《Sci Adv | 上海药物所合作破解胃动素和大环内酯类抗生素调控胃动素受体的分子密码》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2023-03-17
  •  胃动素(motilin)是由胃肠道细胞分泌的多肽激素之一,其特异性激活表达在内分泌器官、胃肠道等特定组织的胃动素受体(motilin receptor, MTLR)(图1A)。Motilin-MTLR信号通路对于维持移行性运动复合波(migrating motor complex, MMC)至关重要,而MMC反映了消化道系统在进食间期的生理状态以及营养吸收状态。该信号通路对于调控人体胃肠道运动,激素分泌以及进食/饥饿信号至关重要。
      MTLR与胃饥饿素受体(ghrelin receptor, GHSR)具有高度的序列同源性,跨膜区更是高达86%。多肽激素胃动素与胃饥饿素(ghrelin)也具有36%的序列同源性,然而二者对各自受体表现出高度的结合特异性。这些序列的高度同源性如何实现多肽的靶标识别特异性?这是该类家族受体函需解决的重要科学问题之一。
      除受内源多肽胃动素的激活外,MTLR可以被传统大环内酯类抗生素红霉素等激活。红霉素的抗菌靶点为细菌核糖体RNA。红霉素通过抑制细菌蛋白质的合成,发挥抗菌活性,但往往伴随腹泻、恶心、呕吐等胃肠道副作用。在上世纪80年代,科学界发现红霉素能够活化MTLR从而引起胃肠道反应,这也是抗生素被首次鉴定为GPCR的配体类型(图1A)。抗生素如何识别MTLR?该识别模式与motilin对受体的识别有何异同?对这些问题的回答对理解红霉素的胃肠道副作用,指导更低毒副作用的抗菌药物发现具有重要的指导意义。
      2023年3月15日,临港实验室蒋轶团队联合中国科学院上海药物研究所徐华强团队,在Science Advances杂志发表了题为“Structural basis for motilin and erythromycin recognition by motilin receptor”的研究论文。研究人员利用冷冻电镜技术首次解析了MTLR分别与内源性配体motilin和大环内酯类抗生素红霉素,以及偶联下游Gq蛋白复合物的三维结构,揭示了MTLR独特的多肽识别机制,阐述了MTLR和GHSR的多肽选择性机制。研究也首次揭示了抗生素——红霉素新颖的MTLR结合模式,并剖析了红霉素识别MTLR和细菌核糖体RNA的异同。
      Motilin的氨基端插入配体的正构结合口袋,它决定了motilin的高亲和力。Motilin的羧基端形成了α-Helix,它主要与胞外的延伸口袋结合,并参与调节配体的识别和受体的脱敏(图1B)。进一步研究表明,ghrelin辛酰化修饰基团与MTLR疏水口袋大侧链残基存在空间位阻(图1D),以及MTLR在配体口袋的上方相对GHSR缺失的疏水通道(图1E,F)等可能介导motilin和ghrelin对各自靶受体的结合特异性。这些结果加深了科学界对内源性多肽识别MTLR选择性和受体激活机制的理解。
      该研究首次揭示了抗生素分子——大环内酯类抗生素红霉素识别MTLR的分子机制。红霉素与motilin的氨基末端五肽在空间结构上部分重叠,其支糖环和脱氧糖胺环向下插入配体结合口袋,而内酯环结合于口袋上方胞外段(图1C)。比较红霉素与细菌核糖体的结合模式发现,红霉素的支糖环在核糖体的结合口袋中存在较大的空腔,而其脱氧糖胺环被紧密包裹。与之相反,红霉素的脱氧糖胺环在MTLR的配体结合口袋附近存在较大的空腔(图2)。这些结构信息为设计和开发高效和低胃肠道毒性的大环内酯类抗生素提供了新思路。
      本研究中的冷冻电镜数据由中国科学院上海高峰电镜中心和中国科学院上海药物研究所冷冻电镜平台收集。上海药物所博士生游宠昭、上海科技大学与上海药物所联合培养博士生章雨牧,以及上海药物所徐有伟副研究员为该论文的共同第一作者,蒋轶和徐华强研究员为共同通讯作者,上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项,以及上海市市级科技重大专项等基金的资助。

      全文链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.ade9020

  • 原文来源:http://www.simm.ac.cn/web/xwzx/kydt/202303/t20230316_6698907.html
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-11-18
    •  ClpP是原核和真核生物中高度保守的ATP依赖的丝氨酸水解酶,负责调控蛋白质稳态。生理状态下,ClpP通过与伴侣蛋白例如ClpX形成ClpXP复合体发挥水解酪蛋白的功能。小分子激动金黄色葡萄球菌ClpP(SaClpP)异常降解关键蛋白质,是抗生素发现的新策略。由于异常激活人源ClpP (HsClpP)可引起线粒体蛋白稳态失调从而产生细胞毒性,因此理想的靶向性激动SaClpP的抗生素研究必须充分避免对线粒体HsClpP产生干扰。然而,目前尚未见选择性的SaClpP激动剂被报道。   针对上述挑战,上海药物所杨财广课题组于2022年11月14日在Nature Communications在线发表了题为“Anti-infective therapy using species-specific activators of Staphylococcus aureus ClpP”的研究论文。   该研究利用高通量筛选发现Wnt信号通路抑制剂ICG-001可激动两种ClpP的酶活。通过对ICG-001进行结构优化,实现了一类新骨架ClpP激动剂ZG111通过引起线粒体蛋白稳态失调抗胰腺癌(Cell Chem Biol, 2022, 29, 1396)。在构效关系研究基础上,获得了ZG111的衍生物ZG180,对两种ClpP的激动活性均显著提高。在解析ZG180结合SaClpP与HsClpP的复合物晶体,以及对比分析SaClpP与HsClpP蛋白序列中发现,ZG180在SaClpP蛋白结合口袋处的91位异亮氨酸与HsClpP的同源位置146位色氨酸在空间上具有较大差异。研究人员基于结构差异进一步开展设计,在ZG180中引入手性的甲基取代,得到(R)-和(S)-ZG197。生化实验表明,其可以选择性结合并激动SaClpP,而对HsClpP无明显激动活性。为此,该研究尝试解释其选择性的作用机制。首先发现(S)-ZG197对SaClpPI91W突变体的作用减弱,而针对HsClpP的W146A突变则提高了(R)-ZG197的活性,其次发现HsClpP中存在着一个较长的C末端基序,而这个序列在SaClpP及其他原核生物的ClpP中缺失。去掉C端的HsClpP后(R)-ZG197的活性提高,而HsClpPW146A及其与C末端基序的联合作用可以使(R)-和(S)-ZG197活性增强。   在细菌水平上进一步评价两个化合物的抗菌效果,发现(R)-和(S)-ZG197可以有效抑制临床多药耐药菌;体外杀菌实验也证实了(R)-和(S)-ZG197可以在6 h内有效清除病原菌;同时与传统抗生素利福平等联用,可以杀死造成慢性感染的持留菌。最后基于斑马鱼和小鼠动物模型,发现(R)-和(S)-ZG197对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染斑马鱼有显著的治疗作用,且在小鼠皮肤感染模型上可以显著降低皮肤表面的细菌载量,从而有效抑制MRSA感染。   该研究获得了两个选择性作用于SaClpP而不影响HsClpP的小分子激动剂,并揭示了实现选择性作用的机制,从概念上验证了针对两种种属同源性较强的ClpP蛋白可以实现选择性激活。此外,这项工作为治疗MRSA感染提供了可能,并推动了新靶点抗生素药物的发现。   国科大杭州高等研究院药学院与上海药物所联合培养博士生魏柄妍、上海药物所副研究员张涛,以及国科大杭州高等研究院药学院博士后王蓬宇为该论文的第一作者。上海药物所杨财广研究员为论文通讯作者。该研究得到了上海科技大学季泉江课题组、同济大学附属东方医院吴文娟课题组、上海药物所蓝乐夫课题组、复旦大学甘建华课题组及上海同步辐射光源、上海公共卫生临床中心、上海药物所先导专项化合物资源库的支持,并获得国家自然科学基金委的资助。   原文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-022-34753-0
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-03-09
    •   内皮素(Endothelin,ET)是一类由21个氨基酸组成的内源性多肽激素,包括ET-1,-2和-3三种亚型,由氨基段、羧基端和中部的α螺旋区组成(图1a)。ET-1是已知最强且作用最为持久的血管收缩肽之一。ETs通过作用于内皮素受体(ETRs)调节人体多种重要的生理和病理过程。ETRs由ETAR和ETBR两种亚型组成,属于典型的A类G蛋白偶联受体。在被ET-1激活后,ETAR和ETBR呈现相反的血管调节作用:ETAR激活导致长时间的血管收缩效应,而ETBR则介导血管扩张。内皮素系统对于维持血管稳态中发挥着重要作用,与多种器官系统的血管疾病密切相关,是治疗心血管系统疾病的重要靶标之一。   ETs对两种ETRs亚型表现出不同的亲和力,其中ETAR对ET-1和ET-2表现出相当级别的亲和力(亚纳摩尔),但对ET-3的亲和力弱100倍,而三种ETs对ETBR 的亲和力相同。IRL1620是一种ETs多肽类似物,但其序列不含ETs的氨基段,可以高选择性地激活ETBR(图1b),目前在临床研究中被应用于缺血性脑卒中、癌症的辅助治疗等。目前尚无针对ETAR亚型的结构研究,因此多肽识别ETAR的机制,以及两种ETRs亚型对不同内源多肽和多肽类药物的精确选择性机制尚不明确,这也是内皮素及其受体研究领域的重要科学问题之一。   2023年3月7日,中国科学院上海药物研究所徐华强团队联合临港实验室蒋轶研究员、中国科学院上海药物研究所/中山药物创新研究院段佳研究员共同在Nature Communications发表了最新的研究成果“Structural basis of peptide recognition and activation of endothelin receptors”。本研究利用冷冻电镜技术解析了内源性配体ET-1结合于ETAR/ETBR-Gq复合物的结构,选择性激动剂IRL1620结合于ETBR-Gi复合物的结构,分辨率分别为3.0埃,3.5埃和3.0埃(图1c-e)。   该研究展示了ETRs激活的构象特征,表明ETRs对ET-1/-2/-3保守的识别机制。ETs的羧基末端插入ETRs的配体结合口袋对ET-1所诱导的ETRs激活至关重要。ETs的羧基末位残基W21与“Toggle switch”残基W6.48的直接相互作用触发了家族性ETRs的激活。科研人员进一步从结构的视角对ETRs的配体选择性进行了阐述,提出两种受体亚型在结合口袋大小和受体胞外表面的静电电势的差异决定了配体对ETRs多肽的识别选择性。该研究成果在分子层面上揭示了ETRs与配体相互作用的机制,加深了对ETRs的激活以及对配体的选择性的理解,为设计靶向特定ETRs亚型的药物奠定了结构基础。   本研究中的冷冻电镜数据由上海药物所高峰电镜中心收集。上海药物研究所硕士研究生纪语婕、段佳研究员、袁青宁为该论文的共同第一作者。徐华强研究员、蒋轶研究员、段佳研究员为共同通讯作者。该项工作获得了国家自然科学基金委、科技部重点研发计划、上海市科技重大专项等项目的资助。   全文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-36998-9