病是由于RNA序列发生错误的重复而产生的,这些重复对细胞是有毒性的,这部分上是因为它们阻止至关重要的蛋白产生。这些重复性RNA在细胞核或细胞质中聚集,形成病灶(foci)。 在这项概念验证的研究中,Yeo团队在实验室在来自患者的细胞和细胞疾病模型中,利用RCas9清除了与微卫星重复扩增疾病相关联的重复性RNA。 在正常情形下,CRISPR-Cas9的工作机制是:设计一种“向导RNA(gRNA)”,这种gRNA与一个特定的靶基因的序列相匹配。这种gRNA引导Cas9酶到基因组中的靶位点上,Cas9在那里进行切割。细胞不精确地修复DNA断裂,因而让这个基因失活,或者利用这个基因的正确版本替换切割位点附近的DNA片段。RCas9类似地发挥作用,但是gRNA引导Cas9到RNA分子上而不是到DNA上。 这些研究人员在实验室针对导致微卫星重复扩增疾病的RNA测试了这种新的RCas9系统。RCas9清除了95%以上的与1型肌强直性营养不良、2型肌强直性营养不良、最为常见的ALS和亨廷顿舞蹈病相关的RNA病灶。这种方法也清除了95%的在实验室培养的患者肌强直性营养不良细胞中存在错误的重复性RNA。 另一种衡量成功的指标在于MBNL1。MBNL1是一种在正常情形下结合到RNA上的蛋白,但是1型肌强直性营养不良中的RNA病灶阻止它结合到它的上百种天然的RNA靶标上。当这些研究人员采用RCas9时,他们在患者肌肉细胞中逆转了93%的存在功能障碍的RNA靶标,而且这些细胞最终类似于健康的对照细胞。 Yeo解释道,尽管这项研究提供初步证据证实这种方法在实验室中有效果,但是在RCas9能够在患者中进行测试之前,还有很长的路要走。 一种瓶颈是运送RCas9到患者细胞中的效率。非传染性腺相关病毒(AAV)经常用于基因疗法之中,但是它们太小而不能够运送Cas9到靶DNA上。Yeo团队通过剔除Cas9蛋白中进行DNA切割所必需的片段但保留RNA结合不可缺少的片段,构建出一种更小的Cas9版本。 他说,“我们迄今为止并不知道的是这种运送RCas9到细胞中的病毒载体是否会引发免疫反应。在人体中测试这一点之前,我们需要在动物模型中进行测试,确定潜在的毒性和评估长期接触的安全性。” 为此,Yeo和同事们成立一家被称作Locana的衍生公司来处理将RCas9从实验室转移到针对基于RNA的疾病(如微卫星重复扩增疾病)开展的临床试验所必需的临床前步骤。