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《Nature | 利用人脑类器官高通量单细胞基因编辑技术揭示自闭症发育缺陷》

  • 来源专题：战略生物资源
  • 编译者： 李康音
  • 发布时间：2023-09-15

  • 2023年9月13日，奥地利科学院分子生物技术研究所Juergen A. Knoblich和李冲（共同通讯和共同一作）团队在Nature上发表了文章 Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism 。研究团队开发了一种崭新的高通量基因编辑和单细胞转录组测序技术（CHOOSE系统），将我们对自闭症的理解提升到了一个新的高度。   

    这项研究为自闭症基因研究提供了一个涵盖发育和细胞类型特异性的表型数据库。此外，研究人员发现了特定的细胞类型和基因调控网络更容易受到自闭症的影响，这需要未来更多的研究关注。CHOOSE系统为研究致病基因表型提供了一种系统性、定量化、高通量和高分辨率的技术，不仅适用于脑疾病的研究，还可用于研究其他器官系统疾病的机制。这将深化并加速我们对遗传疾病机制的研究。




    本文内容转载自“BioArt”微信公众号。原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06473-y



  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06473-y
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  • 《Nature | 单细胞整合揭示炎症性肠道疾病中的化生》
    • 来源专题：战略生物资源
    • 编译者：朱晓琳
    • 发布时间：2024-12-02
    •   人类细胞图谱（HCA）旨在绘制人体细胞（生命基本单元）的全面参考图谱——作为理解人体健康和诊断、监测、治疗疾病的基础。近日，HCA联盟在自然系列（Nature Portfolio）和Genome Biology发表了一系列论文，展示了多个图谱的早期草图以及分析工具。（见参考链接）   在《Nature》2024年11月20日发布的论文《Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases》中，Amanda Oliver和同事绘制的胃肠道图谱揭示了克罗恩病和溃疡性结肠炎等疾病的相关细胞改变。   胃肠道是一个多器官系统，对于有效吸收营养和屏障免疫至关重要。基因组学的进步和胃肠道疾病的激增，推动了对构成健康和疾病中胃肠道组织的细胞进行分类的努力。作者系统整合了 25 个单细胞 RNA 测序数据集，涵盖发育中和成年期的整个健康胃肠道。文章使用新开发的自动化质量控制方法 （scAutoQC） 统一处理了来自 189 个健康对照的 385 个样品，从而产生了具有大约 110 万个细胞和 136 个细粒细胞状态的健康参考图谱。文章将涵盖胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病的 12 个胃肠道疾病数据集锚定在此参考中。利用这 160 万个细胞资源 （gutcellatlas.org），本文发现了肠道炎症性疾病中起源于干细胞的上皮细胞化生，与幽门和 Brunner 腺中的细胞具有转录相似性。虽然以前与黏膜愈合有关，现在通过募集包括 T 细胞和中性粒细胞在内的免疫细胞，将幽门腺化生细胞与炎症联系起来。总体而言，本文描述了炎症诱导的干细胞变化，这些变化会改变粘膜组织结构并促进进一步的炎症，这一概念适用于其他组织和疾病。 图|a，图谱的示意图概述，表示健康参考作为核心，并通过迁移学习映射其他疾病数据集。GI，胃肠道;QC，质量控制。面板 a 中的示意图是使用 BioRender（https://biorender.com） 创建的。b，scAutoQC 概述，一种用于去除低质量细胞的自动化、无监督质量控制方法。UMAP，均匀流形近似和投影。c，每项研究的细胞和供体数量概述，按年龄和胃肠道区域（y 轴）细分。圆点大小表示供体的数量，颜色表示细胞的数量。y 轴的颜色表示宽层器官（口腔粘膜、唾液腺、食道、胃、小肠、大肠和肠系膜淋巴结 （MLN））。
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  • 《自闭症谱系障碍和失眠的遗传学见解，灵长类视网膜细胞图谱，等等。》
    • 来源专题：人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2019-03-04
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