2020年2月27日，武汉生物工程学院等机构的研究人员在Journal of Medical Virology上在线发表了一篇题目为“Evolutionary History, Potential Intermediate Animal Host, and Cross-Species Analyses of SARS-CoV-2”的文章。
文章指出，为调查中国近期暴发的SARS-CoV-2的进化史，研究人员分析了来自中国及其他地区的70个病毒株基因组，采样日期为2019年12月24日至2020年2月3日。为了探索SARS-CoV-2病毒的潜在中间宿主，研究人员又重新分析了来自穿山甲的病毒数据集和来自蝙蝠的典型SARS相关冠状病毒分离株，特别注意了刺突蛋白基因。同时研究人员对基因组进行了系统发育、分裂网络、传输网络、似然映射和比较分析。基于贝叶斯时间尺度系统发育分析的，估计了SARS-CoV-2最近的共同祖先（TMRCA）的时间和进化率，分别为为2019年11月22-24日和每年每个节点1.19-1.31×10–3个替换。结果还显示，与从两个穿山甲样本（SRR10168377和SRR10168378）中获得的冠状病毒相比，BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013病毒与SARS-CoV-2病毒更相似。研究人员在人类SARS-CoV-2病毒中还发现了的一种独特的多肽（PRRA）插入，它可能参与了细胞蛋白酶对刺突蛋白的蛋白水解切割，从而影响宿主范围和传播能力。有趣的是，穿山甲所携带的冠状病毒没有RRAR基序。因此，最终得出的结论是，导致近期暴发COVID-19的人类SARS-CoV-2病毒并非直接来自穿山甲。
