《中国科学院海洋研究所深海化能生态系统共生体宿主-共生菌互作“微生态位”研究取得新进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2020-12-20
  • 近日,Cell子刊iScience在线发表了中国科学院海洋所深海中心李超伦课题组在深海无脊椎动物化能营养共生体的维持和互作机制研究方面的最新成果“Molecular analyses of the gill symbiosis of the bathymodiolin mussel Gigantidas platifrons”,揭示了平端深海偏顶蛤鰓丝组织中非含菌细胞、含菌细胞以及共生菌在维持化能营养共生体的“微生态位”的功能作用。

    与化能菌形成共生体是无脊椎动物适应深海热液/冷泉特殊生境的重要生态策略。平端深海偏顶蛤是南海冷泉区最具代表性的无脊椎动物之一,与甲烷氧化菌建立共生关系。平端深海偏顶蛤的鳃丝是宿主细胞与共生菌建立和维持共生关系的场所。鳃丝由含菌细胞以及周边不含共生菌的纤毛细胞、粘液细胞及间质细胞等多种细胞组成,鳃丝组织的复杂性一直困扰着对宿主-共生菌互作机制的解析。

    该研究依托海洋所“科学”号科考航次,通过胰蛋白酶降解的方式,富集含菌细胞,并通过比较转录组-宏转录组相结合的方式,对平端深海偏顶蛤鰓丝共生组织中的含菌细胞、非共生细胞及共生菌的基因表达模式进行了分析。研究发现,非共生部分可调节鳃丝的空间结构和运动,维持细胞生长,提供粘液免疫保护,发挥着重要的支持作用;细胞内共生体中的细菌向共生体提供代谢物,控制共生体的数量,并保护共生体免受噬菌体的感染;共生菌从宿主创造的理想环境中获益,并作为共生关系的受益者,致力于甲烷氧化和能量生产过程。平端深海偏顶蛤与共生菌可在组织、细胞和分子水平上协同互作,维持了高效、和谐的化学合成“微生态位”。

    文章第一作者为海洋所王昊副研究员,该研究得到了科技部重点研发计划、海洋科学与技术试点国家实验室鳌山创新计划、中国科学院战略先导专项及“科学”号高端用户等项目支持。

    文章信息:https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101894

  • 原文来源:http://www.qdio.cas.cn/2019Ver/News/kyjz/202012/t20201218_5824742.html
相关报告
  • 《中国科学院海洋研究所研究揭示深海化能共生西伯达管虫的宿主-共生菌互作新机制》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:熊萍
    • 发布时间:2024-10-14
    • 近日,中国科学院海洋研究所李超伦团队联合香港科技大学研究团队在《科学进展》期刊(Science advances)发表最新研究成果,揭示了深海化能共生西伯达管虫的宿主-共生菌互作新机制。 西伯达科管虫是热液、冷泉等深海化能生态系统独特物种,其消化系统完全退化,但在其体内的特殊共生组织——营养体内,管虫与伽马变形硫氧化菌建立细胞内共生关系:宿主管虫将硫化氢、氧气和二氧化碳等气体运输到营养体内供给共生菌,而共生菌则利用还原性气体的化学能固定生物质滋养宿主。这种简单的共生关系适应力强且十分高效,西伯达管虫通常能够快速生长并迅速成为化能生态系统中的优势物种之一。例如,著名的巨管虫(Riftia pachyptila)每年可生长超过85厘米,是已知生长速度最快的动物之一。这种非凡的生产力表明西伯达管虫共生体系高效的代谢过程,可能由宿主-共生菌双方共同进化的适应性机制驱动,但宿主-共生菌之间的互作及调控机制仍有待阐明。 为了深入研究西伯达管虫宿主-共生菌互作及调控机制,中国科学院海洋研究所与香港科技大学的联合研究团队采用了深海原位单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,研究了冷泉西伯达管虫Paraescarpia echinospica的营养体组织。 研究团队开发了适用于深海的单细胞原位固定液及动物样品固定系统,协同“发现”号远程线控潜水器(ROV)团队,在南海冷泉成功采集冷泉西伯达管虫P. echinospica生物样品,并随后利用FACS及单细胞测序技术,构建了P. echinospica营养体的单细胞图谱。 scRNA-seq分析揭示了管虫营养体内部精细的细胞分工与功能协同。研究发现,营养体内的不同细胞类型,包括外层被膜、血管内皮细胞和含菌细胞等,分别表达与化能合成气体运输、代谢物转运等功能相关的基因。这些细胞的协同作用在营养体小球中形成了由外向内的生化梯度,促进了化能合成底物从营养体外围向中心的传递。研究人员发现营养体内的含菌细胞(共生细胞)可以分为有氧和无氧两大类,分别分布在营养体小球的外圈和中央。这种空间分布格局表明,管虫在营养体内部建立了泾渭分明的有氧和无氧微环境。 有趣的是,对共生菌关键代谢途径的综合分析表明,共生菌的形态和代谢状态与其在宿主营养体小球内位置存在空间相关性。居住在富氧外围的含菌细胞中的共生菌形态较大(直径可达5-8微米),并进行自养碳固定生成有机质滋养宿主。相反,居住在缺氧中心的共生菌形态小(直径1-3微米)参与厌氧反硝化,帮助宿主氨废物。营养小球内的这种空间组织使养分生产和废物解毒同时高效进行。 本研究揭示了深海动物共生和环境适应的新机制,并为动物宿主-共生微生物之间的共生相互作用带来了新的见解。同时,本研究的工作流程为从单细胞水平解析深海动物的共生及环境适应分子机制提供了一种潜在的新范式。这种方法可能为非模式生物,特别是海洋动物的研究提供便利。李超伦研究员及香港科技大学吴若昊副教授、钱培元教授为论文共同通讯作者,海洋所王昊副研究员及香港科技大学肖红秀博士为论文共同第一作者。研究得到了鳌山科技创新项目、国家自然科学基金重点基金、广东省基础与应用基础研究重大项目课题、南方海洋科学与工程广东省实验室、香港特别行政区政府及Chau Hoi Shuen Foundation等机构和项目的联合资助。 相关论文: Hao Wang, Hongxiu Xiao, Buhan Feng, Yi Lan, Cheuk Wang Fung,? Huan Zhang,? Guoyong Yan, Chao Lian, Zhaoshan Zhong,? Jing Li, Minxiao Wang, Angela Ruohao Wu, Chaolun Li, Pei-Yuan Qian.? “Single-cell RNA-seq revealed distinct metabolic “micro-niches” and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm”, Science Advances 2024 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 论文链接: https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adn3053
  • 《中国科学院海洋所深海化能生态系统大型甲壳动物适应性研究获新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2019-06-13
    • 近日,海洋所沙忠利研究团队在深海化能生态系统大型甲壳动物适应性研究方面取得新进展,基于“科学”号在冲绳热液和南海冷泉采集的柯氏潜铠虾Shinkaia crosnieri Baba and Williams, 1998为材料,揭示了大型甲壳动物适应不同深海化能生态微环境的分子基础。相关研究成果发表于BMC Genomics(JCR 1区),程娇博士为论文第一作者。   地球上绝大部分生态系统是利用光合作用来维持生命循环,但深海中存在着以化能合成为基础的生态系统。热液和冷泉为典型的深海化能合成生态系统,但二者成因和分布不同,环境特征也有较大差别。柯氏潜铠虾是少数在热液、冷泉区域均有分布的大型生物优势种,为研究深海化能生态系统中大型甲壳动物的适应性进化机制提供了理想材料。聚焦深海热液与冷泉生物群落对环境适应机制是否存在异同这一科学问题,科研人员以深海甲壳动物优势种柯氏潜铠虾为研究对象,比较其在热液和冷泉不同深海化能合成生态系统中的转录组差异,分析热液与冷泉个体编码基因序列,筛选了适应性相关的关键基因,初步揭示了柯氏潜铠虾适应不同深海化能生态环境的分子基础。   研究结果揭示,柯氏潜铠虾在适应热液、冷泉环境时不仅产生了基因表达上的差异,而且大量关键环境适应性相关基因受到了选择作用,主要表现在免疫应答、抗氧化与解毒等方面,推测柯氏潜铠虾可能是通过环境适应性相关关键基因的适应性进化及调节关键基因的表达模式来适应不同深海化能生态环境。此外,研究结果提示对于冷泉环境而言,柯氏潜铠虾在热液环境中受到的环境压力更大,这也与热液较冷泉环境更极端相一致。   深海化能生态系统是研究生命起源及适应性进化的重要场所。研究团队围绕深海大型生物如何适应化能生态系统这一科学问题,开展了大型甲壳动物优势种柯氏潜铠虾、阿尔文虾的简化基因组、比较转录组、蛋白修饰组和线粒体基因组分析,获得的一系列结果为深入研究深海化能生态系统大型甲壳动物的进化、适应机制及新基因资源的开发提供了基础。   本研究得到了国家重点研发计划、“科学”号高端用户项目和国家自然科学基金等项目资助。 论文引用:   Jiao Cheng, Min Hui, Zhong-li Sha*. Transcriptomic analysis reveals insights into deep-sea adaptations of the dominant species, Shinkaia crosnieri (Crustacea: Decapoda: Anomura), inhabiting both hydrothermal vents and cold seeps. BMC Genomics, 2019; 20: 388.   论文连接: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-019-5753-7