《化学所发展出界面超分子手性传递分子机理研究新方法》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: 姜丽华
  • 发布时间:2023-02-13
  •   手性在自然界中无处不在。界面所具有的非中心对称性为分子在界面的聚集和组装过程产生对称性破缺创造了先天条件,因此相比于体相,研究界面手性传递、自组装手性动力学对于探索手性起源、探寻生命起源、制备手性材料具有重要意义。  

      界面手性超分子自组装是近年来备受瞩目的研究领域之一。它与手性生命系统密切相关,也是构建大型功能性手性材料的重要方法。超分子手性与分子的手性相关,且取决于分子的空间排列。研究超分子手性形成机制中重要而困难的科学问题之一是原位研究界面分子手性如何被传递到超分子水平。迄今为止,这一问题尚未有明确答案。非线性光学方法较其他研究手段具有原位、界面和手性研究的敏感性,为阐释手性物质结构与其特性之间的关系提供了重要技术和方法。  

      近年来,中国科学院化学研究所分子反应动力学实验室研究员张贞课题组在界面超分子自组装单层膜的结构手性、手性调控(J. Phys. Chem. B. 2020, 124, 8179-8187)、界面生物膜磷脂分子由手性碳原子传递至宏观结构手性的分子机理(J. Chem. Phys. 2022, 156, 094704)以及界面手性分子诱导非手性分子组装动力学及其手性组装分子机理(J. Phys. Chem. Lett. 2022, 13, 3523-3528)方面取得系列成果。近日,在上述研究的基础上,科研人员使用自行研制的非线性光谱及成像仪器并结合分子动力学模拟,从分子水平进一步探索了界面超分子手性构筑过程中手性从分子手性中心到超分子尺度的手性传递机制,建立了非线性光谱定量研究界面超分子长程手性传递的方法。

      该工作通过手性和频振动光谱(chiral SFG)结合分子动力学(MD)模拟研究了两亲分子L-/D-GAn (N, N’-bis (octadecyl)-L-/D-(anthracene-9-carboxamide)-glutamic diamide)单分子膜界面,原位探究在构筑超分子单层的过程中,手性信息是如何在分子各基团间传递,并计算出分子各基团的取向信息以及组装形成的氢键数目。研究发现,位于谷氨酸单元的手性中心通过分子间氢键诱导与之相连的酰胺基团发生轻微扭曲,将手性传递到酰胺基团、蒽环和疏水烷基链上。研究表明,手性中心的手性信息可以通过分子间弱的非共价相互作用传递到400-500 nm距离内的数百个分子中。该研究对于阐释分子本征手性和超分子手性之间的关系具有重要意义。  

      12月14日,相关研究成果在线发表在《自然-通讯》(Nature Communications)上。研究工作得到国家自然科学基金、北京市自然科学基金和中国科学院的支持。


  • 原文来源:https://www.cas.cn/syky/202212/t20221216_4858157.shtml
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  • 《上海有机所发展出多层代谢网络技术》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2022-12-07
    •   中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心研究员朱正江课题组在《自然-通讯》(Nature Communications)上,在线发表了题为Metabolite Annotation from Knowns to Unknowns through Knowledge-guided Multi-layer Metabolic Networking的研究论文。该工作发展出知识驱动的多层代谢网络技术(Knowledge-guided multi-layer networking,KGMN),在复杂生物样本中实现了未知代谢物的大规模鉴定。    生命体代谢组包含内源性产生的已知代谢物,以及微生物菌群、植物、食物和其他来源的未知代谢物。这些未知代谢物对生命活动具有重要的调控作用。然而,如何大规模鉴定未知代谢物是当前代谢组学研究的热点和难点。前期研究中,朱正江课题组发展了基于代谢反应网络的代谢组学技术MetDNA(Nature Communications, 2019, 10: 1516)。该技术利用代谢反应网络中产物和底物存在结构相似性与二级质谱图相似性的基本原理,设计了代谢物二级质谱图“谱图借用”、“多次迭代”算法,利用标准谱图库鉴定出的代谢物作为种子,依靠代谢反应网络进行代谢物注释的迭代和传递,突破了标准二级质谱图库的覆盖度限制,实现大规模的已知代谢物鉴定。然而,该技术仍存在一些局限:代谢物鉴定传递的过程仅限于已知代谢反应网络,因而无法用于发现新的未知代谢物;复杂质谱数据中的大量冗余信号(如同位素峰、加合物峰、中性丢失和源内裂解等)会对代谢物的鉴定造成假阳性。    研究进一步发展了知识驱动的多层代谢网络技术(KGMN),实现了从已知代谢物鉴定未知代谢物的能力,并显著提升了代谢物鉴定的准确度。基于该技术,科研人员开发出第二代MetDNA软件(MetDNA2)。该技术首次整合了3层代谢网络(图1)——知识驱动的代谢反应网络、知识引导的二级质谱图相似性网络、全局代谢峰相关性网络。研究利用理论代谢反应对已知的代谢反应网络进行扩展,从而构建了包含已知和未知代谢物的扩展代谢反应网络(KMRN,网络1)。MetDNA2从标准谱图库鉴定出的种子代谢物出发,基于扩展代谢反应网络和“谱图借用”策略,构建二级质谱图相似性网络(网络2)。该策略可通过多次迭代和循环扩增的算法,将代谢组学质谱数据中所有已知和未知代谢物连接,直至没有新的注释代谢物。在网络2中,代谢物节点之间的连接有四个限制条件——MS1 m/z、保留时间、MS/MS谱图相似性和代谢反应转化(metabolic biotransformation)。对于注释的每一个代谢物,MetDNA2会进一步通过靶向检索其相关的冗余质谱特征峰(如同位素峰、加合物峰、中性丢失和源内裂解等),并构建全局代谢峰相关性网络(网络3)。利用全局代谢峰相关性网络,MetDNA2对注释的代谢物结果进行全局优化,提升代谢物鉴定的准确度,去除假阳性注释结果返回最终鉴定结果。整个数据处理流程全程自动化,无需人工干预,提升了数据分析的效率。         利用上述技术,MetDNA2对已知代谢物的鉴定准确性从~70%提升至>95%。同时,在不同的生物样本中,MetDNA2还可鉴定~100-300个未知代谢物。MetDNA2对单个生物样本鉴定的代谢物数目在2000-5000个左右。在MetDNA2中,每一个鉴定结果均根据国际代谢组学协会标准指定特定的可信度。此外,MetDNA2还包含一系列重要的更新和升级,如全面升级的标准代谢物谱图数据库(>2000个代谢物);两种不同色谱体系的保留时间数据库(HILIC和C18体系);适配所有厂商的高分辨二级质谱数据等。    为了相关研究便捷的应用这一工具,课题组提供了用户友好型的界面和网站MetDNA2(http://metdna.zhulab.cn/),学术用户可免费注册使用。该工作开发的KGMN技术已申请国家发明专利和国家软件著作权。相关技术和软件的商业用途需要联系朱正江进行授权使用。研究工作得到国家自然科学基金、科技部、中国科学院、上海市科学技术委员会等的支持。
  • 《BMS“进军”反义药物:发现控制3D分子结构的新方法》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-08-06
    • 近年来,反义药物在临床前实验及临床试验中取得了喜人的结果,反义技术也得到进一步发展。反义技术是一种全新的药物设计方法,主要是根据碱基互补配对原则和核酸杂交原理,从基因复制、转录、剪接、转运翻译等水平上调节靶基因的表达,干扰遗传信息从核酸向蛋白质的传递,从而达到抑制、封闭或破坏靶基因的目的。 日前,百时美施贵宝(BMS)与斯克利普斯研究所(Scripps Research Institute)合作的一项研究提出了一种可以更快开发新药并改进药品制造的解决方案,将有助于基因医学的发现、传递和开发,让更多的患者受益。 每当患者服用一种反义药物时(如脊髓性肌萎缩治疗药物Spinraza),实际上可能会接受数千种不同类型的化合物,这些化合物的空间结构往往各不相同。鉴于生物分子的三维结构经常影响它们的功能,科学家们已经建议使用“立体定义系统”,即药物原子在空间排列受到严格控制,这样做可能使药物更稳定、更安全、更有效。 使用现有方法,即使少量立体定义的异构体也很难制造出来,更不用说临床试验中需要制造成千上万的特定立体异构体,再从中筛选出作为治疗最有效或者反过来可能引起副作用的药物。参与此次试验的Phil Baran教授表示,两家公司参与完成的这项技术突破使用了一种不同形式的磷(P),而不是传统上用来启动寡核苷酸生产的方法。 BMS与斯克利普斯研究所在合成过程中完成了高度控制,并基于P(V)设置的活性物质创建了新试剂类,以便支持更快捷的方法精确地获得需要的立体异构体。这种方法被称为PSI,预计该方法可扩展用于早期筛查和制造工作。虽然这种新工具的应用与任何形式或治疗领域无关,但百时施贵宝在Science杂质发表的论文中记录了两个具体的例子:Spinraza的反义寡核苷酸和环状二核苷酸(CDNs),可以通过靶向定位STING蛋白,它具有作为癌症免疫疗法的潜力。 反义药物主要指反义寡核苷酸(ODNs),根据核酸杂交原理,反义药物能与特定基因杂交,在基因水平干扰致病蛋白的产生过程,即干扰遗传信息从核酸向蛋白质的传递。蛋白质在人体代谢中扮演非常重要的角色,无论是宿主疾病还是感染疾病,几乎所有的人类疾病都是由蛋白质的异常引起的。传统药物主要是直接作用于致病蛋白本身,反义药物则作用于产生蛋白的基因,因此可广泛应用于多种疾病的治疗,如传染病、炎症、心血管疾病及肿瘤等。 与传统药物比较,反义药物更具有选择性,因此也更高效低毒。目前,反义药物研究仍存在一些问题,如最佳作用靶序列的确定、透膜性及靶向性、非反义作用及合成成本等。细胞解链及编辑RNA进化机理的阐述、计算机辅助药物设计及生物芯片技术和发展可能有助于反义药物作用靶序列的选择。BMS化学和合成开发部负责人Martin Eastgate表示,“对BMS而言,PSI试剂是我们可以利用的全新的反应平台,他们将在未来的创新方面取得什么突破,我们十分期待。”