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《大豆动态发育株高的全基因组关联研究 》

  • 来源专题：转基因生物新品种培育
  • 编译者： Zhao
  • 发布时间：2017-04-24

  • 株高（PH）是影响作物产量和品质的重要农艺性状。在这项研究中，收集的192个大豆自然资源以及1536个单核苷酸多态性（SNP）制造者被用于确定与pH值相关的基因组区域。不同区间的PH值体现出了很大的基因差异。三个表型指标（pH测量值的六个阶段，条件pH值，和pH值的相对生长速率）被用来确定大豆pH值的发展状态。六种方法用于尽量减少关联映射中的假阳性，最终本研究中使用了广义线性模型的主成分分析法。三个单核苷酸多态性barc-040651-07807，barc-030433-06867，和barc-042475-08274与植物的后期生长过程中PH值呈现显著相关，以及两个单核苷酸多态性barc-038795-07333和barc-013749-01246与植物早期生长的pH值相关。

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  • 《全基因组测序在结核病传播研究中的作用和价值》
    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：蒋君
    • 发布时间：2019-07-11
    • 结核病（TB）仍然是全世界严重的公共卫生威胁。从理论上讲，结核分枝杆菌复合体（MTBC）菌株分类的全基因组测序（WGS）的最终解决方案使得该技术在流行病学研究调查中非常有吸引力。 研究人员在Pubmed数据库中选取了69份同行评审的出版物，以总结其中有关WGS在结核病传播检测中的作用和位置的证据。 来自超过30份出版物的证据表明，菌株之间<6个单核苷酸多态性（SNPs）的临界值有效地排除了不是最近传播的结果的病例，并可用于鉴定人与人之间结核病直接传播涉及的药物敏感菌株。 在8项研究中，WGS识别流行病学相关分离株的敏感性高达100％，特异性（17-95％）高度依赖于环境。耐药性和特定的系统发育谱系可能与影响遗传距离的加速突变率有关。WGS可能用于区分真正的复发和再感染，但在发病率高、多样性低的环境中，这需要考虑流行病学联系和少数等位基因。从四项研究中获得的关于宿主多样性的数据表明，需要根据少数等位基因的比例制定接受或拒绝WGS相关结果的标准。 综上所述，WGS将有可能会采取更有针对性的公共卫生行动，以防止对虚假集群进行不必要的调查。尚未就原始数据质量控制处理标准、分析管道和报告语言的标准化达成共识。
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  • 《gcType：用于微生物系统发育和功能研究的高品质模式菌株基因组数据库》
    • 来源专题：转基因生物新品种培育
    • 编译者：王晶静
    • 发布时间：2020-11-26
    • 微生物的分类和功能研究越来越依赖于基于基因组的数据和方法。全球模式微生物基因组数据库（Global Catalogue of Type Strain，gcType）作为“全球微生物菌种目录（Global Catalogue of microbial, GCM）10K原核型菌株测序项目”的保藏库，已公布了由GCM 10K项目测序的1049个模式菌株基因组序列，保存在全球保藏库中，并保持有效发表状态。此外，通过gcType提供的信息包括来自GenBank的超过12000个公开的模式菌株基因组序列，采用质量控制标准和标准数据注释管道进行整合，形成高质量的参考数据库。该数据库整合了模式菌株序列及其表型信息，便于表型和基因型分析。跨基因组搜索和交互界面的多种格式允许对数据库资源进行广泛的探索。在本研究中，我们描述了基于网络的数据分析管道，用于基因组分析和基于基因组的分类，可以作为一个一站式的平台鉴定原核生物物种。随着GCM 10K项目与世界各地的保藏库的合作，已发表的模式菌株基因组数量将继续增加。本项目数据与国际核苷酸序列数据库合作共享。可从http://gctype.wdcm.org/免费访问gcType。
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