《1月27日_英国提供基因组学知识以帮助各国识新冠病毒变体》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangmin
  • 发布时间:2021-02-22
  • Biospace网站1月27日消息,英国向无法鉴定SARS-CoV-2新变体的国家提供了其基因组学专业知识。这一提议是英国担任2021年G7峰会主席一职的一部分,这是G7计划确保所有人享有医疗保健的关键点。该计划被称为“新变体评估平台”,旨在为英国和世界提供一个针对SARS-CoV-2新变体的预警系统。
    新变体评估平台在英国公共卫生局(PHE)的主持下运作,与英国国家卫生服务体系(NHS)检测和追踪项目、学术合作伙伴以及世界卫生组织的SARS-CoV-2全球实验室工作组合作。研究人员将直接为其他缺乏基因组测序专业知识的国家提供病毒样本,或者将向具有某些基因组测序能力但需要帮助的伙伴国家提供远程建议和支持,包括提供培训、资源、人员和设备。各国可以通过现有的渠道向英国政府申请帮助,如果没有渠道,则可以与世界卫生组织联系。
    在英国、南非和巴西出现的SARS-CoV-2新毒株加剧了全球获得基因组测序功能的需求。在全球范围内,由于SARS-CoV-2新变体的出现,人们对COVID-19疫苗的有效性存在一些担忧。辉瑞公司和BioNTech公司在预印本平台bioRxiv发表了新数据,表明它们的疫苗可有效抵抗在英国发现SARS-CoV-2新毒株,但指出仍需要更多的研究。Moderna正在开发第三种“增强剂”来预防疫苗对新毒株失效。
    原文链接:https://www.biospace.com/article/uk-offers-genomics-expertise-to-help-nations-id-new-sars-cov-2-variants-/?keywords=COVID-19

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    • 编译者:zhangmin
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    • 1.时间:2020年1月30日 2.机构或团队:德国罗伯特•科赫研究所、哈索•普拉特纳研究所、Central Research Institute of Ambulatory Health Care 3.事件概要: 1月30日,bipRxiv在线发表了德国团队的一项最新研究,设计了一种新的生物信息学方法,通过解析基因组测序数据检测新型人类病毒。 病毒的进化速度非常快,因此需要可靠的病毒宿主预测方法来保障生物安全,而新的人类感染病毒很难用标准的生物信息学工作流程来检测。在研究中,研究者通过下一代测序结果预测病毒是否能够直接感染人类。结果表明,他们的新方法可以基于单DNA read或一个read pair,预测一种新型病毒的宿主。这种深度神经结构学习方法明显优于传统的浅层机器学习和标准的、基于同源性的算法,将错误率降低了一半。文中提出了一种新的卷积滤波器可视化方法,可以将每个核苷酸的信息内容和最终分类决策贡献值分别提取并展示出来。采用IGV可视化了病原体基因组和感染表型之间的已知关联的核苷酸解析图(Nucleotide-resolution maps),可用于检测新制剂中的毒力相关基因,文中还构建使用全基因组表型分析(genome-wide phenotype analysis ,GWPA)分析病毒的哪些基因组部分具有传染性表型。文中列举了其算法在中国2019年12月暴发的2019-nCoV病毒中的应用和分析。代码可在https://gitlab.com/rki_bioinformatics/deepac获取。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件:原文链接 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925354v1
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    • 据EurekAlert!网站1月27日消息,拉霍亚免疫研究所(LJI)于2021年1月27日发表在Cell Report Medicine上的一项新研究表明,T细胞试图通过靶向病毒的广泛位点来对抗SARS-CoV-2,而不是病毒刺突蛋白的关键位点。通过从多个角度攻击病毒,人体有可能识别出不同的SARS-CoV-2变体。 随着COVID-19疫苗的普及,LJI科学家一直关注着不同的人如何增强对SARS-CoV-2的免疫力,并且还在研究T细胞如何对抗SARS-CoV-2的不同变体。这项工作利用了该实验室在预测和研究T细胞对登革热和寨卡病毒反应方面的专业知识。 该研究检查了100名从SARS-CoV-2感染中康复的人的T细胞。仔细研究了病毒的基因序列,将潜在的抗原表位与这些T细胞能够识别的抗原表位分离开来。 研究人员的分析表明,并非病毒的所有部分都能在每个人中产生相同的强烈免疫反应。实际上,T细胞可以识别SARS-CoV-2上的数十个表位,并且这些免疫位点优势也会因人而异。平均而言,每个研究参与者有能力识别大约17个CD8+ T细胞表位和19个CD4+ T细胞表位。 自英国迅速传播的SARS-CoV-2变体公布以来,研究人员将该病毒的突变位点与他们发现的抗原表位进行了比较。在这项研究中,英国发现的新冠变体的刺突蛋白突变只影响了8%的CD4+T细胞识别的表位,而92%的反应是保守的。 原文链接:https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-01/ljif-tcc012721.php