污水厂的出水必须经过消毒，这是由于城市生活污水中含有大量的微生物，其中包含对人类有害的细菌，原生动物的卵囊虫及胞囊，蠕虫，病毒等。众多的有害微生物的检验工作量非常巨大，为了更快速的检测污水中的有害微生物数量，把粪大肠菌群数作为污水厂的生物学危害的指标，污水厂在排出厂之前，要进行相应的流程，来把粪大肠菌群数降低到一定的指标范围内，使污水中的有害微生物降低环境可接纳，这就是污水厂的消毒。要注意污水厂的消毒不是灭菌，消毒是达到一定数量就可以了，灭菌是全部灭杀。
污水厂的消毒中常用的其他消毒剂有很多，次氯酸钠是比较常用的一种，次氯酸钠是作为氯消毒剂的一种，其消毒原理和氯气的消毒原理基本相同，是通过对微生物体内的酶（也就是现在很流行的“酵素”）的活性抑制来实现微生物的灭活消毒的。在氯消毒剂中常用有效氯的说法来进行消毒效果的衡量，氯气消毒的作用机理是在氯气在水中通过夺取生物体内电子变成Cl-来进行消毒，所以有效氯是指氯气生成Cl-的数量，而次氯酸钠（NaClO）中的Cl氯离子为+1价位，变为-1价位，要夺两个电子，也就是两个当量的氯，因此次氯酸钠的有效氯含量就是：在一些文献资料中，对氯的消毒都是采用有效氯来计算的，次氯酸钠的有效氯就是95.3%。一般污水厂采用的都是工厂制备好的次氯酸钠直接运输到厂内进行投加的，次氯酸钠的溶液的溶液的浓度在12~15%之间，换算成有效氯就是11~13%之间。因此污水厂在采购次氯酸钠期间，不要被一些商家误导，一般有效氯在10%左右就是正常了，高于这个值都是虚假的成分较多，而且越高浓度的次氯酸钠越容易挥发，在污水厂储存期间，很容易挥发降低浓度，在储存罐顶部要注意留有氯气释放孔，储存空间要强制排风，防止有毒气体的积攒。污水厂在使用过程中的次氯酸钠一般以10%的有效氯来计算。
污水厂的化验室可以通过余氯检测的碘量法（GB19106-2013次氯酸钠国家标准）的实验方法来检测购买的次氯酸钠产品中的有效氯的含量，也是污水厂保证采购消毒商品合格的标准检测手段。
