《南极真菌来源抗呼吸道合胞病毒笼状螺环酰胺的发现及机制研究获新进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: 熊萍
  • 发布时间:2025-03-24
  • 近日,中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室(LMB)刘永宏团队在南极来源抗呼吸道合胞病毒次级代谢产物的发现领域取得新进展。相关成果“Spirochrains A?D, Four Caged [5,6,5] Spirocyclic Amides from an Antarctic Fungus Aspergillus ochraceopetaliformis SCSIO 05702 with Anti-RSV Activities”以封面文章发表于Organic Letters《有机化学通讯》。中国科学院南海海洋研究所博士生丛梦静、助理研究员李艳芹,南方医科大学博士生李银燕为共同第一作者,LMB研究员王俊锋、刘永宏,南方医科大学教授杨洁为共同通讯作者。

    呼吸道合胞病毒(RSV)是全球幼儿和高危人群急性下呼吸道感染最常见的诱因之一。据估计,呼吸道合胞病毒每年导致超过3300万例5岁以下儿童感染。但利巴韦林等治疗药物由于其毒性和有限疗效,临床应用受到限制。团队前期从南极真菌A. ochraceopetaliformis SCSIO 05702中发现一系列结构新颖的次级代谢产物,包括抑制H1N1, H3N2流感病毒活性混源萜Ochraceopones A?E(J. Nat. Prod., 2016, 79, 59), 抗炎活性蛇麻烷型倍半萜Ochracenes A?I(J. Nat. Prod., 2017, 80, 1725)和戊酮噻吩Ochrathinols A 和 B(Phytochemisty, 2023, 208, 113593)。此外联合中国科学院南海海洋研究所研究员闫岩团队阐明了混源萜Ochraceopone A生物合成机制(Angew. Chem. Int. Ed., 2024, 63, e202403365)。其中直线型混源萜Ochraceopone及蛇麻烷型倍半萜Ochracene被Natural Product Reports评选为热点化合物Hot off the Press。

    研究团队进一步优化发酵A. ochraceopetaliformis SCSIO 05702发现了4个结构新颖的氮杂螺环酰胺Spirochrains A?D,通过波谱学分析与量子化学计算确定了Spirochrains立体结构。当3位羟基未甲基化时,分子中酮酰胺结构会导致自发互变。基因组学及生物信息学分析定位了负责螺环酰胺生物合成基因簇,并对其生物合成途径进行了推测。抗病毒研究表明,Spirochrains A?D对RSV病毒具有不同程度的抑制作用,通过检测RSV病毒入侵宿主细胞不同时期的基因转录和蛋白表达,揭示Spirochrain B靶向结合RSV-G蛋白来阻止病毒吸附宿主细胞。构效关系分析表明螺环酰胺分子中环己烷邻二醇构型以及3位羟基在抗RSV感染中发挥重要作用。

    该研究挖掘南极真菌次级代谢潜能,为抗RSV感染治疗提供了新的先导分子。上述研究工作得到了国家重点研发计划、广东省区域联合基金重点项目、国家自然科学基金、广东省特支计划本土创新团队项目等资助。

    论文信息:Mengjing Cong#, Yinyan Li#, Yanqin Li#, Xiangliu Chen, Xiaoyan Pang, Yan Yan, Xinpeng Tian, Yonghong Liu*, Jie Yang*, Junfeng Wang*.Spirochrains A–D, Four Caged [5,6,5] Spirocyclic Amides from an Antarctic Fungus Aspergillus ochraceopetaliformis SCSIO 05702 with Anti-RSV Activities, 2025, 27, 2295-2299.

    文章链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.orglett.4c04371

  • 原文来源:https://scsio.cas.cn/news/kydt/202503/t20250317_7559763.html
相关报告
  • 《在欧洲使用新工具解决呼吸道合胞病毒问题》

    • 来源专题:新发突发传染病
    • 编译者:张玢
    • 发布时间:2023-12-25
    • 在GISAID上发表的呼吸道合胞病毒G和F序列的系统发生树(n = 2,314 RSV A; n = 2,875 RSV B)。欧洲监测 据估计,每年有约101,000名5岁以下儿童因呼吸道合胞病毒(RSV)感染而死亡。全球范围内,RSV是年幼儿童住院的主要原因。开发并批准针对RSV的疫苗历时60多年,现在可以用于在欧盟(EU)接种老年人和孕妇。此外,一种长效单克隆抗体(nirsevimab)于2022年底在欧盟获得许可,用于婴儿。这两个事件标志着在预防RSV感染方面取得了重要进展,尤其是在非常年幼的儿童中。在《欧洲监测》杂志上,Eeva Broberg和Hanna Nohynek审视了这些最新进展以及可能需要哪些支持性措施来了解RSV的实际负担、其年度循环模式和基因组演变。为了改善对此的理解,Broberg和Nohynek认为“需要收集并报告测序数据到公开数据库。与其他呼吸道病毒和大多数传染病一样,对RSV监测的低估将继续是一个问题,因为患者可能在感染后晚期进行测试,或者如果出现轻微症状甚至根本不进行测试。”
  • 《Nature子刊:我国学者发现泛冠状病毒广谱中和抗体新机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-07-11
    • 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心、复旦大学上海医学院及上海市公共卫生临床中心合作,孙兵研究员、谢幼华研究员、徐建青研究员、陆路研究员、丁建平研究员与凌志洋副研究员领衔,在 Nature Microbiology 期刊在线发表了题为:Neutralization mechanism of a human antibody with pan-coronavirus reactivity including SARS-CoV-2 的研究论文。 该研究发现了一株泛冠状病毒广谱全人中和抗体——76E1,其不仅能有效地中和 beta 冠状病毒属的 SARS-CoV-2 及其重要突变体毒株,还可以中和不同冠状病毒属的七种人类冠状病毒。 该抗体靶向冠状病毒表面刺突蛋白(Spike, S)上高度保守的 S2’ 酶切位点及融合肽区域。病毒结合受体 ACE2 过程促进该表位的暴露以及 76E1 抗体结合,进而抑制 S2’ 酶切及病毒包膜和宿主胞膜的膜融合,从而抑制病毒进入宿主细胞内,达到中和病毒的目的。 冠状病毒分为 alpha、beta、gamma 和 delta 四个属。21世纪共爆发了三次高致病性人类冠状病毒流行,分别为 SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2,均归类于 beta 属。   除此之外,几种普通型冠状病毒也时常在人群中流行,导致无症状或轻型上呼吸道感染疾病,如 alpha 属的HCoV-229E 和 HCoV-NL63,beta 属的 HCoV-OC43 和 HCoV-HKU1。   2019年底爆发的 SARS-CoV-2 大流行对全球经济社会和人类健康造成重大威胁,SARS-CoV-2 突变株的不断出现及广泛传播也引起世界范围内的多轮流行。我国乃至全球已经接种的疫苗均基于 SARS-CoV-2 原始株开发,而突变体毒株已经逐渐对 SARS-CoV-2 原始株疫苗建立的免疫屏障产生了一定程度的逃逸作用,尤其是 Omicron 突变体所产生的免疫逃逸现象非常明显。因此,如何有效的应对 SARS-CoV-2 突变是目前应对疫情最紧迫的任务。另外,人类依然要面对未来爆发新的冠状病毒大流行的可能性。因此,开发有效的广谱抗冠状病毒的疫苗和药物有重大的社会需求。   大量的临床实践已证明,单克隆抗体临床干预在预防和治疗病毒感染方面非常有效。虽然国内及国际上已有新冠单克隆抗体药物上市,然而大部分已经对 Omicron 等变异株失效或疗效显著降低。   针对不断出现的病毒突变株,一个亟待回答的科学问题是:是否能开发广谱中和SARS-CoV-2及其突变体的抗体?这种抗体亦能对不同冠状病毒属的人类冠状病毒有广谱中和作用?其广谱作用的机制是什么?   为了解决上述科学问题,研究者们首先用 SARS-CoV-2 S 胞外区蛋白作为诱饵,从新冠病毒感染的康复患者外周血 PBMC 中,分离了 S 蛋白特异性的记忆 B 细胞,通过基因工程技术获得单个记忆 B 细胞来源的抗体重、轻链基因,并表达制备成全人源抗体。通过 ELISA 结合实验和病毒中和实验,筛选到一株广谱中和抗体——76E1,其可以广谱结合并中和 SARS-CoV-2 及其突变体毒株,包括 Alpha、Beta、Kappa、Gamma、Delta 和 Omicron。   在 hACE2 转基因小鼠上的真病毒攻击实验表明,用 76E1 单抗预防和治疗 SARS-CoV-2 感染时,可显著减少体重下降和降低肺部病毒滴度。进一步,研究人员发现 76E1 单抗可以广谱结合并中和不同冠状病毒属的七种人类冠状病毒,包括 SARS-CoV、MERS-CoV、SARS-CoV-2、HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63 及 HCoV-HKU1。在乳鼠上进行的 76E1 预防和治疗 HCoV-OC43 真病毒感染实验表明,76E1 可以可显著减少体重下降和降低脑部病毒滴度。以上实验提示该抗体有潜在的临床应用价值。 为了进一步研究 76E1 单抗广谱中和冠状病毒的分子机制,研究人员解析了 76E1 Fab/抗原多肽的晶体结构,发现 76E1 单抗主要靶向 S 蛋白的 S2' 酶切位点和融合肽区域。丙氨酸突变实验进一步确认 R815、E819、D820、L822、F823、K825 是 76E1 的关键识别表位。序列比对发现,以上表位在四种冠状病毒属中高度保守,这是 76E1 广谱中和能力的分子基础。比较有意思的是,76E1 的关键识别表位在融合前三聚体 S 蛋白全部或部分隐藏。并且,76E1 Fab/ 抗原多肽晶体结构中的抗原多肽与融合前三聚体 S 蛋白中的相应多肽也展现出不一样的构象。同时,亲和力实验表明 76E1 难以识别融合前三聚体 S 蛋白,而 RBD 抗体却能很好的结合融合前三聚体 S 蛋白。以上提示 76E1 可能识别了三聚体 S 蛋白从融合前到融合后变构过程中的中间态构象。 随后,研究者发现 S 蛋白结合受体 ACE2 过程促进了 S2' 酶切位点和融合肽的暴露,进而 76E1 结合该表位,从而抑制 S2' 酶切,阻断病毒包膜与宿主胞膜的膜融合过程,最终抑制病毒进入宿主细胞,中和病毒。冠状病毒利用这一策略来掩盖它们的融合过程中的敏感位点,从而限制抗体接触到这种敏感位点,并且仅在识别和感染宿主细胞时才将它暴露出来。   进一步的研究表明,76E1 在病毒感染后期具有很大的优势性,即在病毒结合宿主细胞受体后,阻断受体结合过程的 RBD 抗体失去中和活性,而 76E1依然可以中和病毒。利用以上原理,研究者发现 ACE2 蛋白与 76E1 单抗具有协同中和 SARS-CoV-2 的效果。同时,发现一些具有模仿 ACE2 功能的 RBD 抗体,如 CB6 等,与 76E1 也具有协同中和 SARS-CoV-2 的效果。这为基于抗体的抗病毒疗法提供新的升级版策略。 综上所述,该研究发现的单抗具有更宽的广谱中和活性,同时具有全新的中和机制。为应对 SARS-CoV-2 突变及未来新发冠状病毒爆发提供新的抗病毒策略,同时为新一代广谱冠状病毒疫苗的设计提供重要参考和理论依据。