《巴西亚马逊地区的新冠疫情是与地方性谱系病毒的持续存在和病毒谱系P.1的出现有关》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2021-06-07
  • 2021年5月25日,巴西的研究人员在线发表论文巴西亚马逊地区新冠疫情流行情况以及原因进行分析。亚马逊北部州是巴西受新冠疫情影响最严重的地区之一,并在2020年初和年末经历了两次呈指数增长。通过对2020年3月至2021年1月期间采样的来自不同城市的250个严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因组的基因组流行病学研究,研究人员发现第一个指数增长阶段主要是由B.1.195传播的,在2020年5月至6月之间逐渐被B.1.1.28取代。第二波疫情与变体(VOC)P.1的出现相关,它从2020年11月下旬由本地B.1.1.28进化而来。研究人员认为亚马逊地区的连续谱系更替是由不同水平的远距离社交措施和更具传染性的VOCP.1病毒的出现这两者复杂组合而产生的。这些数据为理解COVID-19流行潜在机制以及SARS-CoV-2VOCP.1在巴西乃至全球传播的风险提供了参考。

  • 原文来源:;https://www.nature.com/articles/s41591-021-01378-7
相关报告
  • 《新冠病毒谱系可能已在蝙蝠中传播几十年》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-08-04
    • 一个国际团队28日在英国期刊《自然·微生物学》发表报告说,新冠病毒可能在40至70年前从与之关系最紧密的蝙蝠病毒中分化出来,这意味着产生新冠病毒的病毒谱系可能已在蝙蝠中传播几十年了。 深入了解新冠病毒的演化历史有不小难度,因为不同病毒之间会交换遗传物质而重组,病毒基因组亚区可能起源于不同的祖先。已有的研究将蝙蝠病毒RaTG13鉴定为与新冠病毒关系最密切的病毒,也有研究在穿山甲体内发现了相似的冠状病毒。 来自美国宾夕法尼亚州立大学、英国爱丁堡大学、中国香港大学等机构的研究人员基于乙型冠状病毒支系B(新冠病毒所属的冠状病毒亚属)的基因组数据,分析了新冠病毒的演化历史。 研究人员采用了3种方法来鉴定未经历重组的以及可用于重构病毒演化历史的新冠病毒区域。所有方法均表明,RaTG13和新冠病毒拥有共同的单一祖先谱系,估计新冠病毒分别于1948年、1969年和1982年从乙型冠状病毒支系B中的蝙蝠病毒中分化出来。 这项研究还得出结论,虽然新冠病毒和穿山甲携带的有关病毒拥有一个共同祖先,而且穿山甲可能在新冠病毒从动物传给人类的过程中发挥了一定作用,但穿山甲不大可能是新冠病毒的中间宿主。 研究人员认为,新冠病毒分化时间长,表明可能存在未取样、具有潜在传染力的蝙蝠病毒谱系。同时,蝙蝠病毒谱系中病毒重组的现有多样性和动态过程,证明了要事先鉴定出有可能引发重大人类疫情的病毒相当困难。 报告通讯作者、宾夕法尼亚州立大学的马切伊·博尼指出,有关方面需要建立一个广泛、实时的监测系统,以便在感染病例数仍处于较低水平时,就及时发现像新冠病毒这样的病毒。
  • 《Science:巴西亚马逊地区多达四分之三的人口受到新冠病毒感染》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-12-14
    • 在一项新的研究中,来自巴西圣保罗大学、亚马逊血液学与血液治疗基金会、圣保罗血液中心基金会、英国帝国理工学院和牛津大学等研究机构的研究人员对巴西圣保罗(São Paulo)和玛瑙斯(Manaus)两座城市每月约1000份捐献的血样本进行检测,发现虽然这两座城市都经历了死亡率较高的COVID-19大流行病,但是玛瑙斯市多达四分之三的人口在3月至10月期间受到SARS-CoV-2冠状病毒感染,圣保罗市则有三分之一的人口受到感染。相关研究结果于2020年12月8日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic”。 具体而言,这些作者收集和分析了巴西马瑙斯市和圣保罗市献血者中SARS-CoV-2抗体流行率的数据,SARS-CoV-2抗体是一种表明先前感染的标志物。 这些作者指出,这些结果是基于数据的警告,说明在缺乏有效缓解措施的情况下,SARS-CoV-2传播的程度可能有多大。 巴西经历了一场由SARS-CoV-2引起的史无前例的疫情,迄今报告的病例数>650万,死亡人数>17.5万。该国北部的亚马逊地区受到的打击最为严重。在马瑙斯市,4月份死亡率迅速上升,不堪重负的卫生服务部门需要用公共墓地来埋葬死者。 论文共同通讯作者、牛津大学副教授、帝国理工学院讲师Nuno Faria教授说,“COVID-19在玛瑙斯市造成的巨大疾病和死亡负担,突显了戴口罩、社交距离和洗手以阻止感染在整个巴西传播的重要性,这些措施将通过对有危险的个人进行疫苗接种来加强,以最终保护整个人口。” 论文共同第一作者、圣保罗大学研究员Lewis Buss博士说,“马瑙斯市和圣保罗市的血库是受血者流行病学与捐献者研究(Recipient Epidemiology and Donors Study, REDS)的一部分,REDS提供了快速建立检测项目的基础设施。鉴于我们使用了剩余的献血样本,因此有可能产生一个长的时间序列(time series)来覆盖SARS-CoV-2在巴西传播的整个时期。” 论文共同通讯作者、圣保罗大学免疫学家Ester Sabino教授说,“目前拉丁美洲的感染率很高,我们发现亚马逊地区最大的城市大都市玛瑙斯的感染率特别高。玛瑙斯市对圣保罗市等其他城市是一个警告,如果圣保罗市也达到类似的感染水平,死亡人数可能会增加一倍以上。” 论文共同作者、亚马逊血液学与血液治疗基金会主任Maria do Socorro Carvalho博士说,“我们认为玛瑙斯市可以作为了解群体免疫和再感染的前哨。” 这些作者承认,献血者并不是人口的随机抽样,并不代表社会的所有阶层,尤其是儿童和老年人被排除在外。他们说,他们的结果可以谨慎地推断到符合条件的年龄段的人群。