《预印本和期刊:一个模范出版生态系统》

  • 编译者: 程冰
  • 发布时间:2025-10-20
  • 在这篇文章中,作者对预印本的世界进行了一点挖掘。他使用数学领域来探索对预印本和已发表文章的包容性观点如何导致一个大于各部分之和的研究生态系统。

    我们的世界在很大程度上因身份而分裂。政治、人民、信仰,甚至学术出版!作者看到我们之间存在着深刻的分歧。有些人坚持认为传统期刊是唯一的出版方式。这些传统主义者认为没有必要进一步探索其他知识思想的表达方式。其他人正在探索围绕预印本和同行评审的新模式,特别是在生命科学和生物医学科学领域。甚至还有人认为,期刊文章和期刊本身与开放科学的未来无关。

    似乎每个阵营都在深入而积极地讨论他们的未来,但没有停下来思考出版生态系统可能是什么样子的更全面的观点。然而,至少在原则上,所有人都同意需要关注研究诚信文化,那么为什么会出现分歧呢?从本质上讲,这归结为对营利动机的深刻不信任,与科学理想背道而驰。虽然营利性的科学观确实只是一种观点,但如果没有这种观点,科学研究和研究成果的发表也不会是一项成功的努力。再者,科学应该是开放和协作的,不需要考虑预期的经济收益。

    在作者看来,在AMS、研究人员、资助者、机构和图书馆、学术团体和出版商经营出版业务有更多的共同点,而不是区别。所有人都非常关心研究的完整性、科学的未来健康和研究社区的价值。也许所有学科都可以从数学世界中寻找灵感,了解社区连贯的生态系统如何产生比部分之和更多的东西。

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    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:王传清
    • 发布时间:2022-11-21
    • 2022年10月5日,法国开放科学交流中心(The Centre pour la Communication Scientifique Dir ecte,CCSD)和开放获取知识库联盟(Confederation of Open Access Repositories,COAR)宣布推出开放获取预印本存储库目录(网址为:https://doapr.coar-repositories.org/)。 预印本正在成为研究成果交流领域中越来越重要的一部分,在预印本上发文,可以让研究人员自由、快速地分享他们的研究。然而,研究人员没有统一的工具来查看当前的预印本情况。现有的预印本存储库要么是范围广泛,涵盖了所有类型,要么只专注于单一学科。CCSD和COAR推出的预印本目录将收集预印本的存储库,并将其汇集到一个数据库中,使用户能够根据自己的需要选择最合适的平台,并对预印本生态系统有一个概览。 该目录以法国开放科学委员会承担的预印本平台项目(Preprints Platforms Project)的成果为基础,并获得了法国高等教育、研究和创新部(French Ministry of Higher Education, Research and Innovation,MESRI)的支持,开发了一个广泛而详细的预印本存储库目录。当前的预印本目录包含了90多个预印本存储库,包括关于其管理、功能和相关服务的细节,以及它们与开放科学标准的关系。目录分别按照一般属性、功能属性、支持开放科学属性对预印本存储库进行组织,一般属性包括预印本存储库的名称、状态、描述(见图1);功能属性的二级指标为名称、书目、评论/注释、交流、数据/代码、认可、出版、索引/搜索、计量指标、同行评审、剽窃、保管、研究员ID、修订跟进、文本挖掘、写作/格式化(见图2);支持开放科学属性包括名称、服务定价、所有者类型、资金、商业模式、接受的格式、提交时间等,其下二级指标还包括开源、互操作性、使用条款、认证、用户委员会、科学委员会、利益冲突程序、访问内容、访问元数据、保存政策、写作支持、修订支持、同行评审支持、评论支持、公开支持、文本挖掘支持(见图3)。 作为合作的一部分,COAR负责托管预印本目录,CCSD负责管理元数据记录,确保目录保持最新。 图1 目录中预印本存储库的一般属性 图2 目录中预印本存储库的功能属性 图3 目录中预印本存储库的支持开放科学属性及二级指标
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    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:李涵霄
    • 发布时间:2022-12-29
    •   在2019年“学术厨房(The Scholarly Kitchen)”的一篇文章中,出版顾问Rob Johnson和Andrea Chiarelli讨论了预印本服务器对学术界的“第二波”冲击,这可能会扰乱传统出版实践。自2000年代中期以来,预印本的使用已经超越了物理和数学领域的arXiv,通过新的服务器——从生物学领域的bioRxiv到社会科学领域的SocArXiv——各个学科的学者都希望更快地传播他们的作品,并使其在网上公开。考虑到出版商应对新一波预印本浪潮的方式,两位顾问认为,要么选择“加入他们”,要么选择“等待”,看看预印本的增长是否会继续。   现在,随着疫情的爆发,似乎许多学科的预印本“等待”时间已经过去。这场大流行带来了迄今为止预印本发布量最大的激增,《自然》(Nature)期刊的一项分析发现,“2020年发表的新冠肺炎文章中有30 000多篇是预印本,占总数的17%至30%”。这些文章遍布生物医学、生命科学和社会科学预印本服务器,其中超过一半的帖子被发送到medRxiv、SSRN和Research Square。正如Research Square主编Michele Avissar Whiting所讨论的那样,疫情期间预印本现象表明了早期研究传播的好处,比如有助于加快疫苗开发。但它也放大了未经证实的手稿,或者更糟的是伪科学,助长错误信息传播的可能性。问题不再是预印本的增长是否会继续,而是预印本发布的“新常态”应该是什么,以及监控预印本质量的责任应该在哪里。   越来越多的期刊出版商正在寻求将预印本与他们的流程“结合”起来,以支持快速的研究传播,帮助学者和公众了解预印本是否以及何时经过审查——这是Scholastica在“提高预印本的透明度和信任”网络研讨会上讨论的一个话题,一些人正在开创新的预印本审查和出版模式。以下是期刊将预印本纳入出版过程的一些最新方式。 ●预打印发布策略和同行评议集成   虽然预印本在物理学、数学、法律和经济学中早已被接受,但对大多数学科来说,预印本仍然相对较新;期刊出版商历来对预印本的发布有着不明确的政策。然而,为了应对公共卫生危机,如寨卡病毒流行和现在的新冠肺炎,出版商已经开始更正式地承认预印本是加快对时间敏感的研究传播的一种方式。   2015年发布的一份“关于公共卫生紧急情况下数据共享的声明”呼吁“尽快公开”与寨卡病毒和未来公共卫生危机相关的研究结果,该声明获得了57家期刊出版商和资助组织的签名,标志着预印本共享的潮流发生了转变。在此后的几年里,包括Wellcome和NIH在内的多个资助机构已经开始接受拨款申请中的预印本,期刊也做出了回应,为紧急情况之外的标准研究制定了预印本政策。   正如出版顾问Judy Luther所指出的,当Crossref在2016年宣布注册预印本DOI的新模式时,它也为更广泛的预印本接受铺平了道路。该模式使预印本的DOI注册成为可能,并将其与已发表文章的DOI联系起来,开创了预印本将永久可用的先例,为出版商将预印本与已发表的文章区分开来创造了一种更正式的方式。   2017年,美国化学学会推出了ChemRxiv,目前由ACS、皇家化学学会、德国化学学会、中国化学学会和日本化学学会共同运营,这是出版商“加入”预印本的一个最新例子。虽然预印本服务器最初受到化学界和ACS期刊的审查,但它已经获得了世界各地化学期刊的支持,并自其问世以来稳步增长。许多化学期刊现在接受甚至鼓励作者在发表之前将他们的作品发布到ChemRxiv。   一些出版商甚至已经开始向前迈出一步,不仅仅是允许预印本发布,而是让预印本存放成为他们手稿提交过程中的一个可选部分。其中一个值得注意的例子是Springer Nature与Research Square In Review服务的合作伙伴关系,该服务使作者能够在提交给选定期刊时将论文发布到Research Square预印本服务器。In Review提供了同行评议时间线,以跟踪正在评审的手稿的进度,并提供了公开评论选项。经过同行评议后,期刊接受的手稿预印本与记录的版本相关联,而被拒绝的手稿的预印本则作为独立的文章留在Research Square。 ●叠加期刊出版   如果期刊不仅在出版过程中承认预印本的发布,而且使预印本本身成为正式出版物,会怎样?加入叠加模型的想法,叠加期刊是经过同行评议的数字开放存取出版物,其所有文章都存放在预印本服务器上,而不是期刊网站上。   正如伦敦大学学院的“叠加期刊简介”中所解释的,真正的叠加期刊在20世纪90年代开始出现。通常,在叠加模型中,期刊编辑审核提交的内容,协调同行评议以确定它们是否适合出版,然后将最终版本发布到预印本服务器。叠加期刊通常使用数字对象标识符(DOI)来表示预印本何时正式出版。与传统学术期刊一样,叠加期刊可以被摘要、索引,并产生影响。   值得一提的叠加期刊例子是《离散分析》(Discrete Analysis),这是菲尔兹奖得主Timothy Gowers于2016年推出的一本免费阅读和免费发表的数学期刊。《离散分析》与其他叠加期刊不同,它有一个正式的出版网站,为每篇文章指定了页面,其中包括附带的图片和描述。该网站也可搜索,并包含按类别访问文章的导航。通过这种方式,《离散分析》为读者提供了在其网站上浏览期刊的体验,同时仍然使用arXiv进行发布。   2019年,Gowers还帮助推出了另一份arXiv叠加期刊《组合数学进展》(Advances in Combinatorics)。《离散分析》和《组合数学进展》都通过Scholastica管理同行评议和发布。利用Scholastica的arXiv集成,期刊能够让作者向他们提交已发布到arXiv的论文。期刊编辑委员会随后协调所有投稿的同行评议,接受的稿件被编辑并重新上传到arXiv,作为由DOI表示的最终文章。   对于叠加期刊的创始人和支持者来说,该模式的主要目标是加快研究传播速度,降低开放获取出版成本。叠加模型提供了一种精益发布方法,消除了大多数期刊制作过程(如PDF格式)的需要。 ●预印本的出版评论   在提交时提供预印本集成选项和采用叠加出版模型是期刊将预印本纳入其出版过程的方式。但仍有帮助学者和公众标记有问题的预印本以及尚未提交给期刊的有希望的预印本等相关问题。疫情期间预印本激增引发了审查预印本和公开预印本评论的新举措。   2020年6月,麻省理工学院出版社推出了《快速评论:新冠肺炎》(Rapid Reviews:COVID-19),这是一本多学科的OA叠加期刊,用于对冠状病毒相关预印本进行同行评论。《快速评论:新冠肺炎》是第一本此类预印本评论期刊,为帮助学者和公众更好地理解和跟踪数字预印本中最有希望和最有疑问的发现提供了一种新颖的模式,尤其是在危机时期。使用伯克利劳伦斯利弗莫尔实验室开发的人工智能工具COVIDScholar,《快速评论:新冠肺炎》编辑团队可以筛选出数千份与冠状病毒相关的预印本,并识别出特别有争议或原创的论文,以便早期审查。该团队仍在努力确定将预印本与他们在期刊上的评论联系起来的最佳方式,这样任何第一次遇到预印本的人都可以获得对它的可用评论。他们还计划最终为通过审查的论文的作者提供一种传统的出版选择。   最近对《快速评论:新冠肺炎》编辑的一项调查显示,人们对连接预印本和相关评论的兴趣更为广泛。组织者、PREreview联合创始人兼总监Daniela Saderi和STM出版顾问Sarah Greaves回顾了调查结果,“我们了解到,编辑们希望有一条管道,如果他们正在处理的某篇论文有预印本评论,该管道会自动通知他们,并提供这些评论的链接,以及联系这些评论作者的简单方式。”Crossref 2020年宣布,它现在支持注册任何内容类型的同行评论,包括预印本,如果注册变得正常,可以为期刊和学者打开大门,来更快地找到现有的预印本评论。   为了为学者和公众开发一种共享的方法来查找预印本评论,eLife最近还推出了Sciente,这是一个通过“科学推特”跟踪新预印本及其评论的平台。 ●预印本:未来出版模型的一部分?   可以肯定地说,预印本将继续存在,但它们将如何融入学术出版领域仍有待确定。随着In review等预印本同行评议集成选项以及《离散分析》和《快速评论:新冠肺炎》等叠加期刊的推出,预印本与出版之间的桥梁肯定不再像以前那样宽阔。