2023年6月30日,MIT-哈佛Broad研究所王潇课题组在Science发表题为Spatially resolved single-cell translatomics at molecular resolution的研究论文。该研究建立了空间翻译组测序技术RIBOmap(ribosome-bound mRNA mapping),并应用RIBOmap揭示了亚细胞定位、细胞周期依赖、细胞类型特异和脑区特异的翻译调控。
RIBOmap的建立基于一种三元探针策略,包括:(i) splint 探针杂交结合到核糖体rRNA,并且作为splint环化临近的锁式探针;(ii) 锁式探针靶向特定基因并且含有基因特异条形码;(iii) 引物探针作为滚轮复制的引物。只有与splint 探针临近的锁式探针才能被环化并生成DNA扩增子,实现对于核糖体结合mRNA的选择性检测。研究人员利用非编码RNA,RNA翻译抑制剂和体外转录RNA等实验验证了RIBOmap特异性检测核糖体结合mRNA。
研究人员建立了单细胞和分子分辨率的空间翻译组测序技术RIBOmap,可用于研究完整细胞和组织的RNA调控和蛋白质合成。将RIBOmap应用于HeLa细胞样品,揭示了细胞周期特异和亚细胞定位翻译调控。将RIBOmap应用于小鼠脑组织,绘制了小鼠脑组织的翻译组图谱,并揭示了细胞特异和脑区特异的翻译调控。和之前的方法相比,RIBOmap避免了复杂的细胞分离和基因干扰操作,具有重大潜力用于人体组织和临床疾病样品。
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