《苏州医工所高欣团队联合湘雅医院提出智能化中枢神经系统肿瘤病理快速诊断方法》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2023-05-08
  • 据统计,2020年全球有超过308,102例新病例被诊断为中枢神经系统肿瘤,导致约251,329例癌症相关死亡。星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和生殖细胞瘤是常见的中枢神经系统肿瘤,但治疗方式和预后存在极大差异。生殖细胞瘤具有高度的放射敏感性,全脑放射治疗加肿瘤靶区的高剂量照射被视为标准治疗方式。而对星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤,临床采取最大范围的手术切除,并根据肿瘤的类型和分级进行适当的术后放射治疗或者化疗。误诊将导致生殖细胞瘤接受不必要的切除,可能破坏不同神经功能和颅脑切除范围之间的平衡,同时也可能导致星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤切除不足,增加复发风险。

      星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和生殖细胞瘤的诊断方式有三种:1)术中冰冻切片(IFS)病理检查;2)基于苏木精-伊红(HE)染色病理检查;3)分子检测。分子检测可获得免疫组化蛋白质表达和基因突变等信息,被认为是三者诊断的金标准。然而,分子检测复杂、成本高、耗时长,无法用于开颅手术中的快速诊断和术后早期诊断。与之不同的,在开颅手术期间,IFS可以在几分钟之内制备完成并用于诊断。HE染色切片比IFS的细胞结构更清晰,具有更好的诊断价值,可以在获取组织样本后24小时内制备完成并用于诊断。因此,临床上星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和生殖细胞瘤的术中和术后治疗方案主要依赖IFS 和HE的病理诊断。然而,由于这三类颅内肿瘤的细胞形态比较相似,即使是经验丰富的病理学家也无法仅依靠IFS和HE染色快速准确地鉴别三种肿瘤,准确率仅为54.6%-69.7%和53.5%-83.7%。

      近日,中国科学院苏州医工所高欣研究员团队联合中南大学湘雅医院,提出了一种基于人工智能的星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和生殖细胞瘤自动诊断模型(如图1所示),在智能计算框架下对数字IFS和HE图像进行全自动分析。该研究共纳入国内三家医院和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据集上共计379名患者的两种类型的病理全切片图像(Whole Slide Image,WSI),其中IFS图像500张,HE图像832张。

     团队基于深度学习方法,采用迁移学习策略和弱监督学习方式,构建了图像块诊断模型,精确计算图像块的肿瘤类型概率,实现了细粒度水平下组织病理切片的数字化定量解读。随后,采用投票法聚合每张WSI中所有图像块的预测结果,构建患者级别的诊断模块,实现三种肿瘤的精准鉴别;同时将所有图像块的诊断结果整合成WSI级别的诊断概率图,辅助病理专家进行病理诊断。此外,团队开创性地使用模型的诊断概率预测Ki-67(一种被广泛应用的肿瘤标记物)阳性细胞面积,搭建了细胞结构图像到蛋白质表达水平之间的桥梁。

      研究结果表明,基于人工智能的诊断模型对IFS图像分析和对HE图像分析的内部验证准确率高达93.9%和95.3%,外部验证准确率分别为82.0%和76.9%。在该模型的辅助下,病理学家的IFS和HE诊断准确率分别从54.6%-69.7%和53.5%-83.7%提高到87.9%-93.9%和86.0%-90.7%,IFS的提升幅度高达33.3%,HE的提升幅度高达32.5%(如图2所示)。此外,该模型也可根据IFS和HE图像预测Ki-67阳性细胞面积,决定系数(R-squared,R2)分别为0.81和0.86。

     该研究的价值在于探索并验证了人工智能技术在辅助病理医师提升脑肿瘤鉴别准确率方面的临床应用潜力,该模型可以帮助临床医生为患者提供最佳和及时的治疗选择,为改善脑肿瘤诊疗现状提供新的理论依据和方法。

      该研究相关工作发表在国际病理学会会刊Brain Pathology(中国科学院病理学一区,IF=7.611)上,博士研究生石丽婷为第一作者。

      论文链接:http://doi.org/10.1111/bpa.13160

  • 原文来源:http://www.sibet.cas.cn/kxyj2020/kyjz_169572/202305/t20230504_6748376.html
相关报告
  • 《苏州医工所高欣团队提出智能化黑色素细胞病变病理诊断新方法》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-02-23
    •  皮肤癌是常见的恶性肿瘤之一,全球每年新增病例高达300万且逐年上升。其中,黑色素瘤侵袭能力最强、恶性程度最高,极易发生淋巴结及血行转移,致死率高达80%,严重威胁人类健康。黑色素瘤为恶性黑色素细胞病变,而黑色素细胞病变还包括不典型与良性两种病变类型。临床上,不同类型的黑色素细胞病变的治疗方式及预后明显不同。恶性黑色素细胞病变(黑色素瘤)患者需进行外科手术切除,并联合放化疗、干扰素治疗及免疫治疗等辅助治疗方法;不典型黑色素细胞病变患者仅需外科手术将病灶切除,无需放化疗等辅助治疗,但需密切回访观察;良性黑色素细胞病变患者仅需切除病灶。因此,黑色素细胞病变早期精准诊断对手术方案的制定及患者预后的提升具有重要意义。   目前临床上黑色素细胞病变类型主要通过病理组织学分析进行确诊,这种方法依赖病理科医生的经验,主观性强、耗时且不一致率高(平均不一致率达到45.5%)。得益于全切片扫描技术的成熟,基于病理全切片图像(Whole Slide Image,WSI)的计算机辅助诊断(Computer Aided Diagnosis,CAD)可为上述问题提供解决方案。近年来,人工智能(Artificial Intelligence,AI)技术在基于病理WSI的CAD领域取得诸多突破,但现有基于AI的黑色素细胞病变病理诊断尚未实现不典型黑色素细胞病变的鉴别,而不典型黑色素细胞病变患者手术方案不同于良恶性黑色素细胞病变患者,但不典型黑色素细胞病变的组织学模式和生物学特征均与良恶性黑色素细胞病变存在部分重叠,极易与良恶性黑色素细胞病变混淆(如图1所示)。   针对上述问题,中国科学院苏州医工所联合上海交通大学医学院附属第九人民医院病理科提出一种全自动智能化黑色素细胞病变病理诊断新方法(如图2所示)。该研究共纳入3个中心711名黑色素细胞病变患者,其中良性病变374例,不典型病变119例,恶性病变218例。团队利用深度学习方法构建了图像块预测模块,输出黑色素细胞病变类型概率,实现病理组织切片局部信息客观定量的数字化解读;采用决策融合策略聚合每位黑色素细胞病变患者所有图像块的预测结果,从而构建患者诊断模块。   研究结果表明,所提方法的准确率在内外部测试集上分别达96.3%和93.0%,显著高于3名临床病理医师(2名具备10年以上病理诊断经验的高年资病理医师和1名刚完成3年规范化培训的低年资病理医师)独立诊断的准确率;此外,在所提方法的辅助下,病理医师的诊断准确率均有提升,特别是低年资病理医师的诊断准确率提升近40.0%。这项研究的价值在于探索并验证了AI技术在辅助病理医师提升黑色素细胞病变诊断准确率方面的临床应用潜力,为改善我国病理医师资源严重短缺的现状提供一种新的途径。目前,团队正在利用相关技术,开展眼科及神经病理等方面的智能化精准诊断研究,致力于构建一套面向多学科多病种的数字病理智能诊断一体化整体解决方案。   该研究受国家自然科学基金委、上海市卫生健康委员会等机构资助,相关成果发表于皮肤病学权威期刊Journal of Dermatological Treatment,苏州医工所张家意为并列第一作者。   论文链接:https://doi.org/10.1080/09546634.2022.2038772
  • 《苏州医工所高欣团队提出一种用于卵巢癌术前精准无创诊断的多示例卷积神经网络》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-12-08
    • 卵巢癌(Ovarian Cancer)是女性生殖系统最常见的恶性肿瘤之一,致死率高居妇科恶性肿瘤第一位。上皮性卵巢癌(Epithelial Ovarian Cancer,EOC),也即恶性上皮性卵巢肿瘤,是卵巢癌最主要的最主要类型,占比约为90%,其预后较差,五年生存率仅为35%。此外,还有一种属于低度恶性的交界性上皮性卵巢肿瘤(Borderline Epithelial Ovarian Tumors,BEOT),则具有较好的预后,五年生存率可达92%。二者治疗方式差异巨大,EOC患者通常需要进行全面分期手术或肿瘤细胞减灭术,切除患者全子宫及双附件;而BEOT患者通常可进行保留生育力的手术,保留子宫以及至少一部分卵巢。细针穿刺细胞学检查常用于术前肿瘤状态评估,但该方法是一种有创检查手段,可能会导致囊肿破裂,引发肿瘤细胞腹腔种植,致肿瘤扩散。因此,术前无创准确地区分二者,可为治疗方案的制定提供安全可靠的依据,避免治疗不足或过度治疗,有效提升患者预后。   多参数核磁共振成像广泛应用于EOC与BEOT的术前无创鉴别诊断,但临床上主要依赖放射科医生的肉眼判断,主观性较大、耗时长且准确率不高(平均准确率74%-89%)。团队前期开发了一种基于影像组学的诊断方法(Journal of Magnetic Resonance Imaging,DOI: 10.1002/jmri.27084),取得了91.7%的平均准确率,但该方法依赖于人工勾画病灶靶区,无法完全克服主观、耗时等问题,临床应用受限。为此,中国科学院苏州医工所简俊明博士借助人工智能技术,提出一种基于多示例卷积神经网络的全自动诊断方法(见图1),分别构建了将T2WI,ADC及T1WI序列分别作为图像的红、绿、蓝通道进行融合的图像级多参数(EMP)模型;和使用线性回归模型将T2WI,ADC及T1WI序列各自的预测结果进行整合的决策级多参数(LMP)模型。同时,团队还将EMP和LMP模型的诊断性能与六位影像科医生组成的专家团队(从业时间介于2-13年)进行了对比。研究结果显示,EMP模型与LMP模型都具有优秀的鉴别诊断能力,且后者准确率(88.4%)略高于前者(85.5%)(见图2)。此外,相比于六位影像科医生的平均水平(准确率79.7%),团队构建的EMP和LMP模型都具有明显优势(见图3)。   该研究的价值在于探索并验证了在不进行肿瘤区域勾画的情况下,人工智能技术在EOC与BEOT鉴别诊断上的价值。作为前期基于影像组学鉴别EOC与BEOT工作的延伸,虽然本研究中提出的模型诊断精度略有下降,但其摆脱了对病灶靶区精细勾画的依赖,客观性及稳定性更强,应用推广价值更高。借助该模型,放射科医生仅需确定肿瘤区域的最上和最下层面位置,便可实现全自动分类模型构建及预测。   该研究受广东省重点研究发计划等项目资助,相关成果发表于Journal of Magnetic Resonance Imaging (DOI: 10.1002/jmri.28008)。   论文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jmri.28008