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《PLOS提出5种提高研究可重复性和可信度的开放科学实践方法》

  • 来源专题：科技期刊发展智库
  • 编译者： 李涵霄
  • 发布时间：2022-10-14

  •   PLOS提出5种提高研究可重复性和可信度的开放科学实践方法。

    (1) 共享开放方法。研究的可重复性在于细节，仅基于一篇研究文章中的信息，很难对结果进行重现。因此，使研究中相关协议、代码或其他内容更易于访问，将有助于促进研究重用。

    (2) 完整记录和报告研究材料。材料对于研究可重复性的重要性与研究所使用的程序、协议和分析工具一样重要。在生命科学领域，材料设计分析报告（Materials Design Analysis Reporting，MDAR）清单为研究人员提供了一个用于记录和报告样本信息的框架。

    (3) 在公共存储库中发布开放数据。开放数据为研究人员提供了验证、复制和重现研究结果所需的详细信息。在公共存储库发布符合FAIR标准的数据集可以提高研究可发现性，并确保研究数据能够作为科学记录的一部分永久访问。

    (4) 发表补充材料或独家研究。当不同研究团队在同一时间获得相似结果时，会加强这两项研究的有效性，使其更加值得被公开共享。

    (5) 实施并发表验证性研究。验证、重现和重新分析此前的研究工作，可以强调原始研究的严谨性，增加其中细微差别，加深理解，并可以在必要时纠正研究内容。

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相关报告

  • 《不同学科间开放科学实践的差异》
    • 来源专题：科技期刊发展智库
    • 编译者：孟美任
    • 发布时间：2023-10-23
    • 不同的研究社群在交流其研究成果时有着不同的优先事项、需求、规范和挑战。因此，不同的主题和学科采用的开放科学实践也是不同的。开放科学指标（Open Science Indicators,OSI）以一种前所未有的方式揭示了不同学科采用开放科学的模式。PLOS根据最新的开放科学指标数据集，分享开放科学实践方面有关学科差异的初步观察结果。 关于本文的分析 OSI使用自然语言处理和人工智能技术识别和量化开放科学实践。数据集包括2019年1月1日至2023年3月31日期间PLOS发表的74,130篇研究论文，以及从PMC（PubMed Central)）中爬取的8,186篇开放获取论文作为对比数据。开放科学实践包括数据共享、代码共享和预印本发布。 OSI数据集的数据项包括每篇论文的DOI，因此很容易与索引和归档服务中使用的一系列分类标准进行匹配，从而获取学科数据。在本文分析中，选择了适用于维度数据的澳大利亚和新西兰标准研究分类法（Australian and New Zealand Standard Research Classification, ANZSRC）。由于它是一个开放的分类体系，因此可以很容易地提取和重建。 由于一篇论文可能属于多个主题，因此在分析中可能会被计算多次。 数据库的使用 虽然以任何形式共享的数据都有其价值，但数据库通常认定的黄金标准是实现最大程度的可发现性、可访问性和实用性。本文的分析重点是数据库的使用情况，但也可以通过OSI 数据集计算出广泛的数据共享率。 无论是在不同学科之间，还是同一学科下PLOS论文和对比论文之间，数据库的使用情况都大相径庭。就PLOS论文而言，数据库使用率最低的学科是健康科学（PLOS为19%，对比数据集为6%）和生物医学与临床科学（PLOS为19%，对比数据集为10%）。这两个学科都可能受到隐私因素的影响。此外，数据库使用率低于平均水平的学科有工程学、农业和地球科学，这些学科的专有数据很常见。在对比数据集上得到了类似但不完全相同的结果，使用率最低的是工程学（5%）和健康科学（6%）。 相反，信息与计算科学、心理学和生物科学的使用率较高。生物科学的使用率较高，而且PLOS与对比数据的使用率相似，这主要是由于学科规范和强制性的数据存档要求。参见图1。 在不同学科最常使用的数据库类型方面，生物科学、农业和生物医学与临床科学最有可能使用学科范围较窄的专业数据库，这可能是受到测序、遗传学、晶体学和大分子数据领域的强制性数据缴存的影响。参见图2。 图2 不同学科使用数据库的类型分析结果 （注:各主题在对比数据集中都包含超过100篇论文，与上图中的主题领域一致。涉及PLOS数据集中最常引用的15个数据库，在PLOS数据集中占94%，占对比数据集84%。每篇论文可能有不止一个与之相关的数据库，因此有些主题的总和超过了100%） 代码共享 用开放获取的代码充实研究文章可以加深理解、促进可重复性和再分析、增强可信度，并为其他研究人员节省时间和精力。 事实上，代码生成与代码共享的关系似乎并不密切。在代码生成率较高的主题领域，代码共享率分布广泛。例如，数学、信息与计算科学和物理科学的代码生成率和代码共享率都较高，而生物科学、环境科学和化学科学的代码生成率较高，但代码共享率却较低。 相反，代码共享行为似乎与数据库中共享的数据高度相关，这表明既定的数据共享规范（而非代码的普遍性/相关性）是决定性因素。参见图3。 预印本发布 预印本使研究人员能够更好地控制他们的科学交流，及早分享，以确立首发权、发布成果、寻求社区反馈、吸引读者群，并有助于申请基金、工作或终身职位。 作为2022年年终分析的一部分，本文还探讨了不同时期和不同地区的预印本发布模式。按学科对数据进行分析，在PLOS和对比数据中，生物科学的预印本发布率最高。生物学是PLOS发表论文最多的主题领域之一，而且生物学预印本平台bioRxiv也是PLOS第一个官方合作的平台。 PLOS还在生物医学与临床科学领域与medRxiv建立了预印本合作关系，最近又在地球与环境科学领域与EarthArXiv建立了合作关系，PLOS在这两个领域都有较多发文。值得注意的是，在生物医学和临床科学领域，PLOS与对比数据集的预印本发布率非常接近，能够在一定程度上说明，在这一学科中，便捷的发表方式对是否采用预印发布的影响较小。在地球与环境科学领域，预印本发布率普遍低于平均水平，而且与对比数据相比，各分支学科的预印本发布率也不尽相同。参见图4。 这只是OSI所开展的探索性研究，学科级开放科学数据的未来走向值得关注。
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  • 《FORRT和开放科学中心在开放和可重复研究实践中开展合作》
    • 来源专题：科技期刊发展智库
    • 编译者：孟美任
    • 发布时间：2023-10-23
    • 开放和可重复研究培训框架 (Framework for Open and Reproducible Research Training, FORRT)和开放科学中心 (Center for Open Science, COS)建立合作伙伴关系，旨在利用教育手段促进开放和可重复研究实践。 FORRT:革新研究培训 FORRT由2018年心理科学改进学会会议发起，是一个志愿者组织，由青年学者创立并为之服务，旨在将开放和可重复研究融入高等教育。主要包括以下三个目标: 1.与教育工作者一起，为高等教育逐步采用开放式学术实践开辟道路； 2.就强调开放性、认知不确定性和研究可信性的高等教育教学法的伦理和社会影响展开讨论； 3.促进对不同学术活动重要性的反思，并倡导对教育资源的更大认可。 通过关注透明度、可重复性和公正性，FORRT使教育工作者能够帮助学生和研究人员在选择和使用现有科学证据时做出明智的决策，并按照他们的道德和价值观行事。 团结力量，实现共同目标 在美国国家科学基金会(National Science Foundation，NSF)的支持下，开放式学术知识库 (Open Scholarship Knowledge Base, OSKB)建立了一个知识库平台和贡献者社区，以组织有关学术内容“开放什么”“为什么开放”“如何开放”等信息，以便于查找和申请。研究人员、教师、资助者、图书馆员和任何想要开放学术内容的人共同努力，为这个社区资源创建、编辑和管理数据集、课程计划、阅读材料、教学大纲和其他教育材料。在过去四年中，他们已经为社区组织了数百种资源。 COS已将OSKB上收集的资源（之前托管在OER Commons上）迁移到了FORRT，之前托管在知识共享开放教育资源网（OER Commons）上。目前，合并后的馆藏资源比FORRT 已经拥有的相当庞大的资源列表还要多60%。FORRT和OSKB资源的合并将使研究人员，特别是青年科学家能够获得集中的方式获取并提高开展严谨、透明的研究所需的知识和技能。即便NSF资助结束，OSKB社区的重要工作也可以通过FORRT继续进行。 目前，该资源库由800多种资源组成，涵盖从预登记到可重复分析等开放学术领域的各个主题。教育工作者和研究人员可以使用用户生成的关键字、作者姓名以及按主题领域（“FORRT集群”）进行过滤来搜索该资源库。 FORRT和COS还联手提高人们对开放和可重复研究实践重要性的认识。为此，2023年7月12日，COS和FORRT共同主办了一场关于开放教育资源和元科学的大团队科学网络研讨会，重点介绍了许多FORRT项目。 展望未来 FORRT与COS之间的合作关系标志着提高研究透明度、可重复性和协作性实践的一个重要里程碑。通过培养开放文化并为研究人员提供他们所需的工具和知识，这项合作将使科学界有能力在未来产生更有力、更可靠的证据。
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