《中国科学院学者最新Nature改写教科书对DNA甲基化酶的分类》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2018-12-01
  • 这一发现改写了教科书对DNA甲基化酶的分类。更重要的是,这一发现对DNMT1在体内多种已退出细胞周期的细胞类型(例如卵母细胞和神经元)中的高表达提供了功能解释的线索,对DNMT负责的DNA甲基化在衰老过程中的意义有着重要的启示。   雌性哺乳动物的一生中只能提供有限数目的卵子。卵子的DNA甲基化水平很低,只有精子和绝大部分终末分化的体细胞的DNA甲基化水平的一半左右。然而,卵子的这种独特的DNA甲基化状态是怎样形成的,受哪些因子调控,又有着怎样的生物学意义却并不清楚。中国科学院生物物理研究所的研究人员发表了题为“Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1”的研究论文,发现了卵细胞基因组DNA甲基化水平正常建立的首个保障因子Stella。Stella蛋白保护了卵细胞基因组独特的低甲基化特征,确保了母源基因在早期胚胎中的正确表达和早期胚胎的正常发育。这一研究成果公布在11月28日Nature杂志上,由生物物理研究所朱冰课题组完成,朱冰研究员为本文通讯作者,朱冰课题组博士生李颖峰、张珠强博士和同济大学高绍荣课题组陈嘉瑜博士是本文的共同第一作者。此前,朱冰课题组从小鼠卵细胞的cDNA文库中筛选鉴定到一个新型的DNA甲基化调控基因Stella。在体细胞中过表达Stella会通过与DNA甲基化调控因子UHRF1形成复合体,干扰DNA甲基化修饰在有丝分裂过程中的维持。由于Stella高表达于卵母细胞,为此在最新研究中,研究人员探索了Stella在卵母细胞成熟过程中的功能,发现Stella通过一个主动的出核转运过程,防止UHRF1在卵母细胞核内累积。Stella敲除雌鼠的卵母细胞出现了异常的UHRF1核内累积、过度的DNA甲基化,并使成熟的卵子基因组甲基化水平翻倍,达到了与精子DNA甲基化相仿的水平。卵子基因组的低DNA甲基化状态不同于几乎所有其它细胞类型,本研究则发现了保障卵子这一独特的甲基化状态的首个调控因子。    此前的研究表明Stella对于卵子发生、排卵及受精等过程不是必须的,但来自Stella敲除雌鼠的卵在受精后不能正常进行着床前发育,导致雌性不育。 Stella 防止DNMT1介导的从头甲基化从而保证卵正常的甲基化组最新研究发现Stella缺失导致的异常高甲基化主要发生在沉默的基因组区域,虽然这些基因启动子的异常甲基化对卵子发生过程的干扰不大,但严重影响了成熟卵子的质量和受精后二细胞期胚胎的母源基因组激活。有趣的是,此前已知丧失了几乎所有DNA甲基化的卵子并不影响胚胎的着床前发育,因此科学界曾认为卵子特有的DNA甲基化状态并不重要。而本工作则表明,母源基因组特有的甲基化谱对于发育至关重要,但重要性并非在保障那些甲基化的区域,而是在保障那些非甲基化的区域处于这一独特的非甲基化状态。本研究揭示了卵子这一独特的基因组低甲基化状态的生物学意义。    此外,DNA甲基化酶DNMT1长期被认为是一个维持性甲基化酶,在细胞内仅能使用半甲基化的DNA作为底物。新研究发现,在Stella缺失的卵细胞中发生的异常甲基化是由DNMT1负责催化的,首次毫无异议地证明了DNMT1在体内具有不依赖于原有甲基化而从头建立DNA甲基化的能力。这一发现改写了教科书对DNA甲基化酶的分类。更重要的是,这一发现对DNMT1在体内多种已退出细胞周期的细胞类型(例如卵母细胞和神经元)中的高表达提供了功能解释的线索,对DNMT负责的DNA甲基化在衰老过程中的意义有着重要的启示。

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  • 《中国科学院植物所等揭示玉米花药减数分裂期特异表达24-nt phasiRNA对甲基化的功能》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:王晶静
    • 发布时间:2020-11-27
    • PhasiRNA(phased, secondary, small interfering RNA)在植物的生长、发育、生殖以及抗病过程中发挥重要作用。在玉米花药发育过程中,有两类phasiRNA大量产生:一类是在细胞增殖分化期大量产生的21-nt phasiRNA,另一类是在减数分裂期大量富集的24-nt phasiRNA。已有研究发现,玉米多个雄性不育突变体往往伴随着21-或24-nt phasiRNA的缺失,24-nt phasiRNA对于玉米花药器官中绒毡层细胞的正常发育十分重要,其前体(24-PHAS)在花药性母细胞中CHH背景下的DNA甲基化水平更高。 在已有的研究的基础上,中国科学院植物研究所张梅研究组和美国斯坦福大学Walbot研究组等,利用两个玉米雄性不育突变体dcl5-1(仅产生少量24-nt phasiRNA)和ms23(无24-nt phasiRNA产生),进一步探讨24-PHAS上CHH甲基化水平的提高是否和24-nt phasiRNA的大量产生有关。研究利用基于序列捕获的亚硫酸盐测序(sequence capture bisulfite-sequencing)技术,分析玉米雄性不育突变体dcl5-1和ms23中24-PHAS上CHH甲基化水平的变化情况。研究发现,相对于正常可育的植株,突变体中CHH甲基化水平明显降低。在玉米花药发育减数分裂期前的细胞分化期,24-PHAS上CHH甲基化水平也维持一个较低的状态。由于在dcl5-1突变体中,24-PHAS的转录水平没有发生变化,因此推断玉米减数分裂期24-PHAS上CHH甲基化水平的提高依赖于24-nt phasiRNA的产生,而不是24-PHAS的转录。 研究进一步发现,尽管每个24-PHAS在不同位置会产生很多24-nt phasiRNA,但是对于单个PHAS,仅有一类或少数几类24-nt phasiRNA会大量产生,且在其基因组产生位点及邻近位置上往往有较高的CHH甲基化水平,因此推测24-nt phasiRNA能够顺式介导24-PHAS上CHH甲基化的发生。 相关研究成果近日在线发表在New Phytologist上。植物所研究员张梅为论文的第一作者和通讯作者,植物所助理工程师马旭旭与斯坦福大学教授Virginia Walbot为论文的共同第一作者。研究工作得到中国科学院人才计划启动基金、美国国家科学基金会植物基因组研究项目和博士后国际交流计划派出项目等的支持。 论文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.17060
  • 《研究揭示精氨酸甲基化酶PRMT3负调控抗病毒天然免疫反应机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-09-01
    • 目前,鱼类病毒病的防控是我国水产养殖业持续和健康发展面临的难题。探究鱼类抗病毒感染的遗传机制、培育抗病鱼类新品种是我国水产科学的重要研究方向。与哺乳类相比,鱼类获得性免疫系统欠发达、免疫记忆较弱。因此,开发鱼类病毒病的疫苗存在较大困难。然而,鱼类天然免疫系统完备、发达,是抵御病原体感染的第一道防线,在鱼类抗病毒感染过程中具有重要作用。 中国科学院水生生物研究所肖武汉团队利用多组学技术,筛选到一系列调控鱼类抗病毒天然免疫反应的重要因子(包括精氨酸甲基转移酶PRMT3)。初始研究发现,PRMT3的表达受病毒感染的调控,而PRMT3负调控抗病毒天然免疫信号通路,抑制I型干扰素的产生和抗病毒基因的表达。研究利用基因编辑技术制备了prmt3缺失的斑马鱼。科研人员通过病毒攻毒实验发现,与野生型斑马鱼相比,prmt3缺失的斑马鱼体内病毒复制明显减少,抗病毒感染的能力增强,存活率显著提高。而prmt3缺失的斑马鱼在生长、发育和繁殖等方面与野生型斑马鱼相比无任何差异。因此,prmt3是培育抗病鱼类新品种的理想获选靶标。 该研究进一步解析了PRMT3调控抗病毒天然免疫反应的分子机制发现,细胞在非病毒感染的静息状态,PRMT3与胞质RNA病毒感受器RIG-I、MDA5和胞质DNA病毒感受器cGAS相互作用,分别催化RIG-I和MDA5上保守的第730位精氨酸(R730)和第822位精氨酸(R822)以及cGAS上第111位精氨酸(R111)的不对称二甲基化。这些甲基化修饰抑制了RIG-I和MDA5与RNA的结合能力以及cGAS与DNA的结合能力,并阻止了cGAS的寡聚化激活,达到了避免机体发生过度免疫反应的目的。然而,细胞在感染RNA病毒或DNA病毒后,PRMT3与RIG-I、MDA5以及cGAS结合能力减弱,细胞所催化的精氨酸甲基化修饰水平随之下降,从而促进RIG-I、MDA5与RNA以及cGAS与DNA的结合,激活细胞下游抗病毒天然免疫反应,促进I型干扰素的产生和抗病毒基因的表达。在体研究表明,缺失一个Prmt3拷贝的小鼠或PRMT3抑制剂SGC707处理后的小鼠,对RNA和DNA病毒感染的抵抗力显著增强、存活率增高,这证实了PRMT3在调控抗病毒天然免疫反应中的重要作用,表明了PRMT3功能在脊椎动物中的保守性。该研究为探究细胞质RNA和DNA病毒传感器激活的分子机制提供了新见解,为进一步利用prmt3培育抗病鱼类新品种提供了理论支撑。  相关研究成果以Asymmetric arginine dimethylation of cytosolic RNA and DNA sensors by PRMT3 attenuates antiviral innate immunity为题,在线发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上。研究工作得到中国科学院战略性先导专项(A类)、国家自然科学基金创新群体项目、国家自然科学基金重点项目和国家重点研发计划“蓝色粮仓”项目的支持。