《意大利和法国科学家团队基于in silico分析研究ACE2基因多态性和SARS-CoV-2感染的个体易感性》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-05-10
  • 4月24日,bioRxiv发表了题为“ACE2 polymorphisms and individual susceptibility to SARS-CoV-2 infection: insights from an in silico study”的文章。
    目前COVID-19的流行似乎受到种族、地理和性别相关因素的影响,这些因素可能涉及对疾病的遗传易感性。与SARS-CoV相似,SARS-CoV-2利用血管紧张素转换酶2(ACE2)作为受体入侵细胞,尤其是肺泡上皮细胞II型。重要的是,ACE2基因具有高度多态性。在这个文章里,作者利用in silico方法分析了ACE2单核苷酸多态性(SNPs)对SARS-CoV-2棘突糖蛋白相互作用的可能影响。结果发现,世界上分布最广的两种SNP—S19P(在非洲人群中常见)和K26R(在欧洲人群中常见)是能够潜在影响ACE2与SARS-CoV-2相互作用的仅有的两种SNP。FireDock模拟表明,S19P可能降低、K26R可能增加ACE2对SARS-CoV-2的亲和力。这一发现表明,S19P可能具有遗传保护作用,K26R可能易患更严重的SARS-CoV-2疾病。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.23.057042v1
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    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-04-26
    • 信息名称:意大利和法国科学家团队基于in silico分析研究ACE2基因多态性和SARS-CoV-2感染的个体易感性 1.时间:2020年4月24日 2.机构或团队:意大利萨伦托大学、法国国家与健康医学研究院(INSERM)、法国尼斯大学、巴黎大学 3.事件概要: 4月24日,bioRxiv发表了题为“ACE2 polymorphisms and individual susceptibility to SARS-CoV-2 infection: insights from an in silico study”的文章。 目前COVID-19的流行似乎受到种族、地理和性别相关因素的影响,这些因素可能涉及对疾病的遗传易感性。与SARS-CoV相似,SARS-CoV-2利用血管紧张素转换酶2(ACE2)作为受体入侵细胞,尤其是肺泡上皮细胞II型。重要的是,ACE2基因具有高度多态性。在这个文章里,作者利用in silico方法分析了ACE2单核苷酸多态性(SNPs)对SARS-CoV-2棘突糖蛋白相互作用的可能影响。结果发现,世界上分布最广的两种SNP—S19P(在非洲人群中常见)和K26R(在欧洲人群中常见)是能够潜在影响ACE2与SARS-CoV-2相互作用的仅有的两种SNP。FireDock模拟表明,S19P可能降低、K26R可能增加ACE2对SARS-CoV-2的亲和力。这一发现表明,S19P可能具有遗传保护作用,K26R可能易患更严重的SARS-CoV-2疾病。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.23.057042v1
  • 《基因组分析显示,许多动物物种可能易受SARS-CoV-2感染》

    • 来源专题:生物安全网络监测与评估
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-08-27
    • 根据加州大学戴维斯分校的一项新研究,人类并不是唯一面临SARS-CoV-2潜在威胁的物种。SARS-CoV-2是导致COVID-19的新型冠状病毒。 一个国际科学家团队利用基因组分析,比较了该病毒在410种不同脊椎动物(包括鸟类、鱼类、两栖动物、爬行动物和哺乳动物)体内的主要细胞受体——血管紧张素转换酶-2 (ACE2)。 ACE2通常存在于许多不同类型的细胞和组织中,包括鼻、口和肺的上皮细胞。在人体中,ACE2蛋白的25个氨基酸对病毒的结合和进入细胞非常重要。 研究人员使用了ACE2蛋白的25个氨基酸序列,并将其预测的蛋白质结构与SARS-CoV-2刺突蛋白建模,以评估在不同物种的ACE2蛋白中发现了多少这些氨基酸。 这篇论文的第一作者、加州大学戴维斯分校的博士后研究助理Joana Damas说:“所有25个氨基酸残基与人类蛋白质相匹配的动物,预计通过ACE2感染SARS-CoV-2的风险最高。”“预计该物种的ACE2结合残留物与人类的差异越大,风险就会降低。” 大约40%可能对SARS-CoV-2敏感的物种被国际自然保护联盟列为“受威胁”物种,可能特别容易受到人-动物传播的伤害。这项研究发表在8月21日的《美国国家科学院院刊》上。 该研究的主要作者、加州大学戴维斯分校(UC Davis)进化与生态学的著名教授哈里斯·卢因(Harris Lewin)说:“这些数据为识别易受感染和面临SARS-CoV-2感染风险的动物种群提供了一个重要的起点。”“我们希望它能启发人们在大流行期间保护动物和人类健康的做法。” 濒危物种预计将面临危险 一些极度濒危的灵长类物种,如西部低地大猩猩、苏门答腊猩猩和北部白颊长臂猿,预计它们通过ACE2受体感染SARS-CoV-2的风险非常高。 其他被标记为高风险的动物包括海洋哺乳动物,如灰鲸和宽吻海豚,以及中国仓鼠。 家畜如猫、牛和羊的风险为中等,狗、马和猪与ACE2结合的风险较低。这与感染和疾病风险之间的关系需要未来的研究来确定,但对于那些已知的传染性数据的物种来说,相关性是很高的。 在记录在案的貂、猫、狗、仓鼠、狮子和老虎感染SARS-COV-2的病例中,病毒可能使用ACE2受体,也可能使用ACE2以外的受体进入宿主细胞。较低的结合倾向可转化为较低的感染倾向,或感染一旦形成,在动物体内或动物之间传播的能力较低。 由于动物有可能从人类身上感染这种新型冠状病毒,反之亦然,包括国家动物园和圣地亚哥动物园在内的机构都为这项研究提供了基因组材料,因此加强了保护动物和人类的项目。 “人畜共患疾病,如何预防人类动物传播并不是一个新挑战,动物园和动物保健专业人员,”合著者Klaus-Peter说Koepfli,高级研究科学家Smithsonian-Mason学院的保护和史密森保护生物学研究所前保护生物学家中心的物种生存和保护基因组学中心。“这些新信息让我们能够集中精力,制定相应计划,确保动物和人类的安全。” 这组作者强烈建议不要根据计算结果对动物的预测风险进行过度解释,并指出实际的风险只能通过额外的实验数据来证实。动物的名单可以在这里找到。 研究表明,SARS-CoV-2的直系祖先可能起源于一种蝙蝠。研究发现,蝙蝠通过ACE2受体感染新型冠状病毒的风险非常低,这与实际实验数据一致。 蝙蝠是直接将新型冠状病毒传染给人类,还是通过中间宿主传播尚不清楚,但这项研究支持了一个或多个中间宿主参与其中的观点。这些数据使研究人员能够确定哪些物种可能在野生环境中充当中间宿主,帮助控制未来在人类和动物种群中爆发的SARS-CoV-2感染。