《Nature Communications:研究发现流感病毒广谱中和抗体识别抗原的新模式》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-05-12
  • 近日,Nature Communications在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)孙兵研究组与丛尧研究组及中国疾病预防控制中心国家流感中心王大燕研究组的合作研究成果,研究论文题为Unique binding pattern for a lineage of human antibodies with broad reactivity against influenza A virus。该研究发现了一类新的胚系基因编码的流感病毒广谱中和抗体,其可以中和Group1及Group2流感病毒,利用冷冻电镜和生化分析揭示了该类抗体通过不同的抗原识别模式结合不同亚型的HA蛋白,并阐释了这类抗体获得广谱中和活性的进化路径,提升了人们对流感抗体广谱中和表位和分子机制的理解,并为广谱流感疫苗和抗病毒药物的开发提供了新思路。

    流感病毒是人类健康的重大威胁。不可预测的大流行以及不断爆发的禽流感疫情威胁着人类健康及社会稳定。突变毒株、新型重组毒株和耐药性毒株的不断出现对现有疫苗和小分子药物的应用造成威胁。因此,开发有效的广谱抗流感病毒的疫苗和药物是我国乃至全球的重要需求。单克隆抗体在预防和治疗病毒感染方面有成功应用。流感病毒表面血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)是介导病毒感染宿主细胞的关键蛋白,也是中和抗体和疫苗作用的关键靶点。HA茎秆部相对于HA头部更加保守,是广谱流感抗体和疫苗的主要靶点,但其在不同HA亚型中表现出一定差异性,在一定程度上限制了广谱疫苗和抗体的研发。深入研究广谱流感抗体如何克服不同HA亚型差异化的抗原决定簇,以广泛中和不同亚型流感病毒的分子机制,将有助于开发通用流感疫苗和广谱流感抗体药物。

    研究人员从一名接种过季节性流感疫苗的志愿者体内分离出多株针对流感病毒HA的中和抗体,发现了一类来自相同胚系基因 (VH3-48/DH2-2/JH6 and VK1-12/JK5)的广谱中和抗体。亲和力实验表明,该类抗体可广谱结合流感病毒Group1 H1、H6、H8、H9以及Group2 H3、H4、H7、H14等多种亚型的HA蛋白。中和实验进一步验证了该类抗体具有对H1、H3、H4、H7等亚型流感病毒的广谱中和能力。其中28-12表现出较优的结合及中和活性,被用来进行进一步的体内保护活性及表位研究。在小鼠模型上的攻毒实验表明,28-12在较低剂量下能够有效预防和治疗H1N1和H3N2亚型流感病毒的感染,提示该抗体有潜在的临床应用价值。此外,28-12对异型抗原的识别模式较独特。研究人员通过冷冻电镜、丙氨酸突变及ELISA实验发现28-12主要结合H3 HA蛋白上helix A的连续性线性表位。而对于H1,28-12的表位涉及一级序列上相距较远的HA1、融合肽和helix A,导致其在H1上的表位更加依赖于HA高级构象。N49HA2是决定28-12识别H3 HA连续性线性表位特性的关键位点,而该位点在H1上是T49HA2,其作用显著弱化。28-12的另一特点是具有较长的HCDR3,赋予其较高的灵活性,使其能够采用不同的构象来适应结构不同的HA抗原。与其他已报道抗体不同的是,28-12特别依赖于HCDR3与HA形成更多更重要的相互作用,因此28-12的HCDR3是开发抗流感病毒小蛋白或多肽药物的潜在蛋白质设计模板。进一步的研究发现,28-12的胚系抗体最初是由Group2 H3亚型流感病毒选择而来,并通过体细胞超频突变不断进化,从而增强了对H3的中和性,并同时获得对Group1 H1病毒的交叉中和活性,该研究提示通用流感疫苗开发过程中应深入评估不同流感病毒亚型之间的表位特征差异。

    研究工作得到国家自然科学基金委、科技部、中国科学院等的资助,以及国家蛋白质科学研究(上海)设施冷冻电镜系统的支持。

     

      

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/c227e2670233.html
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    • 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心、复旦大学上海医学院及上海市公共卫生临床中心合作,孙兵研究员、谢幼华研究员、徐建青研究员、陆路研究员、丁建平研究员与凌志洋副研究员领衔,在 Nature Microbiology 期刊在线发表了题为:Neutralization mechanism of a human antibody with pan-coronavirus reactivity including SARS-CoV-2 的研究论文。 该研究发现了一株泛冠状病毒广谱全人中和抗体——76E1,其不仅能有效地中和 beta 冠状病毒属的 SARS-CoV-2 及其重要突变体毒株,还可以中和不同冠状病毒属的七种人类冠状病毒。 该抗体靶向冠状病毒表面刺突蛋白(Spike, S)上高度保守的 S2’ 酶切位点及融合肽区域。病毒结合受体 ACE2 过程促进该表位的暴露以及 76E1 抗体结合,进而抑制 S2’ 酶切及病毒包膜和宿主胞膜的膜融合,从而抑制病毒进入宿主细胞内,达到中和病毒的目的。 冠状病毒分为 alpha、beta、gamma 和 delta 四个属。21世纪共爆发了三次高致病性人类冠状病毒流行,分别为 SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2,均归类于 beta 属。   除此之外,几种普通型冠状病毒也时常在人群中流行,导致无症状或轻型上呼吸道感染疾病,如 alpha 属的HCoV-229E 和 HCoV-NL63,beta 属的 HCoV-OC43 和 HCoV-HKU1。   2019年底爆发的 SARS-CoV-2 大流行对全球经济社会和人类健康造成重大威胁,SARS-CoV-2 突变株的不断出现及广泛传播也引起世界范围内的多轮流行。我国乃至全球已经接种的疫苗均基于 SARS-CoV-2 原始株开发,而突变体毒株已经逐渐对 SARS-CoV-2 原始株疫苗建立的免疫屏障产生了一定程度的逃逸作用,尤其是 Omicron 突变体所产生的免疫逃逸现象非常明显。因此,如何有效的应对 SARS-CoV-2 突变是目前应对疫情最紧迫的任务。另外,人类依然要面对未来爆发新的冠状病毒大流行的可能性。因此,开发有效的广谱抗冠状病毒的疫苗和药物有重大的社会需求。   大量的临床实践已证明,单克隆抗体临床干预在预防和治疗病毒感染方面非常有效。虽然国内及国际上已有新冠单克隆抗体药物上市,然而大部分已经对 Omicron 等变异株失效或疗效显著降低。   针对不断出现的病毒突变株,一个亟待回答的科学问题是:是否能开发广谱中和SARS-CoV-2及其突变体的抗体?这种抗体亦能对不同冠状病毒属的人类冠状病毒有广谱中和作用?其广谱作用的机制是什么?   为了解决上述科学问题,研究者们首先用 SARS-CoV-2 S 胞外区蛋白作为诱饵,从新冠病毒感染的康复患者外周血 PBMC 中,分离了 S 蛋白特异性的记忆 B 细胞,通过基因工程技术获得单个记忆 B 细胞来源的抗体重、轻链基因,并表达制备成全人源抗体。通过 ELISA 结合实验和病毒中和实验,筛选到一株广谱中和抗体——76E1,其可以广谱结合并中和 SARS-CoV-2 及其突变体毒株,包括 Alpha、Beta、Kappa、Gamma、Delta 和 Omicron。   在 hACE2 转基因小鼠上的真病毒攻击实验表明,用 76E1 单抗预防和治疗 SARS-CoV-2 感染时,可显著减少体重下降和降低肺部病毒滴度。进一步,研究人员发现 76E1 单抗可以广谱结合并中和不同冠状病毒属的七种人类冠状病毒,包括 SARS-CoV、MERS-CoV、SARS-CoV-2、HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63 及 HCoV-HKU1。在乳鼠上进行的 76E1 预防和治疗 HCoV-OC43 真病毒感染实验表明,76E1 可以可显著减少体重下降和降低脑部病毒滴度。以上实验提示该抗体有潜在的临床应用价值。 为了进一步研究 76E1 单抗广谱中和冠状病毒的分子机制,研究人员解析了 76E1 Fab/抗原多肽的晶体结构,发现 76E1 单抗主要靶向 S 蛋白的 S2' 酶切位点和融合肽区域。丙氨酸突变实验进一步确认 R815、E819、D820、L822、F823、K825 是 76E1 的关键识别表位。序列比对发现,以上表位在四种冠状病毒属中高度保守,这是 76E1 广谱中和能力的分子基础。比较有意思的是,76E1 的关键识别表位在融合前三聚体 S 蛋白全部或部分隐藏。并且,76E1 Fab/ 抗原多肽晶体结构中的抗原多肽与融合前三聚体 S 蛋白中的相应多肽也展现出不一样的构象。同时,亲和力实验表明 76E1 难以识别融合前三聚体 S 蛋白,而 RBD 抗体却能很好的结合融合前三聚体 S 蛋白。以上提示 76E1 可能识别了三聚体 S 蛋白从融合前到融合后变构过程中的中间态构象。 随后,研究者发现 S 蛋白结合受体 ACE2 过程促进了 S2' 酶切位点和融合肽的暴露,进而 76E1 结合该表位,从而抑制 S2' 酶切,阻断病毒包膜与宿主胞膜的膜融合过程,最终抑制病毒进入宿主细胞,中和病毒。冠状病毒利用这一策略来掩盖它们的融合过程中的敏感位点,从而限制抗体接触到这种敏感位点,并且仅在识别和感染宿主细胞时才将它暴露出来。   进一步的研究表明,76E1 在病毒感染后期具有很大的优势性,即在病毒结合宿主细胞受体后,阻断受体结合过程的 RBD 抗体失去中和活性,而 76E1依然可以中和病毒。利用以上原理,研究者发现 ACE2 蛋白与 76E1 单抗具有协同中和 SARS-CoV-2 的效果。同时,发现一些具有模仿 ACE2 功能的 RBD 抗体,如 CB6 等,与 76E1 也具有协同中和 SARS-CoV-2 的效果。这为基于抗体的抗病毒疗法提供新的升级版策略。 综上所述,该研究发现的单抗具有更宽的广谱中和活性,同时具有全新的中和机制。为应对 SARS-CoV-2 突变及未来新发冠状病毒爆发提供新的抗病毒策略,同时为新一代广谱冠状病毒疫苗的设计提供重要参考和理论依据。
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    • 编译者:hujm
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    • 根据最近来自宾夕法尼亚大学医学院的研究者们做出的研究成果,一类广谱的流感病毒疫苗有望保护人们免受世界上大多数流感病毒的感染。 这一疫苗前体的相关研究发表在最近一期的《Nature Communications》杂志上,该研究所开发的抗体能够靶向流感病毒表面的HA蛋白,从而起到保护销售免受感染的效果。 尽管目前针对流感病毒的季节性疫苗的使用已经十分广泛,但流感病毒每年仍然会造成数以百万的感染以及数十万的住院病例发生。每年因此死亡的人数也达到了数万人。与以往的季节性疫苗不同,这一疫苗具有“一次接种,终身保护”的效果。 该疫苗并非利用HA蛋白作为免疫原,而是使用Mrna分子起到引发抗体反应的效果。当注入受体体内时,RNA能够被宿主的树突状细胞识别并捕获,进而能够翻译产生HA蛋白分子。这一方式比接种传统的HA蛋白具有更加强烈的免疫效果。 作者们发现,在接种之后的三十周之内,小鼠体内始终存在较强的针对性抗体免疫反应,作者还在兔子等其他物种中进行了验证。 此外,由于该免疫原对应的靶点是HA蛋白中比较保守的区域,因此具有潜在的广谱性的效果。 基于上述结果,作者们希望下一步在灵长类动物以及人体中进行进一步的尝试。