《中国科学院海洋研究所在利用人工智能技术改进ENSO预测研究方面获新进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2022-03-08
  • 近日,中国科学院海洋研究所张荣华研究团队在人工智能与主振荡型物理分析方法相结合的混合建模及其对ENSO预测研究方面取得新进展,研究结果发表在学术期刊Advances in Atmospheric Sciences上。

    发生在热带太平洋的厄尔尼诺-南方涛动(ENSO)是气候系统中最强的年际变率信号,ENSO发生、发展对世界各地天气和气候都有重要影响,对其机制与预测研究有重大的科学意义和经济价值。半个多世纪的 ENSO研究已取得了重大成果,特别是对其提前月-季节尺度的实时预测成为可能,如当前的线性统计模式或基于数理方程的动力模式已能提前至少6个月对ENSO进行较好的实时预测,但预测技巧仍存在较大的误差和不确定性。另一方面,已有研究表明,基于大数据的神经网络模型可以极大地提高我们对ENSO的预测能力,但神经网络模型存在着可解释性差、计算复杂度高等问题。另外,目前关于人工智能改进ENSO预测等这方面的大部分研究主要停留在相关人工智能技术的直接应用上。考虑到地球科学研究中包括像ENSO这些现象具有物理过程清晰的时空结构和演变规律,如何把基于物理分析方法所得到的 ENSO时空演变特征与基于大数据的人工智能方法有机地结合起来进一步提高 ENSO预测技巧是气候变化领域的热点问题。

    为此,张荣华研究团队创新性地将主振荡型(POP)物理分析方法与卷积-长短期记忆网络(CNN-LSTM)相结合,构建了一个混合型神经网络模型(简称为POP-Net),并用于Nino 3.4区海表温度(SST)异常的预测。其中混合建模中所使用的POP方法是由德国科学家Hans von Storch和2021年诺贝尔物理学奖得主Klaus Hasselmann于1988年所提出,是一种用于从高维时空场中提取特定周期模态的方法。当采用POP方法分析 ENSO时空演变特征时,所得到的特征模态的实部与虚部空间型正负依次交替构成循环,表现出与 ENSO 相关的时空演变和准周期振荡特性。

    由此,可利用POP方法提取的特征周期性振荡模态来构建POP线性统计模式开展 ENSO 预测。同时,单独利用卷积-长短期记忆网络(CNN-LSTM)技术也能构建 ENSO 预测模式。进一步,把主振荡型(POP)物理分析与神经网络技术相结合开展混合建模而得到 POP-Net,进行 ENSO 预测。将POP方法提取到的多尺度物理信号与卷积神经网络(CNN)提取的空间特征图进行混合编码并输入到长短期记忆(LSTM)网络中进行时序分析,最后通过一个全连接层后即得到Nino 3.4预测值。通过这种方法所构建的POP-Net模型结构简单、训练速度快、预测精度高,拥有比单独的POP模式和CNN-LSTM模型更好的ENSO预测性能。

    三种预测模式试验结果表明,POP-Net模型可以提前17个月提供有效的ENSO预测(相关系数>0.5)且大幅改善春季预报障碍问题。这种结合物理过程分析与基于大数据的人工智能技术的混合建模方法可通过强化有效信息提取并削减无关噪音影响来有效提升ENSO的预测水平,特别该研究将POP方法提取的多尺度物理信息融合于神经网络模型中,以增强模型对ENSO可预测信息的捕捉能力,进而提高了模型的ENSO预测水平,并显著改善了春季预报障碍(SPB)问题。这些初步研究为基于物理过程分析方法与神经网络相结合的混合建模研究提供了新思路。

    该研究由中国科学院海洋研究所博士研究生周路、张荣华研究员(通讯作者)共同完成。研究得到中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金等项目的联合资助。 

    相关文章:

    Zhou, L. and R.-H. Zhang.: 2022: A hybrid neural network model for ENSO prediction in combination with principal oscillation pattern analyses. Adv. Atmos. Sci., https://doi.org/10.1007/s00376-021-1368-4.

    文章链接:

    http://www.iapjournals.ac.cn/aas/en/article/doi/10.1007/s00376-021-1368-4

  • 原文来源:http://www.qdio.cas.cn/2019Ver/News/kyjz/202203/t20220307_6385859.html
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  • 《中国科学院海洋研究所在利用人工智能技术提升气候模式性能方面取得新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-06-21
    • 近日,中国科学院海洋研究所张荣华研究员团队在明确的物理约束下,设计了首个基于深度学习和湍流观测数据的海洋垂向混合参数化方案用于海洋和气候模式中,其模拟效果优于基于物理经验关系的传统参数化方法,有效提升了海洋和气候模式的模拟性能。相关成果发表于National Science Review( 国家科学评论; IF=17.275)。 自2021年诺贝尔物理学奖获得者真锅淑郎等人于1969年首次建立了涵盖全球大气、海洋等分系统的耦合模式以来,海气耦合模式一直是进行气候研究的重要工具。世界气候研究计划(WCRP)从1995年起,先后组织了六次国际耦合模式比较计划(如最近的CMIP6产品),这些计划极大地推动了气候模式的发展和改进,并已经成为政府间气候变化专门委员会(IPCC)评估报告撰写的重要科学依据。然而,即使是2021年最新发布的CMIP6模拟结果,与观测之间仍存在较大的系统性差异,这些误差严重制约了模式对当前气候模拟和未来气候变化预估的能力,并直接影响到IPCC报告的可信度。鉴于此,气候模式误差的归因和消除一直是气候研究中的重要内容之一。 在“气候模式的系统性误差从何而来”的众多原因中,海洋垂向混合参数化方案存在很大的不确定性,是一个公认的重要误差来源。当前气候模式采用基于物理经验关系的参数化方案(如基于洋流切变和稳定度等海洋状态的 KPP方案),而这些方案估算的混合系数与观测事实差异较大,很难准确地刻画好观测到的海洋垂向湍流热交换过程,进而导致海温模拟等变量出现误差。尤其是在热带太平洋海区,基于物理关系的参数化方案估算的垂向涡扩散系数明显偏大和向下湍流热通量过强,是导致耦合模式中“冷舌”偏冷误差的重要原因。 参数化方案之所以出现不确定性,关键在于目前通用的方案都是基于预先假设的物理经验关系;由于目前对海洋湍流混合过程的物理认识还很有限,基于这些有限认识的经验关系自然会产生很大的不确定性。为解决这一难题,张荣华团队利用近十年热带太平洋海域的湍流观测记录,在明确的物理约束下,设计了首个基于深度学习的海洋垂向混合参数化方案。进一步将这一参数化方案应用到海洋环流和海气耦合模式中, 证实其对上层海洋垂向混合系数和垂向热通量表征的能力,从而有效改善热带太平洋的温度模拟结果。 国际人工智能地球科学权威专家Gustau Camps-Valls教授特别撰文评述该研究成果(https://doi.org/10.1093/nsr/nwac092),认为该研究以一种简洁(the beauty of the method lies in its simplicity)和切实可行(the work by Zhu et al. contributes in a very practical way)的方式,构建了性能更优的、泛化能力较强的参数化方案(the model is able to provide not only excellent parameterizations but also shows a certain degree of extrapolation/generalization),最终实现提升气候模式模式性能的目标。 论文第一作者为中国科学院海洋所朱聿超副研究员,通讯作者为张荣华研究员,合作者包括中国科学院海洋所王凡研究员、李晓峰研究员、李德磊副研究员以及美国俄勒冈州立大学James N. Moum教授。该研究成果得到了中国科学院海洋大科学研究中心、青岛海洋科学与技术试点国家实验室、中国科学院第四纪科学与全球变化卓越创新中心、中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金等项目的资助。 论文链接:https://doi.org/10.1093/nsr/nwac044
  • 《中国科学院海洋研究所在牡蛎基因组编辑方面获新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-06-07
    • 近日,中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室张琳琳团队在牡蛎基因组编辑方面获新进展,相关成果在学术期刊Frontiers in Marine Science发表。 随着对高品质动物蛋白需求的迅速增长,水产养殖正成为人类食用海产品的主要来源。然而,与许多成熟的陆生牲畜和作物系统相比,大多数水产养殖物种育种仍处于驯化的早期阶段。传统的育种方式,如选择、杂交和标记辅助育种系统,已经推进了水产养殖物种经济性状(包括抗病性、营养价值和生长质量等)的遗传改良。基因组编辑技术是近年来研究基因功能和解析性状最直接有效的方法,其中CRISPR/Cas9基因编辑技术因具有操作简单、靶点选择广、成本低、效率高等优点,为重要水产物种经济性状的遗传解析和良种培育提供了最直接有力的工具。 牡蛎为世界大宗水产养殖贝类,但和水产鱼类相比,基因组编辑育种技术在牡蛎中应用还处于起步阶段。针对牡蛎卵径小(~50 μm)、显微操作难、幼虫死亡率高、间接发育时间时间长以及在获得可遗传纯系方面难度大、成本高、耗时长的难题,中国科学院海洋所张琳琳研究团队经过长期的研究攻关,搭建了一套基于电穿孔的Cas9/sgRNA复合物高通量递送和突变体快速检测的技术平台,成功实现了对牡蛎(Crassostrea gigas angulate)基因组中标记基因(β-tubulin)的高效编辑。 研究采用作者前期研发的“长片段缺失镶嵌性突变技术”(Zhang L., et al, 2016, Nature Communications; Zhang L., et al., 2017, PNAS)。通过同时电穿孔多个靶基因sgRNAs,研究人员在长牡蛎靶向基因中检测到超过300 bp的长片段缺失突变,这使得研究人员可以使用PCR和常规琼脂糖凝胶电泳对突变体进行快速筛选和基因分型。这种同时传递两个以上sgRNAs以获得长片段缺失的策略是一个显著的改进,大大简化了基因组编辑基因型检测的工作流程。此外,利用原位杂交和行为学分析等表型检测手段,研究人员在牡蛎G0代幼虫中观察到了表型的镶嵌型突变(纤毛的缩短、缺失)和运动能力下降。这种镶嵌型突变有利于研究人员在G0代个体中对突变表型进行快速的鉴别,同时也能规避目标基因完全缺失导致的胚胎致死性。该研究在海洋经济贝类牡蛎中建立了基于电穿孔和长片段缺失镶嵌性突变的CRISPR/Cas9基因编辑平台,可为今后基于CRISPR/Cas9基因组编辑技术在海洋贝类中开展基因功能研究提供有益的参考,同时也为牡蛎以及其他水产养殖物种的基因组编辑育种提供有力的工具。 实验海洋生物学重点实验室博士后产久林和硕士研究生张韦为论文的共同第一作者,张琳琳研究员为通讯作者,科研助理许悦、研究生薛雨、吴富村副研究员、张国范研究员和李莉研究员参与了该项目。研究得到了山东省“海洋生命资源绿色发展技术与应用”工作站,中国科学院先导专项B和国家海外引才计划青年项目等项目的资助。 相关成果如下: 1.Chan, J.#, Zhang, W.#, Xu, Y., Xue, Y. & Zhang, L.* (2022). Electroporation-based CRISPR/Cas9 mosaic mutagenesis of β-tubulin in the cultured oyster. Frontiers in Marine Science, 9: 912409. doi: 10.3389/fmars.2022.912409. 2.张琳琳,许悦,张韦,产久林。快速获得基因型和表型突变的CRISPR/Cas9基因敲除方法及应用,专利申请号202210378237.8。 3.张琳琳,张韦,许悦,产久林。长牡蛎β-tubulin基因的电穿孔基因编辑方法及应用,专利申请号202210378335.1。 4.张琳琳,许悦,吴富村。一种皱纹盘鲍CRISPR/Cas9基因编辑的方法,专利申请号202111053880.5。 5.Zhang, L., Mazo-Vargas, A. & Reed R.* (2017). A single master regulatory gene coordinates the evolution and development of butterfly color and iridescence. Proceedings of the National Academy of the USA, 114(40):10707-12. 6.Zhang, L. & Reed R.D.* (2016). Genome editing in butterflies reveals that spalt promotes and Distal-less represses eyespot colour patterns. Nature Communications, 7, 11769.