《重庆研究院在数据驱动的蓝藻水华认知上取得系列进展》

  • 来源专题:长江流域资源与环境知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: lifs
  • 发布时间:2020-06-04
  • 目前,中国科学院重庆研究院大数据挖掘及应用中心与中国科学院水生所宋立荣研究员课题组合作,尝试将人工智能方法与水生态问题进行融合,利用概率图模型方法对我国大中型浅水湖泊蓝藻水华数据进行深入挖掘分析,相关研究成果以论文形式发表在海洋湖沼学领域知名刊物《 Harmful Algae 》上,研究结果将有助于科学认知蓝藻水华的演变风险,为大型水体生态系统的长效恢复提供参考。 随着全球气候变化和水体富营养化加剧,蓝藻水华暴发已变成世界性的生态环境问题。监测蓝藻水华的动态变化、解析水华生消过程的驱动因子,将有助于重要水体水质目标管理、预防和控制有害水华的发生。以往研究常聚焦于蓝藻生物量的时空分布,而关于水华优势种内部的演替模式,尚未受到足够关注;在解析真实环境中固氮 - 非固氮、产毒 - 非产毒蓝藻共存与竞争机制上,亦缺乏足够的研究手段。 研究表明,首先,研究围绕野外大尺度现场数据挖掘分析,提出含隐变量的结构方程模型,量化温度、光强、营养盐、浮游动物及它们的交互作用对蓝藻水华优势种演替的驱动机制(微囊藻 - 鱼腥藻 - 束丝藻),证实微囊藻生物量变化主要受到水温和总磷浓度调控,丝状蓝藻生物量依赖于具体的水体生境条件(图 1 )。其次,利用贝叶斯网络模型,建立了环境因子与蓝藻生物量及产毒能力的因果关联,检验出水温、光强和氮浓度依次为影响毒素浓度的关键因子,从毒素控制角度强调了氮磷双控的控制策略(图 2 )。最后,利用贝叶斯推断方法对我国“三湖”氮、磷营养盐的控制浓度进行估算,强调气候变暖会影响营养盐标准的参考阈值。 该研究得到十二五国家科技重大专项“水体污染防治与治理” ( 2014ZX07104-006 )、国家自然科学基金( 51609229 ) 、重庆市自然科学基金及重庆市社会事业与民生保障等课题的联合资助( cstc2017jcyjAX0241; cstc2018jscx-msybX0175 )。 相关论文链接: 1. Kun Shan # , Mingsheng Shang, Botian Zhou, Lin Li, Xiaoxiao Wang, Hong Yang, Lirong Song. Application of Bayesian network including Microcystis morphospecies for microcystin risk assessment in three cyanobacterial bloom-plagued lakes. Harmful Algae, 2019, 83, 14-24. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1568988319300113 2. Kun Shan # , Xiaoxiao Wang, Hong Yang, Botian Zhou, Lirong Song, Mingsheng Shang. Use statistical machine learning to detect nutrient thresholds in Microcystis blooms and microcystin management. Harmful Algae, 2020, 94, 101807. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S156898832030086X 3. Kun Shan # , Lirong Song, Wei Chen, Lin Li, Liming Liu, Yanlong Wu, Yunlu Jia, Qichao Zhou, Liang Peng. Analysis of environmental drivers influencing interspecific variations and associations among bloom-forming cyanobacteria in large, shallow eutrophic lakes. Harmful Algae, 2019, 84, 84-94. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1568988319300198 蓝藻水华优势种与不同环境因子间相互关系 基于贝叶斯网络的微囊藻及藻毒素风险评估模型

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    • . 2017-09-20 编辑:信息所大数据挖掘机应用中心 大 中 小 .   日前,重庆研究院大数据挖掘及应用中心在水库水体富营养化研究中取得系列进展,相关 研究成果发表在 Ecological Indicators 、 Chemometrics and intelligent laboratory systems 和 Water Resources Management 等期刊上。研究获得国家科技重大专项“水体污染防治与治理”项目、中国科学院率先行动相关人才计划项目和国家自然科学基金项目的支持。 富营养化是一种氮、磷等营养盐含量过多所引起的全球性水环境问题,受到世界各国政府和学者的高度关注。 为有效防止富营养化的发生,保障水体的正常功能,对富营养化程度进行科学评价是一个重要前提。它是水环境科学管理的基本手段,可为富营养化的防治提供决策依据。 在富营养化评价中通常会面临三种问题:   一是知识冗余及其不确定性问题:由于影响富营养状态的因素众多并具有很多不确定性,这种冗余和不确定性来源多个方面,如不同地域间的影响因素不同,以及人为活动和社会经济不同等;二是监测数据的获取具有一定的随机性:包括监测人员的个体操作差异、统计方法的选用差异以及监测仪器的精度差异和故障问题;三是监测数据的获取成本: 在富营养化评价中,各监测指标数据的获取代价并不相同,如总磷 ( TP ) 、总氮 ( TN ) 和高锰酸盐指数 ( CODMn ) 的在线监测需要消耗大量试剂和能量用于复杂的消解过程,因而其获取代价高于叶绿素 a( Chl-a ) 、透明度 ( SD ) 等指标。   针对以上三种问题, 研究团队分别提出了一种粗糙集与多维云模型的混合模型、一种动态的奇异粗糙集模型和一种基于半监督分类技术的富营养化评价模型。与主流富营养化评价模型比较,上述模型从信息科学角度出发,实现了高质量的富营养化评价,主要体现在:( 1 )评价结果优于主流分类及富营养评价模型。其不仅能评价富营养级别,还能预测富营养状态值,预测效果理想;( 2 )能协助专家在区域内的所有水华异常项中分析出某次水华前兆异常项的最小集合,减小了问题求解规模,为水华预测提供了客观依据,以此辅助决策者快速准确的评估水质以及估计其发展趋势。( 3 )不仅 能针对实时监测大数据实现快速评价处理,还能利用部分低代价监测指标帮助或取代部分高代价监测指标实现富营养化的准确评价。本系列项目研究成果将有助于对大型水库富营养化问题的科学认知评价和监测预警。    论文链接:   1 . http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1470160X17303461?_rdoc=1&_fmt=high&_origin=gateway&_docanchor=&md5=b8429449ccfc9c30159a5f9aeaa92ffb   2 . http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28e9b35ed8c16144a6ec6f1e43aa8869ca%29&filter=sc_long_sign&tn=SE_xueshusource_2kduw22v&sc_vurl=http%3A%2F%2Fwww.sciencedirect.com%2Fscience%2Farticle%2Fpii%2FS0169743917300850&ie=utf-8&sc_us=8358941143496873497   3 . http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28af9820a585fc1b683236fac9dabe2039%29&filter=sc_long_sign&tn=SE_xueshusource_2kduw22v&sc_vurl=http%3A%2F%2Flink.springer.com%2F10.1007%2Fs11269-017-1579-8&ie=utf-8&sc_us=6806749988936586749
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    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-03-24
    • 近日,中国科学院水生生物研究所研究员张承才团队在蓝藻细胞生物学研究中取得重要进展。相关研究成果以A c-di-GMP binding effector controls cell size in a cyanobacterium(《环状双鸟苷酸受体蛋白调控蓝藻细胞尺寸》)为题,在线发表在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上。这是继该团队发表关于细胞分裂和发育的协调机制的研究(Xing et al., PNAS 119 :e e2207963119, 2022;Liu, Xing et al., PNAS Nexus 2: pgac307,2023)后的又一项重要成果。   蓝藻(Cyanobacteria)是地球上古老的放氧光合生物。不同种属的蓝藻细胞尺寸和形态多样,但同一种的蓝藻细胞在这些特性上具有稳定性。基于蓝藻在生物能源、制药、生物合成等领域的利用潜力,探索决定其细胞形态和尺寸稳态的内在机制,对采取合成生物学手段定制化构建具有应用前景的蓝藻细胞意义重大(如图)。   张承才团队长期致力于原核生物细胞形态形成相关的基础生物学研究、蓝藻生物技术以及水华蓝藻治理相关的合成生物学研究。该团队利用蓝藻,研究细胞的分裂、尺寸、分化及其之间的关系,以期建立细胞形态发生的分子机制。   前期研究发现细菌中的第二信使环状双鸟苷酸(c-di-GMP)作为信号分子在蓝藻中参与细胞尺寸的调控(Microbiology Spectrum,2023,11 : e0422822)。而蓝藻中c-di-GMP的受体未知,也不具备其他物种中已知的同源受体,这限制了对c-di-GMP在蓝藻中的功能的认知。该团队借助生物化学、分子遗传学、结构生物学等研究手段,鉴定到蓝藻中第一个c-di-GMP受体CdgR(c-di-GMP receptor),证明了c-di-GMP信号通过CdgR来调控蓝藻细胞尺寸,揭示了CdgR结合c-di-GMP及其信号转导机制,并鉴定了相关信号途径。该途径的某些突变能够产生致死表型,表明其具有重要的生物功能。基于CdgR在蓝藻中高度保守,该工作将推动在蓝藻中对c-di-GMP信使的功能研究,包括光调控、生物膜形成、细胞迁移、蓝藻水华爆发等重要生理现象的分子机制。          研究工作得到国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金重大研究计划项目、中国科学院青年创新促进会、中国科学院稳定支持基础研究领域青年团队计划等的支持。