在2019年“学术厨房（The Scholarly Kitchen）”的一篇文章中，出版顾问Rob Johnson和Andrea Chiarelli讨论了预印本服务器对学术界的“第二波”冲击，这可能会扰乱传统出版实践。自2000年代中期以来，预印本的使用已经超越了物理和数学领域的arXiv，通过新的服务器——从生物学领域的bioRxiv到社会科学领域的SocArXiv——各个学科的学者都希望更快地传播他们的作品，并使其在网上公开。考虑到出版商应对新一波预印本浪潮的方式，两位顾问认为，要么选择“加入他们”，要么选择“等待”，看看预印本的增长是否会继续。
现在，随着疫情的爆发，似乎许多学科的预印本“等待”时间已经过去。这场大流行带来了迄今为止预印本发布量最大的激增，《自然》（Nature）期刊的一项分析发现，“2020年发表的新冠肺炎文章中有30 000多篇是预印本，占总数的17%至30%”。这些文章遍布生物医学、生命科学和社会科学预印本服务器，其中超过一半的帖子被发送到medRxiv、SSRN和Research Square。正如Research Square主编Michele Avissar Whiting所讨论的那样，疫情期间预印本现象表明了早期研究传播的好处，比如有助于加快疫苗开发。但它也放大了未经证实的手稿，或者更糟的是伪科学，助长错误信息传播的可能性。问题不再是预印本的增长是否会继续，而是预印本发布的“新常态”应该是什么，以及监控预印本质量的责任应该在哪里。
越来越多的期刊出版商正在寻求将预印本与他们的流程“结合”起来，以支持快速的研究传播，帮助学者和公众了解预印本是否以及何时经过审查——这是Scholastica在“提高预印本的透明度和信任”网络研讨会上讨论的一个话题，一些人正在开创新的预印本审查和出版模式。以下是期刊将预印本纳入出版过程的一些最新方式。
●预打印发布策略和同行评议集成
虽然预印本在物理学、数学、法律和经济学中早已被接受，但对大多数学科来说，预印本仍然相对较新；期刊出版商历来对预印本的发布有着不明确的政策。然而，为了应对公共卫生危机，如寨卡病毒流行和现在的新冠肺炎，出版商已经开始更正式地承认预印本是加快对时间敏感的研究传播的一种方式。
2015年发布的一份“关于公共卫生紧急情况下数据共享的声明”呼吁“尽快公开”与寨卡病毒和未来公共卫生危机相关的研究结果，该声明获得了57家期刊出版商和资助组织的签名，标志着预印本共享的潮流发生了转变。在此后的几年里，包括Wellcome和NIH在内的多个资助机构已经开始接受拨款申请中的预印本，期刊也做出了回应，为紧急情况之外的标准研究制定了预印本政策。
正如出版顾问Judy Luther所指出的，当Crossref在2016年宣布注册预印本DOI的新模式时，它也为更广泛的预印本接受铺平了道路。该模式使预印本的DOI注册成为可能，并将其与已发表文章的DOI联系起来，开创了预印本将永久可用的先例，为出版商将预印本与已发表的文章区分开来创造了一种更正式的方式。
2017年，美国化学学会推出了ChemRxiv，目前由ACS、皇家化学学会、德国化学学会、中国化学学会和日本化学学会共同运营，这是出版商“加入”预印本的一个最新例子。虽然预印本服务器最初受到化学界和ACS期刊的审查，但它已经获得了世界各地化学期刊的支持，并自其问世以来稳步增长。许多化学期刊现在接受甚至鼓励作者在发表之前将他们的作品发布到ChemRxiv。
一些出版商甚至已经开始向前迈出一步，不仅仅是允许预印本发布，而是让预印本存放成为他们手稿提交过程中的一个可选部分。其中一个值得注意的例子是Springer Nature与Research Square In Review服务的合作伙伴关系，该服务使作者能够在提交给选定期刊时将论文发布到Research Square预印本服务器。In Review提供了同行评议时间线，以跟踪正在评审的手稿的进度，并提供了公开评论选项。经过同行评议后，期刊接受的手稿预印本与记录的版本相关联，而被拒绝的手稿的预印本则作为独立的文章留在Research Square。
●叠加期刊出版
如果期刊不仅在出版过程中承认预印本的发布，而且使预印本本身成为正式出版物，会怎样？加入叠加模型的想法，叠加期刊是经过同行评议的数字开放存取出版物，其所有文章都存放在预印本服务器上，而不是期刊网站上。
正如伦敦大学学院的“叠加期刊简介”中所解释的，真正的叠加期刊在20世纪90年代开始出现。通常，在叠加模型中，期刊编辑审核提交的内容，协调同行评议以确定它们是否适合出版，然后将最终版本发布到预印本服务器。叠加期刊通常使用数字对象标识符（DOI）来表示预印本何时正式出版。与传统学术期刊一样，叠加期刊可以被摘要、索引，并产生影响。
值得一提的叠加期刊例子是《离散分析》（Discrete Analysis），这是菲尔兹奖得主Timothy Gowers于2016年推出的一本免费阅读和免费发表的数学期刊。《离散分析》与其他叠加期刊不同，它有一个正式的出版网站，为每篇文章指定了页面，其中包括附带的图片和描述。该网站也可搜索，并包含按类别访问文章的导航。通过这种方式，《离散分析》为读者提供了在其网站上浏览期刊的体验，同时仍然使用arXiv进行发布。
2019年，Gowers还帮助推出了另一份arXiv叠加期刊《组合数学进展》（Advances in Combinatorics）。《离散分析》和《组合数学进展》都通过Scholastica管理同行评议和发布。利用Scholastica的arXiv集成，期刊能够让作者向他们提交已发布到arXiv的论文。期刊编辑委员会随后协调所有投稿的同行评议，接受的稿件被编辑并重新上传到arXiv，作为由DOI表示的最终文章。
对于叠加期刊的创始人和支持者来说，该模式的主要目标是加快研究传播速度，降低开放获取出版成本。叠加模型提供了一种精益发布方法，消除了大多数期刊制作过程（如PDF格式）的需要。
●预印本的出版评论
在提交时提供预印本集成选项和采用叠加出版模型是期刊将预印本纳入其出版过程的方式。但仍有帮助学者和公众标记有问题的预印本以及尚未提交给期刊的有希望的预印本等相关问题。疫情期间预印本激增引发了审查预印本和公开预印本评论的新举措。
2020年6月，麻省理工学院出版社推出了《快速评论：新冠肺炎》（Rapid Reviews：COVID-19），这是一本多学科的OA叠加期刊，用于对冠状病毒相关预印本进行同行评论。《快速评论：新冠肺炎》是第一本此类预印本评论期刊，为帮助学者和公众更好地理解和跟踪数字预印本中最有希望和最有疑问的发现提供了一种新颖的模式，尤其是在危机时期。使用伯克利劳伦斯利弗莫尔实验室开发的人工智能工具COVIDScholar，《快速评论：新冠肺炎》编辑团队可以筛选出数千份与冠状病毒相关的预印本，并识别出特别有争议或原创的论文，以便早期审查。该团队仍在努力确定将预印本与他们在期刊上的评论联系起来的最佳方式，这样任何第一次遇到预印本的人都可以获得对它的可用评论。他们还计划最终为通过审查的论文的作者提供一种传统的出版选择。
最近对《快速评论：新冠肺炎》编辑的一项调查显示，人们对连接预印本和相关评论的兴趣更为广泛。组织者、PREreview联合创始人兼总监Daniela Saderi和STM出版顾问Sarah Greaves回顾了调查结果，“我们了解到，编辑们希望有一条管道，如果他们正在处理的某篇论文有预印本评论，该管道会自动通知他们，并提供这些评论的链接，以及联系这些评论作者的简单方式。”Crossref 2020年宣布，它现在支持注册任何内容类型的同行评论，包括预印本，如果注册变得正常，可以为期刊和学者打开大门，来更快地找到现有的预印本评论。
为了为学者和公众开发一种共享的方法来查找预印本评论，eLife最近还推出了Sciente，这是一个通过“科学推特”跟踪新预印本及其评论的平台。
●预印本：未来出版模型的一部分？
可以肯定地说，预印本将继续存在，但它们将如何融入学术出版领域仍有待确定。随着In review等预印本同行评议集成选项以及《离散分析》和《快速评论：新冠肺炎》等叠加期刊的推出，预印本与出版之间的桥梁肯定不再像以前那样宽阔。
