《中国科学院学者最新Nature改写教科书对DNA甲基化酶的分类》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2018-12-01
  • 这一发现改写了教科书对DNA甲基化酶的分类。更重要的是,这一发现对DNMT1在体内多种已退出细胞周期的细胞类型(例如卵母细胞和神经元)中的高表达提供了功能解释的线索,对DNMT负责的DNA甲基化在衰老过程中的意义有着重要的启示。   雌性哺乳动物的一生中只能提供有限数目的卵子。卵子的DNA甲基化水平很低,只有精子和绝大部分终末分化的体细胞的DNA甲基化水平的一半左右。然而,卵子的这种独特的DNA甲基化状态是怎样形成的,受哪些因子调控,又有着怎样的生物学意义却并不清楚。中国科学院生物物理研究所的研究人员发表了题为“Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1”的研究论文,发现了卵细胞基因组DNA甲基化水平正常建立的首个保障因子Stella。Stella蛋白保护了卵细胞基因组独特的低甲基化特征,确保了母源基因在早期胚胎中的正确表达和早期胚胎的正常发育。这一研究成果公布在11月28日Nature杂志上,由生物物理研究所朱冰课题组完成,朱冰研究员为本文通讯作者,朱冰课题组博士生李颖峰、张珠强博士和同济大学高绍荣课题组陈嘉瑜博士是本文的共同第一作者。此前,朱冰课题组从小鼠卵细胞的cDNA文库中筛选鉴定到一个新型的DNA甲基化调控基因Stella。在体细胞中过表达Stella会通过与DNA甲基化调控因子UHRF1形成复合体,干扰DNA甲基化修饰在有丝分裂过程中的维持。由于Stella高表达于卵母细胞,为此在最新研究中,研究人员探索了Stella在卵母细胞成熟过程中的功能,发现Stella通过一个主动的出核转运过程,防止UHRF1在卵母细胞核内累积。Stella敲除雌鼠的卵母细胞出现了异常的UHRF1核内累积、过度的DNA甲基化,并使成熟的卵子基因组甲基化水平翻倍,达到了与精子DNA甲基化相仿的水平。卵子基因组的低DNA甲基化状态不同于几乎所有其它细胞类型,本研究则发现了保障卵子这一独特的甲基化状态的首个调控因子。    此前的研究表明Stella对于卵子发生、排卵及受精等过程不是必须的,但来自Stella敲除雌鼠的卵在受精后不能正常进行着床前发育,导致雌性不育。 Stella 防止DNMT1介导的从头甲基化从而保证卵正常的甲基化组最新研究发现Stella缺失导致的异常高甲基化主要发生在沉默的基因组区域,虽然这些基因启动子的异常甲基化对卵子发生过程的干扰不大,但严重影响了成熟卵子的质量和受精后二细胞期胚胎的母源基因组激活。有趣的是,此前已知丧失了几乎所有DNA甲基化的卵子并不影响胚胎的着床前发育,因此科学界曾认为卵子特有的DNA甲基化状态并不重要。而本工作则表明,母源基因组特有的甲基化谱对于发育至关重要,但重要性并非在保障那些甲基化的区域,而是在保障那些非甲基化的区域处于这一独特的非甲基化状态。本研究揭示了卵子这一独特的基因组低甲基化状态的生物学意义。    此外,DNA甲基化酶DNMT1长期被认为是一个维持性甲基化酶,在细胞内仅能使用半甲基化的DNA作为底物。新研究发现,在Stella缺失的卵细胞中发生的异常甲基化是由DNMT1负责催化的,首次毫无异议地证明了DNMT1在体内具有不依赖于原有甲基化而从头建立DNA甲基化的能力。这一发现改写了教科书对DNA甲基化酶的分类。更重要的是,这一发现对DNMT1在体内多种已退出细胞周期的细胞类型(例如卵母细胞和神经元)中的高表达提供了功能解释的线索,对DNMT负责的DNA甲基化在衰老过程中的意义有着重要的启示。

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  • 《中国科学院植物所等揭示玉米花药减数分裂期特异表达24-nt phasiRNA对甲基化的功能》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:王晶静
    • 发布时间:2020-11-27
    • PhasiRNA(phased, secondary, small interfering RNA)在植物的生长、发育、生殖以及抗病过程中发挥重要作用。在玉米花药发育过程中,有两类phasiRNA大量产生:一类是在细胞增殖分化期大量产生的21-nt phasiRNA,另一类是在减数分裂期大量富集的24-nt phasiRNA。已有研究发现,玉米多个雄性不育突变体往往伴随着21-或24-nt phasiRNA的缺失,24-nt phasiRNA对于玉米花药器官中绒毡层细胞的正常发育十分重要,其前体(24-PHAS)在花药性母细胞中CHH背景下的DNA甲基化水平更高。 在已有的研究的基础上,中国科学院植物研究所张梅研究组和美国斯坦福大学Walbot研究组等,利用两个玉米雄性不育突变体dcl5-1(仅产生少量24-nt phasiRNA)和ms23(无24-nt phasiRNA产生),进一步探讨24-PHAS上CHH甲基化水平的提高是否和24-nt phasiRNA的大量产生有关。研究利用基于序列捕获的亚硫酸盐测序(sequence capture bisulfite-sequencing)技术,分析玉米雄性不育突变体dcl5-1和ms23中24-PHAS上CHH甲基化水平的变化情况。研究发现,相对于正常可育的植株,突变体中CHH甲基化水平明显降低。在玉米花药发育减数分裂期前的细胞分化期,24-PHAS上CHH甲基化水平也维持一个较低的状态。由于在dcl5-1突变体中,24-PHAS的转录水平没有发生变化,因此推断玉米减数分裂期24-PHAS上CHH甲基化水平的提高依赖于24-nt phasiRNA的产生,而不是24-PHAS的转录。 研究进一步发现,尽管每个24-PHAS在不同位置会产生很多24-nt phasiRNA,但是对于单个PHAS,仅有一类或少数几类24-nt phasiRNA会大量产生,且在其基因组产生位点及邻近位置上往往有较高的CHH甲基化水平,因此推测24-nt phasiRNA能够顺式介导24-PHAS上CHH甲基化的发生。 相关研究成果近日在线发表在New Phytologist上。植物所研究员张梅为论文的第一作者和通讯作者,植物所助理工程师马旭旭与斯坦福大学教授Virginia Walbot为论文的共同第一作者。研究工作得到中国科学院人才计划启动基金、美国国家科学基金会植物基因组研究项目和博士后国际交流计划派出项目等的支持。 论文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.17060
  • 《中国科学院连续七年位列自然指数全球首位》

    • 来源专题:科技大数据监测服务平台
    • 编译者:zhoujie
    • 发布时间:2019-06-21
    • 6月20日,2019自然指数年度榜单(Nature Index 2019 annual tables)正式发布,中国科学院再次位列全球首位。根据此前发布的自然指数数据,中国科学院已连续7年位列该排行榜全球第一。 此次最新的自然指数是基于2018年1月1日至12月31日的统计数据。该排行榜显示,中国科学院在全球科研机构综合排名中高居榜首,美国哈佛大学、德国马普学会、法国国家科研中心、美国斯坦福大学分列2至5位。同时,中国科学院在化学、物理科学、地球与环境科学3个学科领域继续排名第一;在生命科学领域排名全球第5,比上年提升一位。 榜单显示,有43家美国机构和17家中国机构跻身全球100强。其中,中国十家领先的科研机构为中国科学院(第1)、北京大学(第10)、清华大学(第13)、南京大学(第15)、中国科学技术大学(第17)、中国科学院大学(第24)、浙江大学(第27)、复旦大学(第34)、上海交通大学(第41)、南开大学(第51)。 自然指数数据还显示,美国、中国和德国位居国家排行前3位。根据调整后的2018年分数计量值(FC),排名前10的国家中只有中国和澳大利亚实现了科研产出的正增长。 在过去三年FC值增幅最大的50家机构中,有43家中国机构并且包揽前10位,其中位居前5位的是中国科学院大学、上海交通大学、清华大学、南京大学、四川大学。 化学依然是中国实力最强的学科,有5家机构跻身化学科研产出全球前10,分别是中国科学院、南京大学、北京大学、清华大学、中国科学技术大学。 2019自然指数年度榜单还首次推出经过归一化计算的大学科研机构榜单,考虑的是一家机构已发表高质量科研论文的数量在其自然科学论文总产出中所占的比例。 自然指数于2014年11月首次发布,目前纳入自然指数统计的期刊数量为82本。自然指数采用多种计算论文产出的方法,其中论文计数(AC)指不论一篇文章有一个还是多个作者,每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值;分数式计量(FC)则考虑了每位论文作者的相对贡献。