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《俄专家：新冠病毒突变情况支持病毒为自然起源》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-08-05

  • 俄罗斯科研人员日前报告说，他们分析了新冠病毒的突变情况，结果支持新冠病毒是自然起源的观点。

    据塔斯社日前报道，俄罗斯科学院信息传输问题研究所的亚历山大·潘钦等人在美国《同行评议科学杂志》（PeerJ）上撰文说，他们分析了不同国家对新冠病毒基因组测序所得的1000多套数据，发现了1251处碱基突变，其中许多地方的鸟嘌呤被替换为尿嘧啶。

    潘钦在媒体上表示，如果蝙蝠是新冠病毒的自然界宿主，那么蝙蝠细胞和新冠病毒能“和平共处”，病毒在蝙蝠体内突变较少。但新冠病毒传染给人后，人体可能发生高水平的氧化应激反应，这种反应会导致病毒基因组中一些地方的鸟嘌呤变为尿嘧啶。

    潘钦说，新冠病毒与其他冠状病毒的对比显示，新冠病毒在演化早期的突变情况与自然界中其他冠状病毒相似。新冠病毒在人群中广泛传播后，随着病毒对人体环境的不断适应，以尿嘧啶替换鸟嘌呤的突变概率显着增大。潘钦认为：“这些情况表明新冠病毒是自然起源，在其演化过程中看不到任何人为干预的迹象。”

  • 原文来源：http://news.bioon.com/article/6759623.html
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相关报告

  • 《新冠病毒突变基本饱和？专家这样解读》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-12-30
    • 　近日，有流行病学专家发表言论认为，新冠病毒的突变基本上已饱和了。新冠病毒当真已经“变无可变”了吗？ 　　在此前的学术会议上，多位专家也曾讨论过新冠病毒变异将往何处去的问题。 　　复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏强调机体免疫力对病毒突变的压力。他表示，病毒一直都有突变的“冲动”，但人类的主动免疫或感染及重复感染产生的免疫力会制约新冠病毒变异的方向。 　　中国科学院院士高福从整个自然界的广阔范围内看待病毒的变异，他表示，新冠病毒的宿主范围非常广，从老虎、狮子到老鼠、兔子，而且仍在进一步扩大，不能忽视新冠病毒可能带来更大的挑战。 　　无论是人类免疫对病毒变异方向的制约还是在物种间“反复横跳”的可能性，两位专家的观点均表明，对新冠病毒进行变异预测要考虑的因素非常多。 　　那么，新冠病毒突变会发生“饱和”吗？科技日报记者连线采访了病毒学专家。 　　平均每年变异24个位点 　　“新冠病毒的变异速度为平均每年变异24个位点。”病毒学专家、北京化工大学生命科学与技术学院院长童贻刚告诉记者，这意味着3年过去了，现有新冠病毒的序列与原始株序列比较，突变碱基数量的平均值将在70—80个左右。 　　为什么新冠病毒会以相对稳定的速度发生变异呢？ 　　“新冠病毒有纠错机制，在病毒复制的时候难免会发生错配（不遵循A-U、C-G的原则），比如流感病毒、艾滋病病毒缺乏纠错机制，错配后变异就发生了。”童贻刚说，而新冠病毒不同，在错配后会有自带的纠错机制将部分错配碱基改正过来。 　　由于有纠错机制，新冠病毒就好比一个现代化工厂，有在线质控系统，复制时的出错概率是相对较小的。 　　“新冠病毒的基因组全长有3万多个碱基，即便只关注S蛋白RBD区也有几百个碱基，从数学概念上讲，新冠病毒变异还远没达到饱和。”童贻刚说。 　　此外，作为RNA病毒，新冠病毒存在不同的变异方式，包括渐进式变异（碱基突变）、跳跃性变异（基因重组，例如XBB就是BA.2.10.1和BA.2.75亚系的重组体）。这些也使病毒变异难以达到“饱和”。 　　当前病毒突变重点是免疫逃逸，未来会耐药吗 　　对于新冠病毒突变的研究目前大多集中在S蛋白的RBD区域的数百个碱基。其他区域2万多个碱基的变化对病毒产生什么样的影响，目前并没有深入研究。 　　当前，疫苗的接种助力全人群建立起免疫屏障，使得新冠病毒因为要应对人类宿主的免疫压力，不断变化S蛋白的RBD区，实现免疫逃逸。 　　在未来与病毒的较量中，人类仍需要通过科研创新创造更严苛的环境磨掉新冠病毒的“利爪”。童贻刚说，例如为了预防新冠病毒未来在耐药性、环境抵抗力等方面发生其他位点的变异，药物研发应该有更广阔的视角，应鼓励多种作用机理的新冠药物的开发，以避免药物靶点单一带来的病毒耐药性的产生。 　　“人类对于新冠病毒的研究还不能说足够透彻。”童贻刚打了个形象的比方，人的百米跑时间极限是10秒内，猎豹的是3秒多，仍需要更多的科学研究将新冠病毒的致病潜力限制住。 　　人群免疫对新冠病毒进化产生巨大压力 　　张文宏曾坦言，“虽说病毒的变异是没有方向的，但病毒的进化是有规律和方向的。当前病毒的低毒性使得病毒的传播让我们无法追踪和第一时间预警，这有利于它的进化。” 　　当前传播更快、临床症状更隐秘的奥密克戎在新冠病毒中具有生存的优势。基于此，张文宏认为，从奥密克戎毒株家族跳跃出来再诞生一个传播更快的毒株现在已经很困难了。 　　“随着国际上不断使用针对奥密克戎变异株的疫苗，病毒需隐匿传播，因此，毒力越弱的毒株，其传播的速度就会更快。”张文宏说。 　　三年来，新冠病毒的演化轨迹无不带有与宿主免疫相互作用痕迹。人群中高比例的疫苗接种以及再感染带来的机体免疫力，将始终引导新冠病毒的进化方向，多名专家认为，它最终会变得像人类普通冠状病毒HCoV-OC43一样，不再产生严重症状。
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  • 《新冠病毒变异为全球抗疫带来不确定性》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2021-03-30
    • 近段时间，传染性和致病性更强的变异新冠病毒正迅速取代传统病株，导致欧洲等地区疫情加剧，感染增多又促使病毒加速变异。新冠病毒变异的消息接连不断，病毒变异与疫情加剧有进入恶性循环的趋势，为全球抗疫带来了新的不确定性。 　　多种变体层出不穷 　　截至今年2月，全球已发现至少4000多种新冠病毒变种，其中多个变种传染性、致病性增强，可能降低某些疫苗的有效性，还有变种难以被传统检测手段发现，这些特性引发广泛担忧。 　　研究证实多个变种传染性提高。如英国报告的变异新冠病毒（B.1.1.7）传染性提高了50%。目前，B.1.1.7已在欧洲多国成为主要传染病株，在法国已占新增病例的76%；致病性方面，据《自然》15日在线发表的研究称，B.1.1.7变异株相关的死亡风险较传统病株增加了61%。此外，变异还可能导致病毒出现“免疫逃逸”。英国牛津大学网站2月7日发布的一项初步研究结果称，该校与阿斯利康制药公司合作开发的新冠疫苗对于B.1.351所导致的轻度至中度感染仅能起到“极小”的预防作用。 　　法国布列塔尼地区最新发现的变异病毒20C/H655Y能够逃避鼻咽拭子核酸检测（PCR检测），可能导致难以及时诊断和甄别新冠肺炎感染，对采取“零新冠”策略的国家构成潜在威胁。对于其能逃避传统检测的原因，目前主要猜测是病毒似乎不感染上呼吸道细胞，而集中存在于肺部。法国地区卫生署3月26日更新数据，全法确诊感染20C/H655Y的患者增加至13人，其中7人死亡（更正了此前8人死亡的数据）。 　　新变异病毒的名单还在不断增加。比利时媒体3月21日报道，列日大学检测出名为B.1.214的新冠病毒新变种，呈现出此前从未发现的变异：该变异株的S蛋白RNA序列上增加了9个核苷酸。B.1.214目前约占比利时感染总数的4%，变异对该病毒的功能性影响尚不清楚。 　　为应对变异，研发和生产新型疫苗已提上日程。法国总统马克龙3月26日在电视讲话中称，病毒将继续存在、传播、变异，欧洲正在开发应对新型变异病毒的方法，以期在今秋生产第二代疫苗。 　　杂交合体增加风险 　　除了病毒变异问题外，英国近日还发现不同的新冠病毒变异株能够进行“杂交”，合成新的病毒重组体。在3月17日发表的一项研究中，英国新冠病毒基因组学联盟（COG-UK）宣布，其已发现15种由不同新冠病毒变异株结合形成的“合体”新冠病毒。 　　法国索邦大学病毒学教授文森特·玛赫莎勒对此表示，病毒变异通常是病毒基因组内部发生突变，很多时候是由于复制错误导致。但重组体更像是一种病毒的有性繁殖，它是一种嵌合体，是两种亲本病毒杂交的产物。病毒的两种变异体必须在同一个人体内感染同一细胞，并且必须在病毒复制过程中非常精确的阶段发生变化，导致复制酶先后通过两种基因合成病毒。 　　玛赫莎勒教授称，这种重组是新冠病毒强烈传播的结果。病毒传播的范围越广，就会出现越多的变种，遇到这种情况的机会就越大。特别是近期，传统病株正被具有强大传染力的英国发现的变种所取代，这一过程非常有利于新冠病毒发生“合体”。 　　一些病毒比其他病毒更容易发生这种重组。英国科学家在报告中称，“重组是冠状病毒进化的常见特征”。英国爱丁堡大学分子进化教授安德鲁·兰巴特在社交媒体上表示，新冠病毒发生重组“完全是预料之中的”。 　　考虑到新冠病毒的这种变异特性，玛赫莎勒教授认为，引发全球大流行的“始祖”新冠病毒就有可能是通过这种重组形式突变而来的。重组体的出现从各种角度来看，都不是好消息。“合体”可能将两种不同病毒所具备的特性结合在一起，具有强传染力的变种和具有高抵抗免疫系统能力的变种产生的重组体有可能结合这两种特性。 　　突破屏障扩展宿主 　　目前已知新冠病毒能够感染灵长类动物、仓鼠、水貂、猫等多种动物，其它动物则对该病毒具有天然抵抗力。自新冠疫情流行以来，老鼠已显示出对新冠病毒的抵抗力，作为新冠病毒的关键受体，老鼠的血管紧张素转换酶2（ACE2）与人类有很大差异，这种结构差异阻止了新冠病毒与细胞之间的充分接触。 　　但法国巴斯德研究所3月18日发表的一项研究表明，B.1.351和P.1等被世卫组织密切监视的“关注变种”（VOC）能够在实验室中通过自然方式感染小鼠，这与最初鉴定的新冠病毒的历史株不同。 　　目前尚不确定感染VOC新冠病毒的小鼠是否可以通过密切接触或气溶胶传染给未感染过新冠病毒的小鼠或人类。B.1.351和P.1将新冠病毒的宿主扩展到小鼠，并可能扩展到其它啮齿动物。 　　突变导致新冠病毒能更容易突破物种屏障，这种扩展宿主和跨物种传播的潜在能力为全球抗疫增加了更多不确定性。玛赫莎勒教授表示，各国必须开始对动物开展广泛监测，以避免新冠病毒发生进化飞跃，防止情况进一步复杂化。
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