靶向二代测序（NGS）可以快速、同时地检测与多个基因靶点的结核病药物耐药性相关的突变。如公开数据所述，使用靶向NGS诊断耐药结核病尚未得到全面评价。我们旨在确定诊断耐药结核病的靶向NGS检测方法，确定该技术的使用范围，并评估这些检测方法的诊断准确性。
在这项系统综述和荟萃分析中，我们检索了2005年1月1日至2022年10月14日期间，我们检索了MEDLINE、Embase、Cochrane图书馆、Web of Science Core Collection、Global Index Medicus、Google Scholar、ClinicalTrials.gov 和WHO国际临床试验注册平台，以获取关于靶向NGS治疗耐药结核病的已发表和未发表的报告，并在Embase和Google Scholar中更新了检索，直到2月13日。 2024. 符合系统评价条件的研究描述了使用初代样本、参考菌株收集或来自疑似或确诊结核病个体的培养分离株来预测结核分枝杆菌感染耐药性的靶向 NGS 方法。我们的检索对研究类型或语言没有限制，尽管只筛选了英语、德语和法语的报告。对于meta分析，我们纳入了使用任何参考标准的测试准确性研究，并使用诊断准确性研究质量评估-2工具评估了偏倚风险。meta分析的主要结局是与表型和基因型药物敏感性检测相比，靶向NGS诊断耐药结核病的敏感性和特异性。我们使用贝叶斯双变量模型来生成汇总受试者工作特征图和诊断准确性测量，总体并按药物和样本类型分层。这项研究已在CRD42022368707的PROSPERO注册。
我们确定并筛选了2920份报告，其中124份符合我们的系统评价条件，包括37篇综述文章和87份收集靶向NGS样本的研究报告。测序主要在美国（87 个中的 14 个 [16%]）、西欧（10 个 [11%]）、印度（10 个 [11%]）和中国（9 个 [10%]）进行。我们在meta分析中纳入了24项测试准确性研究，其中评估了23种不同的结核病药物或药物组，涵盖一线药物、注射用药和氟喹诺酮类药物，主要比较了靶向NGS与表型药物敏感性测试。靶向NGS在所有药物中的综合敏感性为94.1%（95%可信区间[CrI]：90.9-96.3），特异性为98.1%（97.0-98.9）。单个药物的敏感性范围从卷曲霉素的76.5%（52.5-92.3）到利福平的99.1%（98.3-99.7）;特异性范围为乙胺丁醇的93.1%（88.0-96.3）和阿米卡星的99.4%（98.3-99.8）。总体上，主要临床样本和培养分离株以及利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素和氟喹诺酮类药物的诊断准确性相似，排除高偏倚风险研究后诊断准确性相似（总体敏感性 95.2% [95% CrI 91.7–97.1]，特异性为 98.6% [97.4–99.3]）。
靶向NGS对检测结核病药物组的耐药性具有高度的灵敏度和特异性，可以直接在临床样本上进行。目前推荐的一些药物的性能数据很少。在高负担国家，阻碍使用靶向NGS诊断耐药结核病的障碍需要得到解决。
