《研究综述:2020年10月9日》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2020-10-13
  • 欢迎收看2020年10月9日的《研究综述》(Research Roundup),这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。

    抗疟疾的新方法

    一项新的研究发现,有前途的抗疟化合物还可以杀死肠内寄生虫隐孢子虫(Cryptosporidium)。隐孢子虫是导致儿童腹泻和死亡的主要原因,目前无法治愈。这项工作由宾夕法尼亚大学的Boris Streipen、佛蒙特大学的Christopher Huston和Broad化学生物学和治疗学科学项目的alum Eamon Comer领导。此前发现的双环氮杂丁以一种新的方式杀死疟疾寄生虫,在四天每天一次的治疗后,可以消除小鼠的隐孢子虫感染。在《科学转化医学》和一份新闻稿中描述,这项研究可能有助于为开发迫切需要的治疗方法铺平道路。

    记住

    寻找的分子根记忆存储在大脑中,Asaf马可(麻省理工学院),高级会员Li-Huei蔡的单元电路程序和Picower研究所学习和记忆在麻省理工学院,和他的同事们分析了表观基因组印迹细胞基因组结构和三维,记忆形成神经元,通过学习改变。在老鼠模型中,激活的神经元被永久标记,他们发现记忆编码增加了染色质的可及性,而没有基因表达的改变。记忆的巩固重组了大的染色质片段,记忆的回忆导致新的启动子和增强子的相互作用,并改变突触室中蛋白质合成相关基因的表达。更多信息请阅读《自然神经科学》。

    基于脂蛋白的心脏病风险评分

    高水平的脂蛋白(a)会增加患心脏病的风险,但医生很少测量这种脂蛋白的水平。来访的学生马克(英属哥伦比亚大学),一条对付责难者Pradeep Natarajan,准会员的程序在医学和种群遗传学和马萨诸塞州总医院,和他的同事使用43脂蛋白(a)基因变异的数据来自370000多个英国生物库参与者来计算一个新的遗传风险评分预测能力匹配的脂蛋白(a)血液心脏病风险的测量。这种风险评分可以帮助医生识别高风险患者,特别是那些没有通过传统血液检测的患者。更多信息请参阅麻省总院发布的JAMA Cardiology和Natarajan的推文。

    该模型小鼠

    C9ORF72的六核苷酸重复扩增(一种DNA突变)是肌萎缩性脊髓侧索硬化症和额颞叶痴呆最常见的遗传原因。对这种突变的不同转基因小鼠模型的初步研究,在生存和运动表型方面得出了相互矛盾的结果。斯坦利精神病学研究中心的研究所成员凯文·埃根,丹尼尔·莫德斯和他的同事对两组独立的具有相同突变的转基因小鼠进行了广泛的表型分析,以评估它们在神经退行性疾病研究中的应用。他们在《神经元》杂志上写道,在这两个队列中,他们都没有报告存活率、运动功能或神经退行性变方面的可重复性异常。

相关报告
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    • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-11-02
    • 欢迎收看2020年10月30日的《研究综述》(Research Roundup),这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。 COVID是我们基因中的合作者 抗击COVID-19的关键是更清楚地了解我们自己的基因是如何导致这种疾病的。Peter DeWeirdt, Ruth Hanna,研究所科学家John Doench和基因干扰平台的其他成员,与Craig Willen(耶鲁大学)及其同事一起,进行了全基因组CRISPR筛查,以对抗导致COVID-19、MERS和2003年SARS爆发的病毒,寻找影响冠状病毒感染的宿主基因。他们在《细胞》中报道,HMGB1和SWI/SNF蛋白复合物成员是前病毒的,而组蛋白H3复合物发挥抗病毒作用。在耶鲁/布罗德新闻中了解更多。 许多错义变异涉及氨基酸的取代,解释它们对蛋白质结构和功能的影响是具有挑战性的。使用超过14000实验解决了人类蛋白质结构,研究科学家Sumaiya伊克巴尔和组长阿瑟·坎贝尔疗法的发展,中心的丹尼斯·拉尔斯坦利中心的精神病遗传学,和他的同事们的特征氨基酸位置影响错义变异从1330年疾病有关的基因。在PNAS上的一项研究中,该团队描述了与33000个致病错义变异、在普通人群中发现的165000个变异相关的关键特征,以及24种蛋白质中氨基酸位置改变的独特特征。他们还表明,变种的功能特异性3D特征与BRCA1和PTEN的诱变实验结果相匹配。在这里探索所有的数据。 宿主与微生物的相互作用会给最多样化的生物聚合物——聚糖带来进化压力。在细胞宿主和微生物,丹尼尔Bojar (Wyss /麻省理工学院),王妃权力(Wyss /麻省理工学院),•迪奥戈卡马乔(Wyss)和麻省理工学院的学院成员吉姆·柯林斯,Wyss研究所和广泛的传染病和微生物项目,目前资源工具包包括机器学习与大量多糖数据库和生物信息学方法利用进化信息出现在聚糖。基于一种名为“甜言蜜语”的深度学习语言模型,该工具箱能够进行基于聚糖的宿主-微生物相互作用研究。
  • 《研究综述:2020年9月18日》

    • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-09-25
    • 欢迎收看2020年9月18日的《研究综述》,这是一篇由Broad研究所的科学家和他们的合作者发表的最新研究的重现快照。 推进COVID-19诊断 Julia Joung、Alim Ladha、麻省理工学院麦戈文研究员Omar Abudayyeh和Jonathan Gootenberg、核心研究所成员Feng Zhang及其合作者一直在开发一种基于crispr的COVID-19诊断方法,可以在30分钟到1小时内产生结果。这种被称为STOPCovid的测试,原则上可以以足够低的成本进行日常测试。在《新英格兰医学杂志》(New England Journal of Medicine)上,研究人员描述了他们方案中的新进展,并揭示STOPCovid在402例患者样本中正确检测出93%的已知COVID-19阳性病例。请阅读更多MIT新闻故事。 慢性淋巴细胞白血病的治疗耐药 从健康供体移植血液干细胞可以治愈慢性淋巴细胞白血病患者,但仍有一些复发。博士后Pavan Bachireddy,研究所成员Catherine Wu在癌症项目中,和同事们通过对10个病人的癌细胞的遗传、转录组和表观遗传学分析,探索了这种移植后复发的机制。他们在这些患者中发现了两种不同的模式:早期复发,这是由患者细胞中已经存在的耐药性引起的;晚期复发,由存活癌细胞群的迅速变化所驱动。更多信息请访问《科学转化医学》和Bachireddy的推文。 障碍因素 肿瘤微环境中的信号可以抑制机体自身的抗肿瘤免疫反应。使用单细胞RNA序列,博士后学者Nandini Acharya和Asaf Madi,核心成员(休假)特拉维夫Regev Vijay Kuchroo协会成员,和协会成员安娜安德森细胞天文台在卡拉曼和他的同事发现在临床前模型和黑色素瘤患者没有回应检查点封锁治疗,糖皮质激素信号导致失调,增加“精疲力尽”CD8 +淋巴细胞。在免疫方面,这项工作表明糖皮质激素抑制剂可以帮助患者对检查点阻断疗法产生反应。 一半的措施 细菌可以通过控制其表面多糖链的长度来调节免疫反应。然而,链长对细菌生理和抗生素敏感性的影响尚不清楚。通过研究缩短半乳糖体链分枝杆菌(一种多糖链),协会成员劳拉·基斯林的传染性疾病和微生物项目(IDMP)和合作者发现减少大约一半的链长影响细菌生理和几个细胞属性,包括细胞渗透性、形态、抵抗环境压力和抗生素敏感性。了解更多科学进展。 驾驶铁 细胞是如何变得对铁依赖的细胞死亡形式的ferroptosis敏感的?博士后研究人员领导的研究小组仪陇邹,惠特尼·亨利,和艾米丽Ricq,连同相关教员怀特黑德研究所的罗伯特·温伯格和化学生物学的核心成员斯图亚特·施赖伯疗法科学程序,使用全基因组CRISPR-Cas9筛查发现氧化细胞器过氧化物酶体有助于ferroptosis敏感性在人类癌症细胞。通过脂质体分析,他们发现过氧化物酶体合成醚脂质,醚脂质作为脂质过氧化的底物,而脂质过氧化会导致铁作用。在《自然》杂志的报道中,他们指出,降低醚类脂质的癌细胞可以转变为铁铁抵抗状态,而醚类脂驱动其他非癌细胞的铁铁作用。 研究癌症中的非编码基因组 为了了解肿瘤发展背后的机制,研究人员需要对编码和非编码基因组的情况有一个准确的了解。在《自然癌症》杂志的一篇综述中,犹他州大学的张晓阳和癌症项目的研究所成员Matthew Meyerson探讨了与癌症相关的非编码变异的已知情况,综述了研究这些变异的方法,并讨论了对它们进行治疗的前景。 通过饮食控制慢性肾脏疾病 研究人员还没有充分探索在慢性肾病(CKD)进展和治疗中饮食-微生物群相互作用的机制作用。膳食蛋白增加硫化氢(影响多种生理功能)和肠道细菌产生尿毒症毒素。IDMP的助理成员Wendy Garrett, Lior Lobel和他的同事发现高含硫氨基酸的饮食改变了一种关键的微生物酶——色氨酸酶的活性,减少了尿毒症毒素的产生,减缓了慢性肾病在小鼠体内的进展。据《科学》杂志报道,研究人员得出结论,饮食是控制CKD的一个重要方面。