《青岛能源所揭示出丝状真菌天然产物生物合成新机制》

  • 来源专题:中国科学院文献情报先进能源知识资源中心 |领域情报网
  • 编译者: guokm
  • 发布时间:2020-01-10
  • 丝状真菌具有强大的次级代谢产物合成能力,可以产生结构复杂多样、具有广泛生物活性的化合物。目前,许多丝状真菌的次级代谢产物或其衍生物都已被开发成重要药物应用于临床中,包括青霉素、他汀类降血脂药物和抗真菌药物棘白菌素。探索丝状真菌次级代谢产物的生物合成机制,对于进一步挖掘次级代谢产物资源和开发新型药物具有重要意义。

      青岛能源所吕雪峰研究员带领的微生物代谢工程研究组长期从事丝状真菌天然产物生物合成研究,尤其是在土曲霉工业生产衣康酸和他汀类药物方面做了大量应用导向的代谢工程研究工作(Microb Cell Fact. 2014a, 2014b;Metab Eng. 2017; Biotechnol J. 2018;ACS Synth Biol. 2019)。与此同时,该研究组还围绕丝状真菌天然产物基因组挖掘和生物合成机制展开了系统的探索性研究,于近期在土曲霉中发现了一种复杂、新颖的丝状真菌次级代谢产物合成及调控机制,发表在Angew Chem Int Ed Engl期刊上(Angew Chem Int Ed Engl, 2020,DOI: 10.1002/anie.201915514)。

      图1. 两个独立基因簇通过多层级转录调控协同合成目标天然产物

      丝状真菌次级代谢产物合成过程中一般是由核心酶(聚酮合酶PKS、非核糖体多肽合成酶NRPS和萜烯环化酶TCs等)负责合成化合物骨架,然后由其他辅助酶进一步修饰,这些酶的编码基因通常都集中位于同一个基因簇内。该研究组基于化合物结构分析、转录组分析和体内基因敲除验证,发现由位于两个独立基因簇中的四个核心基因(1个还原型PKS、2个非还原型PKS和1个NRPS-like)共同参与负责合成一类含有6/6/6/6的稠环骨架(6/6/6/6 tetracyclic system)的新化合物azasperpyranones,这有利于增加化合物的结构复杂性和生物活性。在此基础上,进一步通过体内基因敲除和体外酶学验证,对两个基因簇进行了功能分析,系统解析了该类化合物的生物合成途径。同时,研究人员还发现这两个独立的基因簇之间虽然存在空间距离,但是存在一种由三个转录调控因子介导的多层级转录调控,这使得它们能够相互协调共同参与化合物的合成。

    图2. 提出的生物合成途径

      这是首次在丝状真菌中解析两个独立基因簇、四个核心基因共同合成一个次级代谢产物,也是首次发现两个独立基因簇在多层级的协同调控机制下共同作用。该发现对于研究丝状真菌合成复杂化合物的生物机制具有重要意义,为真菌次级代谢产物生物合成途径解析和新型天然产物基因组挖掘提供了新思路。

      该研究获得国家自然科学基金、山东省自然科学基金等项目的支持。(文/图 黄雪年 唐慎)

      文章链接https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201915514

      1. Xuenian Huang#, Wei Zhang#, Shen Tang#, Suhui Wei, Xuefeng Lu*, Collaborative Biosynthesis of a Class of Bioactive Azaphilones by Two Separate Gene Clusters Containing Four PKS/NRPSs with Transcriptional Crosstalk in Fungi. Angew Chem Int Ed Engl, 2020,DOI: 10.1002/anie.201915514

相关报告
  • 《科学家揭示了丝状真菌中天然产物的一种有趣的生物合成机制》

    • 来源专题:可再生能源
    • 编译者:pengh
    • 发布时间:2020-01-21
    • 丝状真菌是一种结构多样的次生代谢物,具有广泛的生物活性。这些代谢物的骨架是由核心多域合成酶如聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)合成的。 一个有趣而常见的现象是,通过在相同的生物合成途径中配对PKS或NRPS酶来协同合成一种化合物,以增加结构多样性和随后的生物活性,如他汀类和棘白菌素。通常,协同核心基因共定位于同一生物合成基因簇(BGC),并被其他相关基因包围,这些相关基因编码基因组中的裁剪酶、转运蛋白和调节因子。 近日,由中国科学院青岛生物能源与生物处理技术研究所吕雪峰教授领导的研究小组成功揭示了真菌天然产物的一种新的生物合成机制。研究结果发表在《英国化学杂志》上。 他们观察到,两个含有四种核心酶的单独的簇,两个非还原性PKSs,一个高度还原性PKS和一个类似nrps的簇,共同负责在土曲霉中一类具有6/6/6四环系统的氮杂核酮类的生物合成。 图1所示。提出了鸡爪草中氮杂吡喃酮的生物合成途径。用虚线表示的中间产物是假设性的。(图片:黄雪年) 更有趣的是,这两个基因簇的生物合成是由三个转录因子协同调控的,这在真菌次生代谢产物的生物合成中是罕见的。这是真菌次生代谢的一个有意义的机制,可以使真菌合成更复杂的化合物,获得新的生理功能。研究结果为真菌天然产物的生物合成提供了新的思路。 这项工作得到了国家自然科学基金和山东省自然科学基金的支持。
  • 《青岛能源所基于基因组靶向挖掘发现真菌黄酮生物合成新机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-03-04
    • 黄酮是广泛存在于植物中的一大类天然产物,如花青素、大豆异黄酮、水飞蓟宾等,在功能性食品、医药等领域具有重要的应用价值。目前,黄酮资源依赖植物获得,受制于植物种植周期长、组分多含量低、分离纯化工艺复杂等弊端而具有产能小、成本高等问题,限制了黄酮类产品的应用开发和市场拓展。利用合成生物技术设计构建黄酮细胞工厂,推动植物黄酮的微生物高效生产成为重要的解决方案。由于物种差异,植物黄酮合成途径在微生物中异源重构面临适配性差、产量低等问题,距离商业化仍有较大差距。   近日,中国科学院青岛生物能源与过程研究所吕雪峰团队在丝状真菌中发现了黄酮生物合成基因簇(BGCs),通过合成途径解析了真菌黄酮合成新机制,丰富了对黄酮类化合物生物合成的认识,并为合成生物技术开发提供了新选择(图1)。相关研究成果发表在《德国应用化学》上。   利用自抗性基因共定位(SRGD)策略是开展天然产物基因组挖掘的有效方式,为了探寻具有抗菌和除草活性的天然产物,研究以合成支链氨基酸的关键酶乙酰乳酸合酶(ALS)为探针,在亮白曲霉中发现了负责合成黄酮类化合物氯黄酮的生物合成基因簇(图2)。活性评价显示,氯黄酮具有抑制拟南芥种子萌发和抑制病原菌生长的活性,而体内和体外实验也证实cfoL确是编码ALS的氯黄酮自抗性基因,因而具有开发成为除草剂和抗生素的潜力。   植物黄酮的生物合成途径目前已清楚,首先是查耳酮合酶(CHS)III型PKS以对羟基肉桂酰辅酶A为起始单元与3分子乙酰辅酶A缩合形成查耳酮,然后在查耳酮异构酶(CHI)作用下形成黄烷酮,由黄酮合酶(FNS)进一步催化黄烷酮形成黄酮骨架,最后在修饰酶的作用下形成多种多样的黄酮类化合物。研究通过基因敲除、同位素标记实验发现,亮白曲霉中查尔酮骨架由NRPS-PKS杂合酶CfoA以苯甲酸或对羟基苯甲酸为起始单元与4分子乙酰辅酶A缩合形成,而非是植物的III型PKS装配模式,说明真菌黄酮骨架合成机制与植物存在显著差异。   以此为基础,研究通过基因敲除和体外酶活实验发现,CfoK催化查耳酮关环生成黄烷酮,与植物中的CHI具有相同的功能。然而,CfoK与目前已发现的CHI存在不同的进化关系。基于AlphaFold2预测的蛋白质结构模拟和定点突变实验表明,CfoK通过His33介导的酸碱催化诱发查耳酮发生Oxa-Michael加成反应,以6-endo-trig关环方式形成构型专一的黄烷酮(图4),这一机制不同于植物CHI中水介导的催化过程,因此CfoK是一种新颖的真菌查耳酮异构酶。   亮白曲霉中由黄素依赖型氧化还原酶CfoJ行使黄酮合酶(FNS)功能,将黄烷酮转化为黄酮,同时,进化树分析显示其与已知的FNS I(2-酮戊二酸依赖型双加氧酶)和FNS II(细胞色素氧化酶P450)处于不同的分支。蛋白质结构预测和定点突变实验结果显示,CfoJ是通过典型的黄素依赖型氧化还原酶催化机制介导C2-C3位的脱氢,将黄烷酮转化为黄酮,这与植物FNS的自由基催化机制完全不同,因此CfoJ是一种新型的真菌黄酮合酶(图5)。   该研究完整剖析了真菌黄酮独特的生物合成途径,提示了真菌黄酮合成途径在进化上是独立的而非通过基因水平转移从植物中获得。这丰富了自然界黄酮生物合成的多样性,为黄酮的合成生物技术开发与微生物高效制造提供了新思路,并对黄酮的应用价值开发具有重要意义。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、山东省的支持。