欢迎收看2020年11月20日的《研究综述》(Research Roundup)，这是一篇由Broad Institute的科学家及其合作者发表的最新研究的重现快照。
从MUC1到COVID-19临床试验
正常情况下，MUC1会在肺部生成粘液，但过量的MUC1会导致与COVID-19相关的肺损伤。Maria Alimova, Eriene Sidhom，肾脏疾病计划的主任和协会成员Anna Greka和同事们重新分析了Greka实验室针对MUC1肾脏疾病(一种罕见的肾脏疾病)进行的药物再用途中心药物筛选的数据，发现了一种fda批准的名为fostamatinib的药物可以阻断这种蛋白质。该团队表明，该药物减少了人类细胞和急性肺损伤小鼠肺中的MUC1，这支持了目前在covid19患者中测试fostamatinib的两个临床试验的原理。阅读更多的细胞报告，医学和一个广泛的故事。
在SARS-CoV-2上亮灯
Jon Arizti Sanz、Catherine Freije和Cameron Myhrvold在传染病和微生物组项目(IDMP)、传染病基因组中心和研究所成员Pardis Sabeti的实验室工作，他们和同事使用SHERLOCK诊断技术开发了一种名为SHINE的COVID-19快速检测方法。这种测试不需要笨重的实验室设备，而且有一天可以在医院和实验室之外进行SARS-CoV-2的检测，它使用Cas13来检测SARS-CoV-2 RNA，与基于标准qpcr的测试相比有几个优势。它将病毒灭活步骤减少到10分钟，在稳定的温度下扩增病毒RNA(不需要某些设备)，并将扩增和检测结合在一个步骤中。阅读更多的自然通讯和一个广泛的故事。
乳腺癌的新观点
乳腺癌是一种多种多样的疾病，对医生和科学家来说，为患者量身定做有前景的治疗组合是一项挑战。使用NCI的临床肿瘤蛋白质组学分析财团(CPTAC),卡斯滕·克鲁格,Shankha Satpathy还,摩尼博士研究所科学家史蒂文•卡尔和迈克尔·吉列的蛋白质组学平台,与同事一起贝勒医学院和其他地方,进行全面的蛋白质组学和基因组——或者proteogenomic——分析的一套大型的乳房肿瘤。他们的发现发表在《细胞》杂志上，强调了新的肿瘤亚型、代谢弱点、免疫治疗机会等，并提出了蛋白质基因组学在癌症诊断和治疗计划中的作用。详情请参阅Broad/Baylor/CPTAC新闻稿。
深入挖掘可以发现差异
使用标准方法的种系遗传分析可以在一小部分癌症患者中识别罕见的致病性变异。由博士后学者Saud AlDubayan和Dana-Farber癌症研究所的副研究员Eliezer Van Allen领导的研究小组分析了数千名前列腺癌或黑色素瘤患者的种系数据，首先使用标准方法，然后使用深度变异，一种深度神经网络分析框架。他们发现，深度学习极大地增强了在数千种癌症易感性和其他临床相关基因中发现有益种系变异的能力。在达纳-法伯的视频，tweeter和JAMA了解更多。
微生物基因组
研究微生物CRISPR系统的不依赖于培养的方法，如宏基因组学，可以揭示尚未探索的CRISPR系统多样性。由相关研究人员菲利普·蒙克、亥姆霍兹感染研究中心的爱丽丝·姆查迪和哈佛大学公共卫生学院的IDMP准成员柯蒂斯·哈坦豪尔领导的研究小组使用2355个元基因组分析了人体微生物组中的CRISPR位点和cas基因。科学家们发现了近300万个独特的CRISPR空间，将已知的多样性增加了13倍，口腔栖息地的CRISPR负载高于肠道/泌尿生殖部位。在《细胞宿主与微生物》中描述了这项工作，它提供了人类微生物群系中天然CRISPR-cas位点和靶点的地图。
建立它们，摧毁它们
靶向降解是一种很有前途的方法来攻击各种癌症目标。靶向降解是一种小分子诱骗癌细胞破坏其赖以生存的蛋白质。在《自然》杂志上，来自癌症项目的研究人员和Dana-Farber，包括Mikolaj Slabicki, Hojong Yoon, Jonas Koeppel，研究所成员Benjamin Ebert和Eric Fischer讨论了触发蛋白质降解的一种新机制，即化合物诱导其目标形成聚合物，然后由细胞处理系统降解。这个动画展示了一种名为BI-3802的化合物是如何使用这种药物诱导聚合机制来清除细胞中的BCL6的，BCL6是一种淋巴管相关的转录因子。
肝脏是如何恢复的
肝脏在受伤后具有不可思议的再生能力。然而，在进行这一进程的同时，它必须仍然保持重要的功能。通过使用单细胞RNA测序、原位转录和蛋白质组分析以及小鼠的敲除模型，Chad Walesky (BWH)、Kellie Kolb (MIT)、研究所成员Alex Shalek、代谢项目副成员Wolfram Goessling及其同事已经揭示了使这一功能得以持续的机制。受损后留在肝脏的细胞会暂时增加关键基因的表达，并改变其正常的区域特异性功能，以弥补失去的细胞，而肝脏内的其他细胞则控制新组织的生长。详情请阅读《自然通讯》。
在美国航空志愿队(飞虎队)
在质谱分析中，数据独立采集(DIA)有潜力全面分析生物样品中超过仪器检测极限的所有肽。然而，在DIA数据分析中仍然存在一些挑战，每种分析工具都显示出可检测肽和定量结果的可变性。为了解决这些差异，研究科学家Sebastian Vaca, Steven Carr，蛋白质组学平台访问科学家Jacob Jaffe (Inzen Therapeutics)和其他人设计了AvG，一个用于抛光DIA数据的模块化工具。在《自然方法》中，他们报道了AvG使DIA信号达到最高的灵敏度、选择性和准确性水平。
非整倍体可以保护癌细胞
癌细胞通常拥有异常数量的染色体，这种情况被称为非整倍体。在许多癌症类型中，非整倍体与细胞增殖缓慢和患者预后不良矛盾地相关。约翰迈克尔Replogle领导的研究小组(麻省理工学院),准会员Angelika Amon,和他的同事们调查了这些观察的潜在机制,非整倍体对细胞分裂的影响,发现实际上增加了抵抗前线化疗:扩散放缓下来减少了药物能破坏癌细胞的DNA和微管。
