性病在我国再度流行，卫生部于1986年7月决定在中国医学科学院皮肤病研究所设立全国性病防治研究中心（1994年更名为全国性病麻风病控制中心，2002年改名为中国疾病预防控制中心性病麻风病防治技术指导中心，2005年将性病和麻风病分开，再易名为现名称）。中国疾病预防控制中心性病控制中心（以下简称性病中心）在卫生部领导下，负责全国性病防治，包括疫情监测、宣传、健康教育与咨询、培训、医疗、科研和组织管理等工作。
性病中心成立后，在卫生部领导下，逐步在全国建立了性病被动监测和报病制度，以及26个加强管理的监测哨点。从1988年起性病中心与世界卫生组织（WHO）合作，开展性病艾滋病预防控制工作，包括性病疫情监测、淋球菌耐药监测、人群患病率调查、性病病征处理推广、安全套推广、性病艾滋病咨询和自愿咨询检测（ VCT）培训、性病艾滋病实验室师资培训等。1992年起性病中心承担起全国淋球菌耐药检测，并纳入WHO西太区耐药监测规划；2001年起成为世界卫生组织性传播疾病预防与控制合作中心。
从1986年起，每年性病中心举办全国性病临床、检验、健康教育、咨询、流行病学监测等师资培训班(包括公安、司法、计生委系统)，为各省市培训数千名性病防治骨干，受到好评。据对1996～1999年17期全国培训班904名学员函调，多数（91.4%）对培训结果表示满意。此外，制定了"全国性病专业培训指导方案"包括知识要点和教学大纲，指导全国开展专业培训工作。性病中心还接受西部地区包括西藏在内的全国各地性病防治进修人员数百名，而且到有关省市如甘肃、新疆、广西、福建、浙江、上海等地进行现场培训和技术指导。
20年来性病中心获得各级研究成果奖10项 (多数为实施性研究或实验室结合临床研究)，出版性病专业书籍和教材（包括参加编写书籍）100多部，发表有关性病论文500多篇。获得WHO项目、世界银行贷款、中国－欧盟项目、福特基金会、中英（UK）项目、卫生部临床重点项目等多项资助。另外，性病中心多次主持或参加国内外有关学术交流会议。
性病中心同时是中国协和医科大学性病学博士生、硕士生教学基地。在老一辈专家指导培养下，目前已培养性病专业研究生22 名，在读的性病专业研究生5名。
性病中心门诊每年诊治性病患者2万余人次。1996年在门诊及健康教育干预室开设热线咨询电话，至今已受理来自全国及国外上万次咨询电话；1998年开设性病艾滋病咨询门诊，接待上千次咨询门诊求询者，在引导正确求医、缓解心理压力和改变危险性行为方面发挥了积极作用，受到社会以及患者的欢迎。
性病中心自1988年以来，每年12月1日都派员参加南京"世界艾滋病日"的宣传活动；中心建立不久即开始定期编辑发行《性病情况简报》和《性病防治资料汇编》，从2001年起开设中心网站（www.ncstdc.org）报道有关政策法规，介绍中心的工作以及通报国内外性病防治经验，特别是性病疫情发展的趋势，为指导全国性病防治工作起到重要作用。总之，现今的性病防治要比过去复杂得多，如性病门诊需要规范化、医疗市场亟待整顿、高危人群的行为干预、加强青少年的性教育以及更有效的诊疗技术研发等。现今性病防治仍有很多困难问题急亟解决，特别性病是和医学有关的社会问题，在防治中要设法减少市场经济所带来的负面影响。性病中心成员愉快接受了性病防治这一工作，愿意在卫生部的领导下，同心协力，克服上述困难，努力完成各项任务。
