ECDC管理委员会批准和监督ECDC工作计划和预算的执行情况,是ECDC的管理机构,每年至少召开两次会议。作为一个独立的欧盟机构,ECDC想管理委员会报告,其成员由成员国、欧洲议会和欧盟委员会提名。管理委员会会任命主任并让他或她对中心的领导和管理负责,也确保中心按照创始条例执行其使命和任务。