《新型冠状病毒主要蛋白酶的结构及其抑制剂的探索》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-03-18
  • 中国、美国和澳大利亚的研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Structure of Mpro from COVID-19 virus and discovery of its inhibitors”。
    文章称为了加快寻找可用于临床的先导化合物,研究人员启动了一个结构辅助药物设计、虚拟药物筛选和高通量筛选相结合的程序,以识别针对新型冠病毒主要蛋白酶(Mpro)的新药物。Mpro是一种关键的冠状病毒酶,在介导病毒复制和转录过程中起着关键作用,是该病毒的备受关注的药物靶点。通过计算机辅助药物设计鉴定了一种基于机理的抑制剂N3,并确定了与该化合物复合的新型冠状病毒主要蛋白酶的晶体结构。通过结构的虚拟筛选和高通量筛选,分析了超过10,000多种化合物,包括已批准的药物、临床试验中的候选药物,以及作为Mpro抑制剂的其他药理活性化合物。其中有六种Mpro抑制剂,IC50值在0.67~21.4μM之间。依布硒(Ebselen)在细胞试验中也表现出很强的抗病毒活性。研究结果证明了这种筛选策略的有效性,它可以快速发现具有临床潜力的先导药物,以应对没有特定药物或疫苗的新型传染病。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.26.964882v2
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-03-12
    • 2020年3月3日,巴塞尔大学的研究人员在ChemRxiv上在线发表了一篇题目为“Inhibitors for Novel Coronavirus Protease Identified by Virtual Screening of 687 Million Compounds”的文章。 文章指出,为了克服病毒感染,抑制蛋白酶是一种常规的治疗策略,而蛋白酶是蛋白质水解过程中所必需的。迄今为止,尚无可用于治疗SARS-CoV-2的特异性药物或疫苗,尽管它与2003年引起类似流行病的SARS-CoV-1病毒密切相关。因此,迫切需要开发特定的抗病毒疗法来攻克SARS-CoV-2。为了找到新的抑制剂,研究人员通过计算筛选了超过6.87亿个化合物的化合物库,用于结合在最近解析的SARS-CoV-2主要蛋白酶的晶体结构上。以前没有报道过如此巨大的化学空间筛选SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂。在形状筛选之后,应用了两种对接方案,然后确定药代动力学相关的分子描述符以缩小初始命中范围。接下来,进行了分子动力学模拟,以验证对接结合模式的稳定性并全面量化配体结合能。在对脱靶结合进行评估后,研究人员报告了11种药物样化合物,与共结晶的拟肽药物具有不良的药代动力学特性相比,它们具有与靶蛋白酶结合自由能提高的特性。此外,研究人员从天然化合物库中鉴定出一种具有可比特性的有效结合剂。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
  • 《3月17日_圣罗勒中分离的植物素对SARS冠状病毒主要蛋白酶和类木瓜蛋白酶的潜在抑制剂的分子建模,为治疗COVID-19提供思路》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2020-03-23
    • 1.时间:2020年3月17日 2.机构或团队:印度莫拉达巴德MIT Group of Institutions、印度加济阿巴德BBDIT College of Pharmacy 3.事件概要: SSRN预印平台于3月17日发表了印度莫拉达巴德MIT Group of Institutions等的题为“Molecular Modeling of Isolated Phytochemicals from Ocimum Sanctum Towards Exploring Potential Inhibitors of SARS Coronavirus Main Protease and Papain-Like Protease to Treat COVID-19”的文章。文章称,为了克服COVID-19这种流行病,有研究人员发现冠状病毒的主要蛋白酶和类木瓜蛋白酶在病毒基因表达和复制中起关键作用,是抗冠状病毒药物设计的一个理想的靶标。 该研究从RCSB蛋白数据库中下载了SARS-CoV-2(2019-nCoV)主蛋白酶、SARS CoV木瓜蛋白酶样蛋白酶以及SARS 刺突糖蛋白和人ACE结合的晶体结构,并使用Chimera进行了进一步分离。研究人员对分离的受体和7种植物酚类化合物进行了对接研究,评估了它们之间的结合亲和力,同时用分子动力学模拟得出最稳定的受体-配体复合物。文章结果表明,tulsinol A,B,C,D,E,F,G和dihydrodieuginol B是SARS冠状病毒的主蛋白酶和类木瓜蛋白酶潜在的抑制剂。 文章结论指出,圣罗勒中分离的植物素具有抑制冠状病毒复制的潜力。该发现为探索和发现新型药物,基于结构的药物设计提供了一种方法。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接:https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3554371