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《匹兹堡大学科学家研究SARS-CoV-2病毒的遗传多样性与进化》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-02-25

  • 2月21日，《Infection, Genetics and Evolution》上发表了匹兹堡大学和匹兹堡大学医学中心的题为“Coronavirus epidemic snarls science worldwide”的文章，对86个SARS-CoV-2全基因组和近全基因组（near-complete genomes）进行了遗传分析。
    基因组数据下载自GISAID数据库（https://www.GISAID.org/），86个病毒基因组来自中国（50例）、美国（11例）、澳大利亚（5例）、日本（5例）、法国（4例）、新加坡（3例）、英国（2例）、台湾（2例）、韩国（1例）、比利时（1例）、德国（1例）和越南（1例）的SARS-CoV-2感染患者。采用ClustalX2进行了双序列核酸比对，并以China/WHU01/2020/EPI_ISL_406716的基因序列作为参考基因组。
    文章发现SARS-CoV-2的编码区和非编码区存在许多突变和缺失。这些分析结果为这种新型冠状病毒的遗传多样性和快速进化提供了证据。

  • 原文来源：https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1567134820300915
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  • 《2月21日_匹兹堡大学科学家研究SARS-CoV-2病毒的遗传多样性与进化》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-02-22
    • 信息名称：匹兹堡大学科学家研究SARS-CoV-2病毒的遗传多样性与进化 1.时间：2020年2月21日 2.机构或团队：匹兹堡大学、匹兹堡大学医学中心 3.事件概要： 2月21日，《Infection, Genetics and Evolution》上发表了匹兹堡大学和匹兹堡大学医学中心的题为“Coronavirus epidemic snarls science worldwide”的文章，对86个SARS-CoV-2全基因组和近全基因组（near-complete genomes）进行了遗传分析。 基因组数据下载自GISAID数据库（https://www.GISAID.org/），86个病毒基因组来自中国（50例）、美国（11例）、澳大利亚（5例）、日本（5例）、法国（4例）、新加坡（3例）、英国（2例）、台湾（2例）、韩国（1例）、比利时（1例）、德国（1例）和越南（1例）的SARS-CoV-2感染患者。采用ClustalX2进行了双序列核酸比对，并以China/WHU01/2020/EPI_ISL_406716的基因序列作为参考基因组。 文章发现SARS-CoV-2的编码区和非编码区存在许多突变和缺失。这些分析结果为这种新型冠状病毒的遗传多样性和快速进化提供了证据。 4.附件： 原文链接 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1567134820300915
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  • 《Nat Microbiol：科学家成功识别出SARS-CoV-2的进化起源》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-08-10
    • 近日，一项刊登在国际杂志Nature Microbiology上的研究报告中，来自中国、欧洲和美国的研究人员通过重建引发COVID-19的SARS-CoV-2病毒的进化史后发现，产生该病毒的谱系已经在蝙蝠体内传播了几十年了，同时该谱系可能还包括其他有能力感染人类的其它病毒，相关研究发现对于未来有效预防这一病毒谱系所引发的疾病大流行具有一定的启示。 研究者Maciej Boni表示，冠状病毒拥有高度重组的遗传物质，这意味着病毒基因组的不同区域或许能从多个来源获得，这就是的重建SARS-CoV-2的起源变得非常困难；如今研究人员就必须识别出所有正在重组的区域并追溯其历史来源，因此研究人员通过联合研究，利用三种不同的生物信息学方法来识别并且移除SARS-CoV-2基因组中重组的区域，随后他们构建了非重组区域的系统发育历史，并将其相互比较，从而确定哪种特定的病毒在过去参与到了重组事件中去，这样研究人员就能重新构建SARS-CoV-2和其最接近的蝙蝠和穿山甲病毒之间的进化关系。 研究者发现，SARS-CoV-2所属的病毒谱系大约在40-70年前与其它蝙蝠病毒开始背离/分化，重要的是，尽管SARS-CoV-2与RaTG13冠状病毒在基因上相似（相似度大约96%），RaTG13冠状病毒是2013年研究人员从来自中国云南省的一只菊头蝠的样本中分离得到的；但研究者发现，早在1969年，SARS-CoV-2与RaTG13冠状病毒就开始发生分化了。研究者Philippe Lemey说道，本文研究中我们能利用拆分重组史后估计分叉时间的能力或许就能帮助深入研究多种不同病原体起源的历史。 研究者还发现，SARS-CoV-2与其近亲共享的一个古老的特征位于刺突蛋白的受体结合域（RBD）上，其能促进病毒识别并结合人类细胞表面上的受体；这就意味着，其它能够感染人类的病毒或许正在中国菊头蝠中进行传播；这些病毒真能从蝙蝠体内直接跳跃到人类机体中吗？还是需要一种中间物种才能够实现这一飞跃呢？研究者指出，对于SARS-CoV-2而言，其它研究人员或许错误地认为关键的进化突变会发生在穿山甲身上。 研究者Robertson表示，SARS-CoV-2的RBD序列迄今为止仅在少数几种穿山甲病毒中发现过，此外，被认为对SARS-CoV-2感染人类的能力至关重要的另一个关键特征—刺突蛋白中多个裂解位点的插入或许并未在与SARS-CoV-2亲缘关系较近的其它蝙蝠中观察到；然而，虽然穿山甲可能会作为SARS-CoV-2传播到人类机体中的中间宿主，但目前并没有证据表明，穿山甲的感染是病毒向人类传播的必要条件，相反，本文研究结果表明，SARS-CoV-2很有可能进化出了在人类和穿山甲机体上呼吸道中繁殖的能力。 研究者总结道，预防未来疾病的大流行就需要研究人员在更多野生蝙蝠体内采样，并实施能够有效识别人类新型病原体并实时响应的人类疾病监测系统；研究者Robertson说道，成功监测的关键就是知道我们要寻找哪些病毒，并优先考虑会容易感染人类的病毒；同时我们也应该为SARS病毒的流行做好充足的准备。目前我们在应对最初的SARS-CoV-2爆发已经为时过晚，但这或许并不会是我们最后一次冠状病毒的大流行，后期我们还需要建立一种更加全面的实时监测系统，在病例数还呈现两位数的时候及时出击锁定病毒。
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