《大流行冠状病毒的进化勾勒出从动物到人类的路径:病毒改变的能力使新的人类冠状病毒有可能出现——《每日科学》》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2020-06-03
  • 一个研究SARS-CoV-2病毒起源的科学家小组发现,当SARS-CoV-2病毒获得感染人类细胞的能力时,它特别适合通过变形从动物转移到人类。SARS-CoV-2病毒是导致2019冠状病毒大流行的病毒。

    杜克大学(Duke University)、洛斯阿拉莫斯国家实验室(Los Alamos National Laboratory)、德克萨斯大学埃尔帕索分校(University of Texas at El Paso)和纽约大学(New York University)的研究人员在进行基因分析时证实,这种病毒最接近的亲属是一种感染蝙蝠的冠状病毒。但这种病毒感染人类的能力是通过交换一种冠状病毒的关键基因片段而获得的,这种病毒感染一种名为穿山甲的有鳞哺乳动物,从而使这种病毒有可能感染人类。

    研究人员报告说,这种从物种到物种的跳跃是病毒通过改变其遗传物质与宿主细胞结合的能力的结果。打个比方,这就像是病毒重组了钥匙,使其能够打开宿主细胞的门——在这个例子中是人类细胞。在SARS-CoV-2病例中,“关键”是在病毒表面发现的一种突起蛋白。冠状病毒利用这种蛋白质附着在细胞上并感染细胞。

    “很像原来的非典,从蝙蝠果子狸,或即从蝙蝠到单峰骆驼骆驼,然后给人类,这个流行的祖冠状病毒进行了进化的遗传物质,使其最终感染人类,”冯说高,医学博士,教授,医学分部的杜克大学医学院传染病和该研究的通讯作者出版在线5月29日《科学》杂志上的进步。

    高和他的同事说,追踪病毒的进化路径将有助于阻止未来由病毒引起的大流行,并可能指导疫苗研究。

    研究人员发现,典型的穿山甲冠状病毒与SARS-CoV-2差异太大,无法直接导致人类大流行。

    然而,它们确实含有受体结合位点——与细胞膜结合所必需的突起蛋白的一部分——这对人类感染很重要。这种结合位点使得附着在细胞表面的蛋白质成为可能,这种蛋白质在人类呼吸道和肠道上皮细胞、内皮细胞和肾细胞等细胞中大量存在。

    尽管蝙蝠的病毒祖先是与SARS-CoV-2关系最密切的冠状病毒,但其结合位点非常不同,仅靠自身无法有效感染人类细胞。

    SARS-CoV-2似乎是蝙蝠病毒和穿山甲病毒的混合,以获得人类感染所需的“关键”受体结合位点。

    “有地区的病毒具有高度的相似性之间的氨基酸序列不同的冠状病毒感染人类,蝙蝠和穿山甲,表明这些病毒正在类似的主机选择和可能的祖先SARS-CoV-2能够很容易从这些动物给人类,”主要作者)说李从杜克大学。

    “人们已经研究了我们在论文中讨论的从穿山甲中提取的冠状病毒序列,但是科学界对于它们是否在SARS-CoV-2的进化中发挥了作用仍然存在分歧,”该研究的联合首席作者、洛斯阿拉莫斯国家实验室的科学家Elena Giorgi说。

    Giorgi说:“在我们的研究中,我们证明了SARS-CoV-2确实具有丰富的进化史,包括在蝙蝠和穿山甲冠状病毒获得转移到人类之前对遗传物质进行重组。”

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    • 根据发表的发现,去年在中国武汉市出现的新型SARS-CoV-2冠状病毒是自然进化的产物,自那以后引起了大规模的COVID-19流行并传播到其他70多个国家。今天在《自然医学》杂志上发表 对来自SARS-CoV-2和相关病毒的公共基因组序列数据的分析发现,没有证据表明该病毒是在实验室中制造或以其他方式设计的。 “通过比较已知冠状病毒株的可用基因组序列数据,我们可以坚定地确定SARS-CoV-2来自自然过程,” Scripps Research免疫学和微生物学副教授Kristian Andersen博士说。纸。 除了Andersen之外,图兰大学的Robert F. Garry以及《 SARS-CoV-2的近端起源》一书的作者。悉尼大学的爱德华·霍姆斯(Edward Holmes);爱丁堡大学的Andrew Rambaut;哥伦比亚大学的W. Ian Lipkin。 冠状病毒是一大类病毒,可导致严重程度范围广泛的疾病。冠状病毒引起的第一个已知的严重疾病是2003年在中国爆发的严重急性呼吸系统综合症(SARS)。 2012年,沙特阿拉伯爆发了第二次严重疾病,爆发了中东呼吸综合症(MERS)。 去年12月31日,中国当局向世界卫生组织发出警告,称新的冠状病毒毒株暴发引起严重疾病,该毒株后来被命名为SARS-CoV-2。截至2020年2月20日,已记录了近167,500例COVID-19病例,尽管还有更多轻度病例可能未被诊断。该病毒已杀死6600多人。 流行病开始后不久,中国科学家对SARS-CoV-2的基因组进行了测序,并将数据提供给全世界的研究人员。所得的基因组序列数据表明,中国当局迅速发现了该流行病,并且由于单次引入人群后人与人之间的传播,COVID-19病例的数量一直在增加。其他几个研究机构的Andersen和合作者使用此测序数据,通过重点研究该病毒的几种典型特征来探索SARS-CoV-2的起源和进化。 科学家分析了刺突蛋白的遗传模板,刺突蛋白是病毒外部的骨架,用来捕获并穿透人和动物细胞的外壁。更具体地说,他们集中研究了刺突蛋白的两个重要特征:受体结合域(RBD)(一种钩住宿主细胞的钩子)和裂解位点(一种分子开罐器),它可以使病毒裂解然后输入宿主细胞 自然进化的证据 科学家发现,SARS-CoV-2刺突蛋白的RBD部分已经进化为有效靶向人细胞外部称为ACE2的分子特征,ACE2是参与调节血压的受体。实际上,SARS-CoV-2刺突蛋白在结合人类细胞方面是如此有效,以至于科学家得出结论认为,它是自然选择的结果,而不是基因工程的产物。 SARS-CoV-2骨架的数据-整体分子结构支持了自然进化的证据。如果有人试图设计一种新的冠状病毒作为病原体,那么他们将利用已知会引起疾病的病毒的骨干来构建它。但是科学家发现,SARS-CoV-2主链与已知的冠状病毒有很大的不同,并且大多数类似于蝙蝠和穿山甲中发现的相关病毒。 安德森说:“病毒的这两个特征,即刺突蛋白的RBD部分的突变及其独特的骨架,排除了实验室操纵作为SARS-CoV-2的潜在来源的可能性。” 英国Wellcome Trust流行病学负责人Josie Golding博士说,Andersen及其同事的发现“对于为流传有关病毒起源(SARS-CoV)的谣言提供基于证据的观点至关重要。 -2)导致COVID-19。” Goulding补充说:“他们得出结论,该病毒是自然进化的产物,结束了对故意基因工程的任何猜测。” 病毒的可能来源 根据他们的基因组测序分析,Andersen及其合作者得出结论,SARS-CoV-2的最可能起源遵循两种可能的情况之一。 在一种情况下,该病毒通过在非人类宿主中的自然选择演变为当前的致病状态,然后跳向人类。这就是以前的冠状病毒爆发的方式,人类直接暴露于麝香(SARS)和骆驼(MERS)后感染了该病毒。研究人员提出,蝙蝠是SARS-CoV-2最可能的储存库,因为它与蝙蝠冠状病毒非常相似。然而,尚无蝙蝠直接传播的案例,这表明蝙蝠与人类之间可能存在中间宿主。 在这种情况下,SARS-CoV-2刺突蛋白的两个显着特征-与细胞结合的RBD部分和打开病毒的切割位点-在进入人类之前已经进化到它们的当前状态。在这种情况下,一旦感染人类,当前的流行病可能会迅速出现,因为该病毒已经进化出使其具有致病性并能够在人与人之间传播的特征。 在另一种建议的方案中,该病毒的非致病性版本从动物宿主跃入人类,然后在人群中演变为目前的致病状态。例如,一些来自穿山甲,在亚洲和非洲发现的犰狳类哺乳动物的冠状病毒的RBD结构与SARS-CoV-2非常相似。来自穿山甲的冠状病毒可能已经直接或通过中介宿主(如麝猫或雪貂)传播给了人类。 然后,SARS-CoV-2的另一个独特的刺突蛋白特征性切割位点可能已经在人类宿主内进化,可能是通过在流行病开始之前人类人群中未被检测到的有限循环。研究人员发现,SARS-CoV-2裂解位点看起来与禽流感菌株的裂解位点相似,该株已证明可以在人与人之间轻易传播。 SARS-CoV-2可能已经在人类细胞中进化出了这种强力裂解位点,并很快开始了当前的流行病,因为冠状病毒可能已经变得更有能力在人与人之间传播。 该研究的合著者安德鲁·兰巴特(Andrew Rambaut)警告说,目前很难甚至不可能知道哪种情况最有可能发生。如果SARS-CoV-2以当前的病原体形式从动物源进入人类,则会增加未来爆发的可能性,因为致病病毒株仍可能在动物种群中传播,并可能再次跳入人类。非致病性冠状病毒进入人群,然后发展出类似于SARS-CoV-2的特性的机会更低。 该研究的资金由美国国立卫生研究院,皮尤慈善基金会,惠康基金会,欧洲研究委员会和ARC澳大利亚获奖者奖学金提供。
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