《碱基编辑恢复了小鼠的部分听力》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2020-06-09
  • 来自波士顿儿童医院(Boston Children’s Hospital)、麻省理工学院(MIT)和哈佛大学(Harvard)布罗德研究所(Broad Institute of MIT)的研究人员利用一种名为“碱基编辑”(base editing)的基因组编辑技术,在一种已知的隐性基因突变小鼠身上恢复了听力。

    通过这项技术,研究人员修复了Tmc1基因中的一个单一错误,该错误已知会导致遗传性耳聋。这种一次性修复包括将一个错误的DNA碱基与正确的DNA碱基交换。虽然类似的方法以前也曾用于其他形式的听力损失,但这是首次将碱基编辑用于遗传性感觉障碍。

    该方法的细节发表在《科学转化医学》的一篇新论文上。

    “这项研究是非常重要的在波士顿儿童医院儿科的社区和其他地方,因为每年大约有4000婴儿出生遗传听力损失,”杰弗里·霍尔特说,耳鼻咽喉科主任F.M. Kirby神经生物学研究中心在波士顿儿童,研究与大卫刘和文章的第二作者,核心成员学院广泛和广阔的叫法变革性技术研究所主任医疗保健。“而且,我们认为这是听力恢复领域之外的一大步,对于更广泛的关注基因疾病治疗领域来说也是如此。”

    基本编辑器充当拼写检查

    霍尔特实验室和同事在2015年的早期研究表明,将Tmc1的完整DNA序列替换到耳朵的感觉细胞中,可以恢复失聪小鼠的听力。

    他说:“在这种情况下,我们使用了一种单一的腺相关工程病毒(AAV)来将Tmc1基因的功能拷贝传递到耳朵。”

    这项研究更进一步。该研究小组修复了Tmc1基因中的一个单一突变,并将其转换回正确的序列,而不是替换某个基因。“它就像你的拼写检查器,”他说。如果你打错了字母,拼写检查程序会帮你修复。当研究小组修复了耳朵感觉细胞的缺陷后,编辑过的细胞恢复了100%的功能。

    但是基本编辑器对于一个AAV来说太大了。新设计的用于基因修复的基本编辑器需要更多的空间。它不能装进一个AAV。相反,他们将碱基编辑器序列拆分为两个AAVs。

    “一旦细胞感染这些两部分,它能够重新组装成一个完整的序列,然后我们需要执行基本的编辑任务,”霍尔特的奥尔加Shubina-Oleini说实验室,谁是co-first作者研究Wei-Hsi刘叶的实验室。

    重要的是要注意,当两个AAVs进入细胞时,方法是有效的。但在大约四分之一的细胞中,这种情况足以为老鼠提供一些听力。

    霍尔特说:“我们让它起作用了,但我们需要提高效率,使其广泛使用。”如果只有一个AAV进入细胞,它就不起作用。“但我们得到的信息是,当我们同时进入细胞后,我们的功能从零到100%。这告诉我,我们所需要做的就是让它进入更多的细胞,我们将恢复更多的听力功能。”

    以以往的成功为基础

    至少有100种不同的基因与内耳的听力有关。任何一种突变都可能导致听力丧失。

    “我们已经针对这些不同形式的听力损失开发了不同的策略,”霍尔特说。“这确实需要一种精确的医疗方法,我们试图根据具体情况调整我们的策略,不仅仅是涉及到的每个基因,在某些情况下,还包括基因中的单个基因突变,就像这项研究一样。”

    霍尔特实验室有很长一段成功的历史,揭示了导致听力损失的遗传原因,并开发了基因治疗方法来治疗遗传性听力损失。2011年,研究小组首次发现Tmc1蛋白是听力和平衡所必需的。2017年,Liu实验室与马萨诸塞州眼耳部的研究人员共同开发了一种基于CRISPR-Cas9基因编辑的方法,用于修复Beethoven小鼠的Tmc1突变,这是一种显性Tmc1突变的模型。在2015年取得成功的基础上,Holt团队在2019年也使用了CRISPR-Cas9来防止听力损失。

    这只是与听力和平衡有关的众多突变之一

    在人类Tmc1基因中发现了70多种不同的突变。霍尔特说:“我们希望这项新技术能让我们一次拾取一个耳蜗,以恢复听觉和内耳的平衡。”

    与听力丧失一样,平衡障碍是一种尚未得到满足的巨大医疗需求,尽管它主要存在于老年人中。内耳内有耳蜗(听觉器官)和五个平衡器官——前庭器官。这五种身体中任何一种的功能紊乱都可能导致平衡问题。

    这项研究的其他贡献者包括波士顿儿童基金会的潘碧凤;布罗德大学的乔纳森·利维、格雷戈里·纽比、迈克尔·沃诺和乔纳森·陈;以及澳大利亚默多克儿童研究所的雷切尔·伯特。

    这项研究的支持是由国家卫生研究院,哈佛休斯医学研究所,杰弗里和金伯利巴伯基金,和基金会的L 'Audition。

    改编自波士顿儿童医院最初发表的一篇故事。

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    • 编译者:zhangyi8606
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    • 近年来最重大的科学进展之一是发现和发展了利用一种称为CRISPR的快速且负担得起的技术对生物进行基因改造的新方法。现在,德克萨斯大学奥斯汀分校的科学家们说,他们已经发现了一种容易升级的技术,这种技术可以导致更精确的基因编辑,并提高安全性,从而为基因编辑用于人类打开足够安全的大门。 分子生物学家小组发现了确凿的证据,目前在CRISPR基因编辑中使用的最流行的酶,也是第一个被发现的酶Cas9,它比使用较少的CRISPR蛋白(称为Cas12a)具有更低的有效性和精确性。 因为Cas9更可能编辑植物或动物基因组的错误部分,破坏健康功能,所以科学家在8月2日发表在《分子细胞》杂志上的研究报告中提出,转用Cas12a将导致更安全和更有效的基因编辑。 “总体目标是找到自然界给我们的最好的酶,然后使它变得更好,而不是采用第一个通过历史偶然发现的酶,”分子生物科学的助理教授和这项研究的合著者Ilya Finkelstein说。 科学家们已经开始使用CRISPR,这是一种细菌用来抵御病毒的自然机制,来更多地了解人类基因,转基因植物和动物,并发展这种由科幻小说激发的进步,如含有抗脂肪小鼠基因的猪能导致瘦培根。许多人期待CRISPR能够为人类疾病提供新的治疗方法,并作物拥有更高产量或抵抗干旱、害虫。 但是,在自然界发现的CRISPR系统有时会瞄准基因组中的错误位点,这应用于人类可能是灾难性的,例如,未能纠正遗传疾病,而是将健康细胞转化为癌细胞。 以往的研究表明Cas12a比Cas9好,但以前的研究尚不明确。这项最新研究中,研究人员说,通过显示出Cas12a是比Cas9更精确的基因编辑刀结束了案例,并解释原因。 该研究小组由研究生Isabel Strohkendl和Rick Russell带领,发现Cas12a的选择性更强,因为它像维可牢一样与基因组靶结合,而Cas9更像超级胶一样与靶结合。每种酶都携带一串用RNA编写的基因代码,与病毒DNA中写入的一串目标基因代码相匹配。当它碰到一些DNA时,酶开始试图通过形成碱基对来与它结合——从一端开始,然后沿着它的方向工作,测试一侧的每个字母(DNA)与另一侧相邻的字母(RNA)匹配得如何。 对于Cas9,每个碱基对紧密地粘合在一起,就像一块超级胶水。如果每边的前几个字母匹配得很好,那么Cas9已经与DNA强结合了。换言之,Cas9关注基因组目标中的前七或八个字母,但是随着这个过程的继续就关注较少,这意味着它很容易忽略稍后在过程中的失配,这将导致它编辑基因组的错误部分。 对于Cas12a来说,它更像是一个尼龙搭扣。在沿途的每一点联系相对较弱。沿着带子的两边是一个很好的匹配,保持足够长度进行编辑使其联接到一起。这使得它更可能只编辑基因组的预期部分。 “它使碱基对的形成过程更加可逆,”Russell说。“换句话说,Cas12a在继续之前对检查碱基对做得更好。在七或八个字母之后,Cas9停止检查,而Cas12a继续检查到大约18个字母。” 研究人员说,Cas12a还不是完美的,但是研究还建议了进一步改善Cas12a的方法,也许有一天实现创造“精密手术刀”的梦想,一种本质上防错的基因编辑工具。 Finkelstein说:“总体来说Cas12a更好,但是有些地方Cas12a仍然对RNA和基因组靶标之间的某些错配有令人惊讶的盲目。”“因此,我们的工作为进一步改进Cas12a指明了一条清晰的道路。” 研究人员目前将这些见解用于设计改进Cas12a的后续项目。 该研究的其他合作者是研究生James Rybarski和前本科生Fatema Saifuddin。 这项工作得到了国立普通医学科学研究所和韦尔奇基金会的资助。