《Sci Adv | 上海药物所合作破解胃动素和大环内酯类抗生素调控胃动素受体的分子密码》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2023-03-17
  •  胃动素(motilin)是由胃肠道细胞分泌的多肽激素之一,其特异性激活表达在内分泌器官、胃肠道等特定组织的胃动素受体(motilin receptor, MTLR)(图1A)。Motilin-MTLR信号通路对于维持移行性运动复合波(migrating motor complex, MMC)至关重要,而MMC反映了消化道系统在进食间期的生理状态以及营养吸收状态。该信号通路对于调控人体胃肠道运动,激素分泌以及进食/饥饿信号至关重要。
      MTLR与胃饥饿素受体(ghrelin receptor, GHSR)具有高度的序列同源性,跨膜区更是高达86%。多肽激素胃动素与胃饥饿素(ghrelin)也具有36%的序列同源性,然而二者对各自受体表现出高度的结合特异性。这些序列的高度同源性如何实现多肽的靶标识别特异性?这是该类家族受体函需解决的重要科学问题之一。
      除受内源多肽胃动素的激活外,MTLR可以被传统大环内酯类抗生素红霉素等激活。红霉素的抗菌靶点为细菌核糖体RNA。红霉素通过抑制细菌蛋白质的合成,发挥抗菌活性,但往往伴随腹泻、恶心、呕吐等胃肠道副作用。在上世纪80年代,科学界发现红霉素能够活化MTLR从而引起胃肠道反应,这也是抗生素被首次鉴定为GPCR的配体类型(图1A)。抗生素如何识别MTLR?该识别模式与motilin对受体的识别有何异同?对这些问题的回答对理解红霉素的胃肠道副作用,指导更低毒副作用的抗菌药物发现具有重要的指导意义。
      2023年3月15日,临港实验室蒋轶团队联合中国科学院上海药物研究所徐华强团队,在Science Advances杂志发表了题为“Structural basis for motilin and erythromycin recognition by motilin receptor”的研究论文。研究人员利用冷冻电镜技术首次解析了MTLR分别与内源性配体motilin和大环内酯类抗生素红霉素,以及偶联下游Gq蛋白复合物的三维结构,揭示了MTLR独特的多肽识别机制,阐述了MTLR和GHSR的多肽选择性机制。研究也首次揭示了抗生素——红霉素新颖的MTLR结合模式,并剖析了红霉素识别MTLR和细菌核糖体RNA的异同。
      Motilin的氨基端插入配体的正构结合口袋,它决定了motilin的高亲和力。Motilin的羧基端形成了α-Helix,它主要与胞外的延伸口袋结合,并参与调节配体的识别和受体的脱敏(图1B)。进一步研究表明,ghrelin辛酰化修饰基团与MTLR疏水口袋大侧链残基存在空间位阻(图1D),以及MTLR在配体口袋的上方相对GHSR缺失的疏水通道(图1E,F)等可能介导motilin和ghrelin对各自靶受体的结合特异性。这些结果加深了科学界对内源性多肽识别MTLR选择性和受体激活机制的理解。
      该研究首次揭示了抗生素分子——大环内酯类抗生素红霉素识别MTLR的分子机制。红霉素与motilin的氨基末端五肽在空间结构上部分重叠,其支糖环和脱氧糖胺环向下插入配体结合口袋,而内酯环结合于口袋上方胞外段(图1C)。比较红霉素与细菌核糖体的结合模式发现,红霉素的支糖环在核糖体的结合口袋中存在较大的空腔,而其脱氧糖胺环被紧密包裹。与之相反,红霉素的脱氧糖胺环在MTLR的配体结合口袋附近存在较大的空腔(图2)。这些结构信息为设计和开发高效和低胃肠道毒性的大环内酯类抗生素提供了新思路。
      本研究中的冷冻电镜数据由中国科学院上海高峰电镜中心和中国科学院上海药物研究所冷冻电镜平台收集。上海药物所博士生游宠昭、上海科技大学与上海药物所联合培养博士生章雨牧,以及上海药物所徐有伟副研究员为该论文的共同第一作者,蒋轶和徐华强研究员为共同通讯作者,上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项,以及上海市市级科技重大专项等基金的资助。

      全文链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.ade9020

  • 原文来源:http://www.simm.ac.cn/web/xwzx/kydt/202303/t20230316_6698907.html
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  • 《Nat Commun |上海药物所杨财广课题组发现选择性激动SaClpP的新型抗生素》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-11-18
    •  ClpP是原核和真核生物中高度保守的ATP依赖的丝氨酸水解酶,负责调控蛋白质稳态。生理状态下,ClpP通过与伴侣蛋白例如ClpX形成ClpXP复合体发挥水解酪蛋白的功能。小分子激动金黄色葡萄球菌ClpP(SaClpP)异常降解关键蛋白质,是抗生素发现的新策略。由于异常激活人源ClpP (HsClpP)可引起线粒体蛋白稳态失调从而产生细胞毒性,因此理想的靶向性激动SaClpP的抗生素研究必须充分避免对线粒体HsClpP产生干扰。然而,目前尚未见选择性的SaClpP激动剂被报道。   针对上述挑战,上海药物所杨财广课题组于2022年11月14日在Nature Communications在线发表了题为“Anti-infective therapy using species-specific activators of Staphylococcus aureus ClpP”的研究论文。   该研究利用高通量筛选发现Wnt信号通路抑制剂ICG-001可激动两种ClpP的酶活。通过对ICG-001进行结构优化,实现了一类新骨架ClpP激动剂ZG111通过引起线粒体蛋白稳态失调抗胰腺癌(Cell Chem Biol, 2022, 29, 1396)。在构效关系研究基础上,获得了ZG111的衍生物ZG180,对两种ClpP的激动活性均显著提高。在解析ZG180结合SaClpP与HsClpP的复合物晶体,以及对比分析SaClpP与HsClpP蛋白序列中发现,ZG180在SaClpP蛋白结合口袋处的91位异亮氨酸与HsClpP的同源位置146位色氨酸在空间上具有较大差异。研究人员基于结构差异进一步开展设计,在ZG180中引入手性的甲基取代,得到(R)-和(S)-ZG197。生化实验表明,其可以选择性结合并激动SaClpP,而对HsClpP无明显激动活性。为此,该研究尝试解释其选择性的作用机制。首先发现(S)-ZG197对SaClpPI91W突变体的作用减弱,而针对HsClpP的W146A突变则提高了(R)-ZG197的活性,其次发现HsClpP中存在着一个较长的C末端基序,而这个序列在SaClpP及其他原核生物的ClpP中缺失。去掉C端的HsClpP后(R)-ZG197的活性提高,而HsClpPW146A及其与C末端基序的联合作用可以使(R)-和(S)-ZG197活性增强。   在细菌水平上进一步评价两个化合物的抗菌效果,发现(R)-和(S)-ZG197可以有效抑制临床多药耐药菌;体外杀菌实验也证实了(R)-和(S)-ZG197可以在6 h内有效清除病原菌;同时与传统抗生素利福平等联用,可以杀死造成慢性感染的持留菌。最后基于斑马鱼和小鼠动物模型,发现(R)-和(S)-ZG197对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染斑马鱼有显著的治疗作用,且在小鼠皮肤感染模型上可以显著降低皮肤表面的细菌载量,从而有效抑制MRSA感染。   该研究获得了两个选择性作用于SaClpP而不影响HsClpP的小分子激动剂,并揭示了实现选择性作用的机制,从概念上验证了针对两种种属同源性较强的ClpP蛋白可以实现选择性激活。此外,这项工作为治疗MRSA感染提供了可能,并推动了新靶点抗生素药物的发现。   国科大杭州高等研究院药学院与上海药物所联合培养博士生魏柄妍、上海药物所副研究员张涛,以及国科大杭州高等研究院药学院博士后王蓬宇为该论文的第一作者。上海药物所杨财广研究员为论文通讯作者。该研究得到了上海科技大学季泉江课题组、同济大学附属东方医院吴文娟课题组、上海药物所蓝乐夫课题组、复旦大学甘建华课题组及上海同步辐射光源、上海公共卫生临床中心、上海药物所先导专项化合物资源库的支持,并获得国家自然科学基金委的资助。   原文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-022-34753-0
  • 《Nat Commun | 上海药物所合作解析人源松弛素/胰岛素样肽受体4复合物三维结构》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-02-03
    •  人源松弛素/胰岛素样肽受体4(Relaxin family peptide receptor 4, RXFP4)为A类G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor, GPCR),2003年首见于人类基因组数据库,2005年被证实为胰岛素样肽5(Insulin-like peptide 5, INSL5)的内源性受体。INSL5属于松弛素/胰岛素超家族,1999年Conklin等人在研究该超家族保守的B链半胱氨酸基序(Motif)时,通过检索人类表达序列标签(Expressed sequence tags, EST)数据库而被发现,二者均高表达于结直肠组织。INSL5/RXFP4还参与调控能量代谢、食欲调节和肠道蠕动等生理功能。目前,尚未解析RXFP4与内源性配体或活性小分子配体的复合物三维结构。   2023年1月30日,复旦大学基础医学院王明伟、中国科学院上海药物研究所柳红和杨德华领衔的合作团队在Nature Communications在线发表了题为“Ligand recognition mechanism of the human relaxin family peptide receptor 4 (RXFP4)”的研究论文。该论文首次报道了RXFP4分别结合内源性配体INSL5、小分子RXFP4/RXFP3双激动剂Compound 4及小分子RXFP4选择性激动剂DC591053与Gi蛋白形成复合物的高分辨率冷冻电镜结构,不仅阐明了INSL5独特的受体识别模式,而且揭示了Compound 4拟肽作用的关键位点和DC591053受体亚型选择性的分子机制。 合作团队利用大肠杆菌表达、高密度发酵和专有蛋白纯化技术批量生产INSL5,为结构解析奠定了坚实的物质基础。通过对柳红课题组已构建的四氢异喹啉类优势骨架化合物库进行药理活性筛选,以及基于四氢异喹啉母核开展多轮结构优化,发现了非肽类RXFP4选择性激动剂DC591053(pEC50 = 7.24 ± 0.12)。王明伟课题组和杨德华课题组在NanoBiT系连技术的助推下获得了分别与上述三种不同配体结合、颗粒均一和性状稳定的 RXFP4–Gi蛋白复合物,并通过300 kV冷冻电镜所拍摄的清晰图像和后继单颗粒三维重构,成功解析了分辨率各自为3.19 埃、3.03 埃和2.75 埃的INSL5–RXFP4–Gi、Compound 4–RXFP4–Gi及DC591053–RXFP4–Gi三个复合物的分子结构(图1)。   研究显示,RXFP4识别INSL5的方式不同于已报道的A类GPCR:INSL5 B链羧基末端的α-螺旋深入受体跨膜域(Transmembrane domain, TMD),而A链则覆盖正构位点从而维持配体的完整性和结构稳定性。特别是B链羧基末端的R23B与RXPF4上的E1002.63(右上标数字为Ballesteros–Weinstein编号,用于确定TMD氨基酸的相对位置)形成盐桥,而W24B除了与T1213.32、Q2055.39和R2085.42等残基形成众多极性作用网络外,亦可与W972.60及H2997.43发生与受体激活密切关联的堆叠效应(图2)。人为突变E1002.63、T1213.32和R2085.42导致INSL5完全失活,破坏W972.60、Q2055.39和H2997.43等残基也不同程度地影响了RXFP4的活化。  非选择性激动剂Compound 4也能深入RXFP4的结合口袋,其胍基模拟INSL5的B链R23B与RXFP4上的E1002.63形成盐桥,而吲哚母核则模拟W24B的吲哚环与周围残基形成广泛的相互作用;该小分子配体对RXFP4的激活能力在发生W972.60、E1002.63、T1213.32与H2997.43等残基的突变后显著降低(图3a-b)。然而,选择性激动剂DC591053则展现与Compound 4迥异的结合方式,其吗啉环占据RXFP4独特的配体结合口袋(图3c-d),在3.29、3.33、5.39、5.42和7.39等位点上(Ballesteros–Weinstein编号)与RXFP3的氨基酸差异明显,与亚型选择性相关(图3e)。这个发现得到了功能性实验数据的支持:置换RXFP3和RXFP4上述同源位点的氨基酸,Compound 4对RXFP4突变体L1183.29S+V1223.33S的作用没有显著变化,但DC591053的效价却降低20.9倍;较之Compound 4,DC591053激活Q2055.39H和R2085.42K等RXFP4突变体的能力也受到更大影响。   这项成果将有助于深入研究RXFP4的生理功能和开发高效的选择性RXFP4小分子激动剂,同时也有望提升人们对胰岛素超家族成员多元识别相关受体的认识。  复旦大学基础医学院博士研究生陈彦、复旦大学基础医学院青年研究员周庆同和临港实验室王江研究员为该论文的共同第一作者;复旦大学王明伟讲席教授、中国科学院上海药物研究所柳红研究员和杨德华研究员为该论文的共同通讯作者。合作者包括澳大利亚墨尔本大学Ross A.D. Bathgate教授、中国科学院上海药物所徐华强研究员和常州健亚生物科技有限公司沈纯博士等。该研究成果先后获得了国家自然科学基金委员会、国家科学技术部、国家卫生与健康委员会、中国科学院和上海市科学技术委员会等的经费资助。   全文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-023-36182-z