《ACS子刊:揭示新冠病毒刺突蛋白中的聚糖在病毒感染中起着重要作用》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-10-12
  • 新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病(COVID-19),如今正在全球肆虐。科学家们正在加班加点地开发疫苗和药物,以便挫败SARS-CoV-2。许多努力都集中在这种冠状病毒刺突蛋白(S蛋白)上,S蛋白与人体细胞表面上的血管紧张素转换酶2(ACE2)结合,从而使得这种病毒进入细胞。如今,在一项新的研究中,来自美国加州大学圣地亚哥分校、德克萨斯州大学奥斯汀分校和爱尔兰梅努斯大学的研究人员发现作为一类对S蛋白进行修饰的糖分子,聚糖(glycan)在这一过程中发挥着积极的作用,这可能为开发疫苗和药物提供了新的靶标。相关研究结果近期发表在ACS Central Science期刊上,论文标题为“Beyond Shielding: The Roles of Glycans in the SARS-CoV-2 Spike Protein”。

    在SARS-CoV-2 的S蛋白与人体细胞表面上的ACE2相互作用之前,S蛋白会改变形状以暴露它的受体结合结构域(RBD),即这种蛋白中与ACE2相互作用的部分。像许多病毒蛋白一样,S蛋白的表面包裹着一层厚厚的聚糖。这些连接在特定位置的聚糖有助于保护这种病毒蛋白免受宿主免疫系统的破坏。在这项新的研究中,这些研究人员想知道SARS-CoV-2 S蛋白中的某些聚糖是否也可能在这种病毒感染过程中发挥着积极作用。

    为了找到答案,这些研究人员利用结构数据和糖组学数据建立了嵌入病毒膜中的SARS-CoV-2 S蛋白的分子动力学模型。这些呈现了S蛋白中每个原子的详细快照的计算机模型揭示了在S蛋白的某些位置(N165和N234)与这种蛋白连接在一起的N-聚糖有助于稳定让RBD暴露出来的形状变化,从而可能有助于促进感染。这些模型还确定了S蛋白中未被聚糖包裹的区域,这些区域容易受到抗体的攻击,特别是在形状变化之后。

    在利用生物膜层反射光干涉开展的实验室实验中,他们发现,通过突变让S蛋白的N165和N234位点不再携带聚糖,可以减少S蛋白与ACE2的结合。

    这些研究人员表示,这些研究结果为开发对抗这种流行病威胁的新策略奠定了基础。

  • 原文来源:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.0c01056;https://phys.org/news/2020-09-glycans-sars-cov-spike-protein-role.html;https://news.bioon.com/article/6779466.html
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    • 在SARS-CoV-2感染初期,这种病毒利用它的表面上的刺突蛋白(S蛋白)附着到人体细胞上。S蛋白是疫苗研发的核心,这是因为它能触发人体免疫反应。在一项新的研究中,来自德国马克斯-普朗克生物物理学研究所(MPI)、欧洲分子生物学实验室(EMBL)、保罗-埃里希研究院(Paul-Ehrlich-Institut,PEI)和法兰克福歌德大学等研究机构的研究人员着重关注这种病毒的表面结构,以获得可用于开发疫苗和治疗感染患者的有效疗法的新见解。相关研究结果于2020年8月18日在线发表在Science期刊上,论文标题为“In situ structural analysis of SARS-CoV-2 spike reveals flexibility mediated by three hinges”。 这些作者结合低温电子断层扫描(cryo-electron tomography, cryo-ET)、子断层扫描图平均化(subtomogram averaging)和分子动力学模拟,在近原子分辨率下分析了S蛋白在它的自然环境中、完整病毒颗粒上的分子结构。利用EMBL最先进的低温电镜成像设备,他们生成了大约1000个SARS-CoV-2病毒的266幅低温电子断层扫描图,每个病毒表面平均携带40个S蛋白刺突。子断层扫描图平均化和图像处理,再结合分子动力学模拟,最终提供了关于这些S蛋白刺突的重要和新的结构信息。 这些结果令人吃惊:他们的数据显示,S蛋白的球状部分,包含受体结合区域和与靶细胞融合所需的区域,而且这个球状部分连接到一个柔性的茎区域。论文共同通讯作者、EMBL小组负责人、MPI主任Martin Beck解释道,“S蛋白刺突的上部球状部分具有用于疫苗开发的重组蛋白很好重现的结构。然而,我们关于茎区域将S蛋白的球状部分固定在病毒表面上的发现是新的。” 论文共同通讯作者、法兰克福歌德大学生物物理学研究所的Gerhard Hummer补充道,“预计这个茎区域是非常刚性的。但在我们的计算机模型和实际图片中,我们发现这个茎区域是非常柔性的。”通过结合分子动力学模拟和低温电子断层扫描,他们确定了三个关节--髋关节、膝关节和踝关节--这三个关节赋予了茎区域的柔性。 论文共同通讯作者、保罗-埃里希研究院主任Jacomine Krijnse Locker解释道,“就像绳子上的气球一样,这些S蛋白刺突似乎在SARS-CoV-2病毒表面上移动,因此能够寻找ACE2受体以便附着到靶细胞上。” 为了防止感染,这些S蛋白刺突可由抗体加以靶向。然而,这些图片和模型还显示,整个S蛋白,包括它的茎区域,都覆盖着聚糖(glycan)链。这些聚糖链提供了一种保护性的外层,从而让这些S蛋白刺突免受中和抗体的攻击:这是研制有效疫苗和药物的另一个重要发现。
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    • 编译者:hujm
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    • 近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院熊晓犁、何俊和陈凌课题组在Life Science Alliance期刊上发表题为“Disulfide stabilization reveals conserved dynamic features between SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spikes”的研究论文。这项研究利用蛋白重组表达技术,引入设计的二硫键对非典型性呼吸道综合症病毒 (非典病毒,SARS-CoV-1) 的刺突蛋白进行工程化改造,稳定了该蛋白以前未观察到的一些稀有构象,这与新型冠状病毒 (SARS-CoV-2) 和其它沙贝病毒 (Sarbecovirus) 的刺突蛋白的某些特殊构象共享一些平行的特征,文章讨论这些保守特征可能的生物学功能。    刺突蛋白在冠状病毒的受体结合与介导入侵的病毒-细胞膜融合过程中有重要功能,冠状病毒的疫苗研发主要针对刺突蛋白为靶点,新冠病毒的爆发使得其刺突蛋白的结构与功能成为近年来的研究焦点之一。近年来的研究发现,新冠病毒的刺突蛋白在结构上有着很强的构象动态,存在锁定型、关闭型和打开型三种不同的融合前构象。其中,锁定构象的S蛋白具有非常紧致的结构,与能结合ACE2受体的“受体结构域(RBD)打开构象”不兼容。对于新冠病毒的S蛋白,研究表明其锁定构象在中性pH条件下仅能短暂存在,在酸性环境中更为稳定。可能由于在中性环境下锁定构象的不稳定性,之前未在非典病毒S蛋白的结构研究中观察到锁定构象。研究团队前期针对新冠病毒的S蛋白开发了可以稳定其RBD“down”构象,包括稀有锁定构象的x1,x2,x3三对二硫键1,2,在该研究中研究人员将这三对二硫键分别引入非典病毒S蛋白,发现经过改造的非典病毒S-x1,S-x2,S-x3蛋白均能得到表达和提纯,负染电镜下提纯的工程刺突蛋白形成了形态完整的颗粒,研究人员测试了S-x3蛋白的免疫效果,与未经改造的刺突蛋白相比,发现S-x3蛋白可以诱导出滴度相当的强中和小鼠血清。   研究人员利用冷冻电镜技术对改造后的非典病毒S蛋白进行了成像,发现非典病毒的S蛋白存在与新冠病毒S蛋白类似的两种不同的锁定型构象 locked-1(3个S蛋白亚基均为锁定-1构象)和 locked-2(3个S蛋白亚基均为锁定-2构象),以及不对称的混合型锁定构象 locked-112(3个S蛋白亚基两个为锁定-1构象,一个为锁定-2构象)和 locked-122(3个S蛋白亚基两个为锁定-2构象,一个为锁定-1构象)。除此之外,在非典病毒S-x1蛋白的关闭构象中,观察到其融合肽近端区(Fusion Peptide Proximal Region, FPPR)存在特殊的挤出型结构,显示出该区域特殊的结构动态,这种构象在新冠病毒的x1改造的S蛋白上没有被观察到。与新冠病毒S蛋白不同,低pH不能促使非典病毒S蛋白形成锁定构象。 这些结果揭示了新冠病毒和非典病毒S蛋白之间构象上的相似性和结构动态上的差异性。    本研究发现了非典病毒刺突蛋白存在locked-1和locked-2两种不同的锁定构象,这与新冠病毒的刺突蛋白相似。与本研究中观测到的非典病毒S蛋白的其他构象一起,说明SARS-CoV-1和SARS-CoV-2刺突蛋白存在复杂的结构动态。迄今为止,非典病毒和新冠病毒外的其它沙贝病毒的刺突蛋白主要观测到 locked-2构象,结构分析表明,尽管locked-1和locked-2构象之间的细节不同,但通过结构域D和结构域C-D铰链区之间的相互作用使得刺突蛋白的结构刚性化,维持了锁定构象的稳定,并抑制RBD运动是沙贝病毒刺突蛋白锁定构象共有的特征。沙贝病毒刺突蛋白锁定构象中抑制RBD打开机制的保守性表明,锁定构象的S蛋白三聚体可能在沙贝病毒生命周期中发挥保守功能,研究组提出锁定构象可能在病毒的组装过程中发挥功能,但是该提议还有待后续研究的证实。   该研究由中国科学院提供经费支持,广州医科大学,广州实验室赵金存研究组、南方科技大学王培毅研究组和广州生物岛实验室金亮研究组对该研究提供了鼎力协助。