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《研究综述:2020年10月30日》

  • 来源专题：人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者： yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间：2020-11-02

  • 欢迎收看2020年10月30日的《研究综述》(Research Roundup)，这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。

    COVID是我们基因中的合作者

    抗击COVID-19的关键是更清楚地了解我们自己的基因是如何导致这种疾病的。Peter DeWeirdt, Ruth Hanna，研究所科学家John Doench和基因干扰平台的其他成员，与Craig Willen(耶鲁大学)及其同事一起，进行了全基因组CRISPR筛查，以对抗导致COVID-19、MERS和2003年SARS爆发的病毒，寻找影响冠状病毒感染的宿主基因。他们在《细胞》中报道，HMGB1和SWI/SNF蛋白复合物成员是前病毒的，而组蛋白H3复合物发挥抗病毒作用。在耶鲁/布罗德新闻中了解更多。

    许多错义变异涉及氨基酸的取代，解释它们对蛋白质结构和功能的影响是具有挑战性的。使用超过14000实验解决了人类蛋白质结构,研究科学家Sumaiya伊克巴尔和组长阿瑟·坎贝尔疗法的发展,中心的丹尼斯·拉尔斯坦利中心的精神病遗传学,和他的同事们的特征氨基酸位置影响错义变异从1330年疾病有关的基因。在PNAS上的一项研究中，该团队描述了与33000个致病错义变异、在普通人群中发现的165000个变异相关的关键特征，以及24种蛋白质中氨基酸位置改变的独特特征。他们还表明，变种的功能特异性3D特征与BRCA1和PTEN的诱变实验结果相匹配。在这里探索所有的数据。

    宿主与微生物的相互作用会给最多样化的生物聚合物——聚糖带来进化压力。在细胞宿主和微生物,丹尼尔Bojar (Wyss /麻省理工学院),王妃权力(Wyss /麻省理工学院),•迪奥戈卡马乔(Wyss)和麻省理工学院的学院成员吉姆·柯林斯,Wyss研究所和广泛的传染病和微生物项目,目前资源工具包包括机器学习与大量多糖数据库和生物信息学方法利用进化信息出现在聚糖。基于一种名为“甜言蜜语”的深度学习语言模型，该工具箱能够进行基于聚糖的宿主-微生物相互作用研究。

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    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
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    • 欢迎收看2020年10月9日的《研究综述》(Research Roundup)，这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。 抗疟疾的新方法 一项新的研究发现，有前途的抗疟化合物还可以杀死肠内寄生虫隐孢子虫(Cryptosporidium)。隐孢子虫是导致儿童腹泻和死亡的主要原因，目前无法治愈。这项工作由宾夕法尼亚大学的Boris Streipen、佛蒙特大学的Christopher Huston和Broad化学生物学和治疗学科学项目的alum Eamon Comer领导。此前发现的双环氮杂丁以一种新的方式杀死疟疾寄生虫，在四天每天一次的治疗后，可以消除小鼠的隐孢子虫感染。在《科学转化医学》和一份新闻稿中描述，这项研究可能有助于为开发迫切需要的治疗方法铺平道路。 记住 寻找的分子根记忆存储在大脑中,Asaf马可(麻省理工学院),高级会员Li-Huei蔡的单元电路程序和Picower研究所学习和记忆在麻省理工学院,和他的同事们分析了表观基因组印迹细胞基因组结构和三维,记忆形成神经元,通过学习改变。在老鼠模型中，激活的神经元被永久标记，他们发现记忆编码增加了染色质的可及性，而没有基因表达的改变。记忆的巩固重组了大的染色质片段，记忆的回忆导致新的启动子和增强子的相互作用，并改变突触室中蛋白质合成相关基因的表达。更多信息请阅读《自然神经科学》。 基于脂蛋白的心脏病风险评分 高水平的脂蛋白(a)会增加患心脏病的风险，但医生很少测量这种脂蛋白的水平。来访的学生马克(英属哥伦比亚大学),一条对付责难者Pradeep Natarajan,准会员的程序在医学和种群遗传学和马萨诸塞州总医院,和他的同事使用43脂蛋白(a)基因变异的数据来自370000多个英国生物库参与者来计算一个新的遗传风险评分预测能力匹配的脂蛋白(a)血液心脏病风险的测量。这种风险评分可以帮助医生识别高风险患者，特别是那些没有通过传统血液检测的患者。更多信息请参阅麻省总院发布的JAMA Cardiology和Natarajan的推文。 该模型小鼠 C9ORF72的六核苷酸重复扩增(一种DNA突变)是肌萎缩性脊髓侧索硬化症和额颞叶痴呆最常见的遗传原因。对这种突变的不同转基因小鼠模型的初步研究，在生存和运动表型方面得出了相互矛盾的结果。斯坦利精神病学研究中心的研究所成员凯文·埃根，丹尼尔·莫德斯和他的同事对两组独立的具有相同突变的转基因小鼠进行了广泛的表型分析，以评估它们在神经退行性疾病研究中的应用。他们在《神经元》杂志上写道，在这两个队列中，他们都没有报告存活率、运动功能或神经退行性变方面的可重复性异常。
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  • 《研究综述:2020年10月16日》
    • 来源专题：人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2020-10-22
    • 欢迎收看2020年10月16日的《研究综述》(Research Roundup)，这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。 减少MPN风险 随着年龄的增长，造血干细胞的某些突变最终会导致癌症或使人易患心血管疾病。两支球队,包括亚历山大·比克埃里克•鲍Satish Nandakumar,院长辽、准成员Pradeep Natarajan(马萨诸塞州综合医院)和Vijay Sankaran(波士顿儿童医院和丹娜-法伯癌症研究所)的程序在医学和种群遗传学(MPG),和他的同事们发现遗传基因变异,增加收购这些突变的风险在肝星状细胞在人的一生中。这些突变导致两种年龄相关的血液疾病之一:骨髓增生性肿瘤(MPNs)和克隆性不确定潜能造血(CHIP)。研究结果表明，一些遗传的基因变异能够促进造血干细胞的自我更新，可能导致造血干细胞库的扩大，从而导致MPNs或芯片的产生。阅读两篇《自然》杂志的文章和一篇文章。 核代谢的最新观点 细胞代谢支持细胞的所有生物活动，但机制调节代谢产物在细胞核尚不清楚。自然代谢(付费)的评论文章,博士后学者鲁本恩惠和Giorgia对峙和准会员劳尔Mostoslavsky质量一般基因学计划突出最近的努力描述影响代谢的机制,在细胞核和细胞的核之间的代谢产物是如何重新分配和无核隔间。作者认为，将新陈代谢和表观遗传学研究应用于核代谢，可以为理解细胞命运和治疗疾病带来新的方法。 很久以前在瓦努阿图 3000多年来，人类一直在穿越太平洋的瓦努阿图群岛。为了更清楚地了解这些迁徙的历史，MPG的副成员David Reich和他的同事研究了来自瓦努阿图和大洋洲其他地方的45个远古个体的基因组，并将他们的发现与现代人口的数据进行了比较。他们的分析揭示了群岛上的三波定居浪潮:首先是与东亚人和东南亚人关系密切的人;然后是来自巴布亚新几内亚东部的新不列颠人;最后是波利尼西亚的多个祖先。了解更多当代生物学。 一种新的单细胞rna序列分析技术 在《免疫》杂志上，一个由Travis Hughes, Marc Wadsworth, Todd Gierahn(麻省理工学院)，助理成员J. Christopher Love和研究所成员Alex Shalek领导的团队介绍了一种新的单细胞rna测序方案，该方案可以提高高通量数据收集的效率。这项被称为Seq-Well S3的新技术增加了可以同时被描绘的细胞数量，同时捕获高质量的生物信息。研究人员使用新方案分析了来自五种不同皮肤病患者的约40000个细胞，为未来研究人类皮肤炎症提供了资源。阅读更多麻省理工新闻故事和休斯的推文。 疾病的BAF结构模型 大约20%的人类癌症以及一些神经发育和智力障碍综合征都与一组被称为BAF的染色质重塑蛋白的突变有关。但是，人们对BAF在人体中的结构以及它是如何导致疾病的知之甚少。现在，Nazar Mashtalir, Akshay Sankar，研究所成员和表观基因组学项目的副主任Cigall Kadoch和同事们已经产生了第一个人类BAF复合体的结构模型，并发现与疾病相关的突变聚集在复合体的关键结构界面，削弱了它的染色质重塑活性。这些发现发表在《细胞》杂志上，为研究人员全面了解BAF在健康和疾病中的作用提供了强有力的基础。
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