新发传染病是指造成地区性或国际性公共卫生问题的新识别的和以往未知的传染病，常由新种或新型病原微生物所引起，大致可分为二类：第一类：某些疾病早已存在，但未被认为是传染病或未证实病原体，近来因诊断技术的进步，发现并证实这些疾病的病原体。如军团病、莱姆病、丙肝、戊肝等。第二类：某些疾病过去可能确实不存在，由于微生物发生的适应性变异和进化，以及病原体来自动物的传染病，如艾滋病、SARS等。