2024年4月11日，华盛顿大学, HHMI Jay Shendure团队在Cell杂志上发表了题为Chromatin context-dependent regulation and epigenetic manipulation of prime editing的研究。该研究通过建立新的分子生物学方法，阐述了影响PE效率的表观遗传因子，并且开发出基于表观遗传“编辑”从而有效操纵PE效率的新方法。
首先，为了探究PE在不同染色质环境的工作效率，作者建立了一个T7-assisted reporter mapping assay，这个方法可以高效地定位所有随机插入基因组的PE reporter （synHEK3）。通过比较4000多个位点的编辑效率，作者发现PE效率与H3K79me2正相关，而且可以被表观遗传特性有效预测。通过深入分析，发现转录延伸是高效PE的决定因素。
其次，为了研究chromatin context-dependent regulation，即表观遗传环境（cis-chromatin environment）和反式作用因子的相互作用，作者开发了一种基于单细胞测序(sci-RNA-seq3)的技术。通过将该技术运用在PE和pooled genetic screen中，作者可以将细胞受到的遗传干扰和不同染色质环境中的PE响应联系起来，进而发现chromatin context-dependent regulator – HLTF。
最后，作者试图利用操纵编辑位点周围的表观遗传环境来改变编辑效率。通过CRISPRoff降低编辑基因的转录，PE效率能够被显著降低，证明了PE编辑效率和转录的紧密联系。反之，通过CRISPR activation对编辑基因启动子的预激活，PE效率可以被大幅提升。例如，对于基因CREB3L3，一个效率仅为5%的epegRNA在激活基因表达后，可以被提升到66%（16.5x）。作者还证明了此方法对多种细胞环境（K562，iPSCs），所有突变类型都有很好的提升效果。
此工作建立了一系列新的、可以用来研究chromatin context-dependent regulation的分子生物学方法。当运用在基因编辑中，作者发现了调控PE效率的重要因子。这些方法对研究其他chromatin-associated processes都会有广泛意义。
