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《伦敦帝国理工学院地理信息系统实验室》

  • 来源专题：生物安全网络监测与评估
  • 编译者： yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间：2017-09-19

  • 位于Silwood公园的跨学院GIS实验室为多个研究项目提供技术和分析支持，为研究人员和学生提供量身定制的培训，并促进获得与特定科学主题和研究领域相关的地理、环境和生物多样性信息的全球和区域资源。

    研究人员和学生可以从获得许可的专业GIS软件(ArcGIS、ENVI)和各种免费软件包、高性能工作站和GIS手册和数字基础地图的集合中获益。该设施包括一种适合打印专业质量地图和海报的大型绘图机。

    每年有一百多名用户使用GIS实验室的设施，从简单的现场数据可视化，到地图的准备，再到复杂的项目，包括对卫星图像的解释、高度详细的全球数据集和空间统计分析。GIS实验室也直接参与了三个长期项目，并将在明年启动更多项目。

    学生和工作人员可以为“GIS手术”预订一个位置，这是由经验丰富的生物多样性GIS分析师Igor Lysenko博士所进行的每周咨询。GIS手术有助于识别地理数据分析的有效GIS解决方案，并有助于设计研究方案的GIS组件。

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  • 《伦敦帝国理工学院定量分析工具》
    • 来源专题：生物安全网络监测与评估
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2017-09-19
    • 马克班内特是生命科学系的定量分析实验室的实验室经理。 我们的分析设备包括lc/ms和gc-ms平台。该设备处理范围广泛的项目，包括蛋白质和小分子。最近，我们一直在关注用于量化蛋白(“大众西部片”)的定量测量方法的方法，作为一种利用抗体来量化蛋白质的替代方法。下面列出了可用分析类型的进一步示例。定量的蛋白质组学，包括有针对性的分析和对转录修饰的定量研究分析了来自阿拉伯和其他物种的植物激素。 植物和蚜虫的糖分析。对葡萄糖酸盐及其降解产物的分析。微生物和植物的脂肪酸分析。 在微生物DNA / RNA氧化。细菌中循环二核的分析。对阿拉伯和其他植物的蛋白质组分析。 他核心的lc-ms系统由两个高度灵活的ABSCIEX q圈闭LCMS设备组成。q阱是一种混合的三四倍/离子陷阱质谱仪，可以根据应用程序在不同的模式中使用。 我们最敏感的仪器，最新的6500模型，最近被大学SIF资助;MS与一种Eksigent的微流LC系统相结合，为多肽和小分子的高通量分析提供了一个非常敏感但健壮的平台。 一种更古老的2000q阱可以用来分析那些不需要最大灵敏度的分子，这可以连接到有价的二进制或毛细管LC系统。 还有几个独立的LC系统，它们配备了一系列探测器(UV、RI、DAD)。 它是如何工作的 MS有3个四极:Q1和Q3被用作质量过滤器;Q2是一个碰撞单元，其中完整的分子和Q1的碎片被分解成小质量的碎片。 三重四重的模式 MRM(多个反应监测)-Q1和Q3固定:第三季度只检测一个已知的碎片(女儿)，从完整的分子(母)的完整的分子(母)经过Q1。 这是用于目标代谢和蛋白质分析的标准定量模式。 优点:灵敏度高，重现性好，噪音低，同时测量(1000)过渡。 缺点:只适用于已知的分子，需要标准化合物来进行充分的优化。 前体离子扫描-第三季度固定Q1扫描 寻找所有可能的分子，包括已知质量的共同子结构，一个例子就是寻找磷化蛋白的磷酸基，寻找磷化蛋白质，寻找磷的丢失。 中性损失-Q1和Q3扫描，有一个固定的质量差 寻找在一系列父母化合物中出现的常见碎片的丢失。 离子阱模式 增强的MS(EMS)-Q1被设置为“打开”，因此没有大规模过滤。完整的扫描光谱是由第三季度的扫描产生的。这通常用于对样品中的所有离子进行概述。 增强型生产(EPI)-Q1被设定为固定质量(m/z值)，通常是基于已知的分子。和EMS一样，光谱是在第三季度的扫描中生成的。优势是产生一个单一的父离子的全扫描光谱，例如肽序列。灵敏度可以通过MRM实现，但是EPI提供了更多的光谱信息。 增强的分辨率(ER)-更准确的/z的决心(但是仍然不像QTOF的其他LCMS系统那样精确)。 混合模式(四极/离子阱)是可能的。例如，这可能是与数据相关的，例如，MRM扫描的信号可以触发EPI扫描来确认复合身份。另一个例子是只选择双电荷分子来触发EPI，就像在分析胰肽片段时一样。
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  • 《结晶——伦敦帝国理工学院》
    • 来源专题：生物安全网络监测与评估
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2017-09-19
    • 结晶 结晶套件 在结晶套件中，你可以 使用蚊子, 以96-6格式的顺序结晶屏幕， 做microseed矩阵筛选, 创建优化屏幕, 在110 l份中购买添加剂的屏幕。 如果您以前从未使用过该工具并希望访问，请阅读入门部分以获得更多信息。 结晶的屏幕 CSB晶化厂提供14个商业可用的屏幕，预先分配给96-井的MRC板。这些屏幕被选择来覆盖尽可能多的化学空间。请注意，屏幕之间有相当大的重叠，并据此设计你的实验。 屏幕存储在6个c中。在打开之前必须先把它们带到RT上，否则密封膜就不会干净地脱落，重新密封就会变得很困难。 此外，设施提供 汉普顿的加色屏幕在110 l里。可以在Sharepoint上请求盘子，并与蚊子一起建立。 汉普顿的溶菌酶结晶工具包用于训练(和测试)目的。 各种重原子包。 少量的消耗品。 结晶的机器人 利用由TTP实验室制造的一种蚊子lcp纳米升的高通量机器人进行晶体化实验，该机器人由医学委员会资助，用于建立分子细菌学和感染中心，并于2012年9月安装。它能产生脂质立方，以及标准的蒸汽扩散结晶实验。 为了防止交叉污染，蚊子会使用一次性的位置位移提示。不需要清洗。每个盘子大约需要3分钟的时间来设置。已经编制了一个详细的协议，并且应该遵循。 改变提示的卷是很容易的，但是对仪器的重新调整却不是。问工厂经理。 板存储 提供3个温度控制的无振动结晶孵化器，为您的晶体化实验提供支持。空间被分配到每个单独的组上。请不要移动其他组的盘子或使用它们的空间。如果您需要更多的空间，请与设备经理联系，他们将会通知您在哪里放置您的盘子。 水晶的观察 在结晶器的对面是一台徕卡显微镜，用来观察你的盘子。这台显微镜有一个与PC相连的CCD相机，它可以让你在电脑屏幕上拍照，也可以在电脑屏幕上观看。你必须使用你的帝国凭证登录到PC，这意味着你可以将图像保存到你的H驱动器上，以便直接访问任何其他信息通信系统的Windows机器。 优化的初始冲击 如果可能的话，最初的撞击应该进行衍射测试。内部的x光设备提供了一种快速简便的方法来实现这一功能。如果你没有接受过培训，那就和设备经理谈谈。 如果你的晶体是蛋白质，而且它们在最初的撞击中并没有足够的衍射，那么你必须通过在最初的撞击中手工准备一个网格来优化它们，或者让设备经理使用Tecan来完成任务。 播种 播种指的是使用水晶碎片来促进晶体化。使用现有晶体的碎片的要点是分离成核和结晶，这两个过程往往发生在相图的不同区域。添加的晶体碎片提供核核心;在它们的存在中，更可能出现结晶。在任何实验室中都可以进行微种和宏观播种的传统方法，我们强烈推荐微种子基质筛选。 异相成核 Naomi Chayen已经做了大量的研究，用不同的化合物来诱导核。
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