登录
 机构网站
  1. 首页
  2. 情报产品
  3. 快讯详情

《使用环介导等温扩增（LAMP）和MinION TM纳米孔测序仪的新型疟疾诊断方法》

  • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
  • 编译者： 张玢
  • 发布时间：2017-11-15

  • 本文展示了使用环介导等温扩增（LAMP）和MinION™纳米孔测序仪的新的人类疟疾诊断程序。生成了针对所有五种人疟原虫物种的18S-rRNA基因的特异性LAMP引物，包括两种卵形疟蚊亚种（P.falciparum，P.vivax，P.orvaleerikeri，P.ovale curtisi，P. knowlesi和P.malariae）并检查了印度尼西亚63名疟疾患者的血样。此外，使用MinION™纳米孔测序仪对LAMP产品进行扩增子测序，以鉴定每个疟原虫物种。LAMP方法允许扩增参考质粒的所有靶向的18S-rRNA基因，每个反应的检测限度为10-100个拷贝。 63例临床标本中，54例和55例采用巢式PCR和LAMP法分别阳性。通过使用MinION TM的LAMP扩增子测序分析鉴定疟原虫物种与参考质粒序列和巢式PCR的结果一致。该诊断方法与LAMP和MinION™相结合，即使在资源有限的情况下，也能成为鉴定人类疟原虫物种的简单而准确的工具。

106浏览量
原文链接
相关报告

  • 《基于脑脊液cfDNA的纳米孔测序可对脑肿瘤患者进行初步诊断及分类》
    • 来源专题：脑科学与类脑研究
    • 编译者：苑亚坤
    • 发布时间：2023-09-28
    • 近日，德国汉堡-埃彭多夫大学医学中心的研究人员及合作者在Clinical Chemistry上发表了题为“Classification of Brain Tumors by Nanopore Sequencing of Cell-Free DNA from Cerebrospinal Fluid”的文章。研究团队对来自脑肿瘤患者脑脊液（CSF）中的游离DNA（cfDNA）进行了纳米孔测序，并使用随机森林分类器分析了拷贝数变异（CNV）和整体DNA甲基化模式。结果显示，在45%的样本中检测到了循环肿瘤DNA（ctDNA）并成功对肿瘤进行了分类，包括疾病进展患者和无已知残留病变患者样本。在所有含有可检测肿瘤DNA的样本中，CNV分析成功率高于比甲基化分析，总检出率分别为88%和44%。综上，来自CSF样本的cfDNA纳米孔测序数据可能是脑肿瘤初步诊断的一种潜在方法，也是疾病监测的重要工具。
    184浏览量
    原文链接

  • 《核酸扩增检测法快速诊断胸膜结核的价值》
    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：李阳
    • 发布时间：2016-03-24
    • 胸膜结核是仅次于淋巴结结核的第2种常见肺外结核，目前对胸膜结核的诊断主要依赖于胸膜活检标本和（或）胸腔积液标本的传统病原微生物检测，包括胸腔积液理化检测、抗酸染色、培养鉴定、聚合酶链反应以及病理组织学检查等，然而这些诊断鉴定方法的敏感度及特异度较低且耗时耗力。而新型分子检测法核酸扩增（Xpert MTB/RIF）技术以全自动半巢式实时PCR技术为基础，以rpoB基因为靶基因可在2小时内同时检测MTB和利福平耐药，目前在肺结核诊断领域应用较为广泛，且其对肺结核的诊断价值也已逐步得到证实，因此进一步探讨其用于肺外结核诊断的可行性是很有必要的。为此，来自天津中医药大学第一附属医院及南昌大学第一附属医院的研究人员采用Xpert MTB/RIF检测了痰标本抗酸染色阴性可疑胸膜结核患者的胸膜活检组织及胸腔积液标本中的MTB并分析了利福平耐药情况，评价其在胸膜结核快速诊断中的应用价值，其相关成果发表于《中华结核和呼吸杂志》2015年第38卷第10期。 研究人员以香港大学深圳医院、南昌大学第一附属医院、江西省胸科医院及南昌大学第二附属医院2011年1月至2012年11月收治的126例胸膜结核临床疑似患者的胸膜活检组织及胸腔积液标本为样本，分别采用抗酸染色法、罗氏培养基培养法、全自动快速分枝杆菌培养鉴定药敏仪（BACTEC MGIT 960系统）培养法及Xpert MTB/RIF对其进行检测和对比分析，并采用SPSS 17.0对结果进行统计分析，以敏感度、特异度、阳性预测值及阴性预测值作为诊断性能的评价指标。 研究发现以胸膜活检组织标本的传统分离培养结果（55例标本确诊为分枝杆菌阳性，71例确诊为阴性）为金标准，Xpert MTB/RIF法以胸膜活检组织作为标本的敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为85.5％（47/55）、97.2％（69/71）、95.9％（47/49)和89.6％（69/77），以胸腔积液作为标本的敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为43.6％（24/55）、98.6％（70/71）、96.0％（24/25）和69.3％（70/101）；以BACTEC MGIT 960系统的药敏试验结果为参考标准，Xpert MTB/RIF法检测利福平药敏试验的利福平耐药率及敏感符合率分别为90.9％（9/10）和93.9％（31/33）。结合测序药敏结果，利福平耐药率及敏感符合率分别为90.9％（10/11）和96.9％（31/32）。 综上所述，Xpert MTB/RIF法与传统病原学检测方法相比具有敏感度及特异度高、检出时间短的优势，适用于对痰标本抗酸染色阴性的可疑胸膜结核患者胸膜结核的临床快速诊断，且胸膜活检组织标本较胸腔积液标本更适合Xpert MTB/RIF法对胸膜结核的准确特异快速诊断。
    206浏览量
    原文链接