为了研究中国最近爆发的SARS-CoV-2病毒的进化史，分析了从2019年12月24日至2020年2月3日期间从中国和其他地方采集的70个病毒株的基因组。为了探索SARS-CoV-2病毒的潜在中间宿主，对穿山甲病毒和蝙蝠SARS相关冠状病毒的代表性分离株的病毒组数据进行了分析，特别注意了spike糖蛋白基因。进行了系统发育，分裂网络，传输网络，似然图和基因组比较分析。基于尖端定年的贝叶斯时间标度系统发育分析，估计了SARS-CoV-2的最新共同祖先（TMRCA）时间和进化速率，分别为2019年11月22-24日和每年每个位点1.19-1.31×10-3个替换。结果显示，BetaCoV/bat/yunang/RaTG13/2013病毒与SARS-CoV-2病毒的相似性高于从两个穿山甲样本（SRR10168377和SRR10168378）获得的冠状病毒。还发现在SARS-CoV-2病毒中插入了一个独特的肽（PRRA），它可能参与细胞蛋白酶对spike蛋白的水解裂解，从而影响宿主范围和传播能力。有趣的是，穿山甲携带的冠状病毒没有RRAR基序。因此，得出结论，导致最近爆发COVID-19的SARS-CoV-2病毒并非直接来自穿山甲。
