《抗生素热红素束缚核糖体亚基并阻碍 A 位点相互作用以扰乱细菌中的蛋白质合成》

  • 来源专题:动植物疫病
  • 编译者: 刘小燕
  • 发布时间:2023-03-06
  • Thermorubin (THB) 是一种众所周知的广谱核糖体靶向抗生素,但其作用的分子机制尚不清楚。 在这里,我们在重组大肠杆菌翻译系统中进行的精确快速动力学测定和 THB 结合的 70S 核糖体与 mRNA 和启动子 tRNA 的1.96? 分辨率冷冻电镜结构独立表明 THB 在亚基间桥 B2a 附近的解码中心结合。 核糖体干扰 A 位点底物氨酰-tRNA 和 I 类释放因子的结合,从而抑制细菌翻译的延伸和终止步骤。 此外,THB 作为一种抗解离剂,可束缚核糖体亚基并阻断核糖体循环,随后减少活性核糖体库。 我们的结果表明,THB 不会像之前提出的那样抑制翻译起始,并提供了 THB 如何扰乱细菌蛋白质合成的完整机制。 这种深入的表征有望推动人们努力设计具有更高溶解度和抗多重耐药细菌有效性的 THB 类似物。
  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-023-36528-7
相关报告
  • 《Sci Adv | 上海药物所合作破解胃动素和大环内酯类抗生素调控胃动素受体的分子密码》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-03-17
    •  胃动素(motilin)是由胃肠道细胞分泌的多肽激素之一,其特异性激活表达在内分泌器官、胃肠道等特定组织的胃动素受体(motilin receptor, MTLR)(图1A)。Motilin-MTLR信号通路对于维持移行性运动复合波(migrating motor complex, MMC)至关重要,而MMC反映了消化道系统在进食间期的生理状态以及营养吸收状态。该信号通路对于调控人体胃肠道运动,激素分泌以及进食/饥饿信号至关重要。   MTLR与胃饥饿素受体(ghrelin receptor, GHSR)具有高度的序列同源性,跨膜区更是高达86%。多肽激素胃动素与胃饥饿素(ghrelin)也具有36%的序列同源性,然而二者对各自受体表现出高度的结合特异性。这些序列的高度同源性如何实现多肽的靶标识别特异性?这是该类家族受体函需解决的重要科学问题之一。   除受内源多肽胃动素的激活外,MTLR可以被传统大环内酯类抗生素红霉素等激活。红霉素的抗菌靶点为细菌核糖体RNA。红霉素通过抑制细菌蛋白质的合成,发挥抗菌活性,但往往伴随腹泻、恶心、呕吐等胃肠道副作用。在上世纪80年代,科学界发现红霉素能够活化MTLR从而引起胃肠道反应,这也是抗生素被首次鉴定为GPCR的配体类型(图1A)。抗生素如何识别MTLR?该识别模式与motilin对受体的识别有何异同?对这些问题的回答对理解红霉素的胃肠道副作用,指导更低毒副作用的抗菌药物发现具有重要的指导意义。   2023年3月15日,临港实验室蒋轶团队联合中国科学院上海药物研究所徐华强团队,在Science Advances杂志发表了题为“Structural basis for motilin and erythromycin recognition by motilin receptor”的研究论文。研究人员利用冷冻电镜技术首次解析了MTLR分别与内源性配体motilin和大环内酯类抗生素红霉素,以及偶联下游Gq蛋白复合物的三维结构,揭示了MTLR独特的多肽识别机制,阐述了MTLR和GHSR的多肽选择性机制。研究也首次揭示了抗生素——红霉素新颖的MTLR结合模式,并剖析了红霉素识别MTLR和细菌核糖体RNA的异同。   Motilin的氨基端插入配体的正构结合口袋,它决定了motilin的高亲和力。Motilin的羧基端形成了α-Helix,它主要与胞外的延伸口袋结合,并参与调节配体的识别和受体的脱敏(图1B)。进一步研究表明,ghrelin辛酰化修饰基团与MTLR疏水口袋大侧链残基存在空间位阻(图1D),以及MTLR在配体口袋的上方相对GHSR缺失的疏水通道(图1E,F)等可能介导motilin和ghrelin对各自靶受体的结合特异性。这些结果加深了科学界对内源性多肽识别MTLR选择性和受体激活机制的理解。   该研究首次揭示了抗生素分子——大环内酯类抗生素红霉素识别MTLR的分子机制。红霉素与motilin的氨基末端五肽在空间结构上部分重叠,其支糖环和脱氧糖胺环向下插入配体结合口袋,而内酯环结合于口袋上方胞外段(图1C)。比较红霉素与细菌核糖体的结合模式发现,红霉素的支糖环在核糖体的结合口袋中存在较大的空腔,而其脱氧糖胺环被紧密包裹。与之相反,红霉素的脱氧糖胺环在MTLR的配体结合口袋附近存在较大的空腔(图2)。这些结构信息为设计和开发高效和低胃肠道毒性的大环内酯类抗生素提供了新思路。   本研究中的冷冻电镜数据由中国科学院上海高峰电镜中心和中国科学院上海药物研究所冷冻电镜平台收集。上海药物所博士生游宠昭、上海科技大学与上海药物所联合培养博士生章雨牧,以及上海药物所徐有伟副研究员为该论文的共同第一作者,蒋轶和徐华强研究员为共同通讯作者,上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项,以及上海市市级科技重大专项等基金的资助。   全文链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.ade9020
  • 《针对多种细菌的新型抗生素》

    • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
    • 编译者:陈方
    • 发布时间:2021-03-09
    • 针对多种细菌的新型抗生素 世界卫生组织(WHO)已经宣布抗生素耐药性(AMR)成为全球危害人类的十大公共威胁之一。现有的抗生素主要针对细菌的功能,包括核酸和蛋白质合成、细胞膜的构建以及代谢途径,细菌通过使抗生素所针对的细菌靶基因突变、灭活药物或将其泵出而获得耐药性。 2020年12月23日Nature报道,美国维斯塔研究所(Wistar Institute)的研究人员发现了一种新型化合物,将直接杀灭泛耐药性病原菌的抗生素与具有对抗抗生素耐药性(AMR)的快速免疫反应相结合,被认为是对抗抗生素耐药性的里程碑研究。 维斯塔研究所的研究者专注于对大多数细菌必不可少但在人类中却不存在的代谢途径,使其成为抗生素开发的理想靶标。类异戊二烯是大多数致病细菌中细胞存活所需的分子,于是研究者针对类异戊二烯生物合成中必不可少的酶IspH酶进行了研究,通过阻断这种途径来杀死多种细菌。研究人员使用计算机建模方法筛选了数百万种可商购的化合物与IspH酶结合的能力,找到了抑制IspH功能最有效的化合物作为研究对象。由于先前可用的IspH抑制剂无法穿透细菌细胞壁,研究者通过结构导向模拟设计将其效能提高到纳米级。 在体外对抗生素耐药细菌的临床分离株进行体外测试时,IspH抑制剂比目前的同类最佳抗生素具有更强的杀细菌活性和特异性,包括多种致病性革兰氏阴性和阳性细菌。在革兰氏阴性细菌感染的临床前模型中,IspH抑制剂的杀菌作用优于传统的泛抗生素。目前所有测试的化合物对人细胞均显示无毒,该药物还能诱导人类免疫细胞(Vγ9Vδ2 T)的增多和激活,调动免疫系统协同杀死细菌,同时通过细胞毒性γδT细胞快速免疫反应,限制抗生素耐药菌群的增加。 吴晓燕 编译自https://medicalxpress.com/news/2020-12-team-class-antibiotics-wide-range.html 原文标题:IspH inhibitors kill Gram-negative bacteria and mobilize immune clearance 原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-03074-x