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《基因电路调控新开关》

  • 来源专题：生物科技领域知识集成服务
  • 编译者： 陈方
  • 发布时间：2020-04-08

  • 合成生物学的目标之一是提供一种工程驱动的方法，利用具有良好特征的模块部件来构建具有复杂和新颖功能的生物实体。精确和可编程的基因表达控制在许多合成生物学应用和生物技术中变得越来越重要。构建工程复杂系统的一个基本要求是大量模块化的、可编程的、同质化的、可预测的和易于组合的调节元件。蛋白质调节元件的特殊性质对它们在电路中的应用提出了挑战。RNA分子由于其可预测的碱基配对规则且具有良好的热力学特性，可以替代蛋白质调节元件来构建具有更好的可编程性和可组合性的遗传电路。当前已经开发出了一系列基于RNA的调节元件，hok/sok、pT181和IS10反义系统分别用于翻译激活、转录衰减、翻译抑制。
    为了扩大基于RNA的调控潜力，美国哈佛大学威斯生物启发工程研究所和亚利桑那州立大学研究者使用新的RNA设计方法开发了两个具有传感和逻辑能力的高性能翻译阻遏元件——toehold抑制子和三向连接抑制子（three-way junction，3WJ）。这两个合成的可编程阻遏物元件，可以响应几乎所有触发核苷酸序列，将合成生物学电路中输出蛋白的产生降低达300倍。研究者利用前向自动化工程技术，提高了toehold抑制因子的动态范围，并利用SHAPE-Seq法确定了3WJ抑制因子在活细胞中的切换机制。研究人员在复杂分子逻辑板上的通用NAND（NOT-AND）和NOR（NOT-OR）门中组合形成了多达四个阻抑元件。这些优良的性能使toehold和3WJ阻遏元件有望成为生物技术应用的新工具。该研究发表在2019年11月4日的《自然-化学生物学》上。

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相关报告

  • 《生物物理所揭示THF-II核糖开关识别配体和调控基因翻译的结构机制》
    • 来源专题：转基因生物新品种培育
    • 编译者：姜丽华
    • 发布时间：2023-02-08
    • 四氢叶酸（Tetrahydrofolate, THF）及其衍生物，统称为叶酸，是体内一碳基团转移酶系的辅酶，可作为一碳基团的载体参与多种生物活性物质的合成，因而在几乎所有生命形式的正常细胞代谢中必不可少。在大多数植物、大部分真菌、细菌和古菌中，叶酸可经由相似的生物合成途径“从头（de novo）合成”。而人体不能合成叶酸，必须完全依赖外源性供给。叶酸摄入缺乏可导致多种疾病，如贫血、胎儿畸形、心血管疾病、神经系统疾病等。因而，叶酸的生物合成与代谢途径已成为开发抗细菌和真菌药物的热门靶点。   在细菌中，与多种关键代谢途径相关基因的表达受到被称为核糖开关（Riboswitch）的结构化RNA元件的调控。核糖开关是主要位于细菌mRNA 5’非翻译区的顺式作用RNA元件，结构通常可分为适配体结构域及下游的表达平台结构域。核糖开关发挥生理功能通常不依赖于蛋白因子，适配体结构域可通过结合配体（如氨基酸/核苷酸及其衍生物、离子、tRNA等）或响应环境变化（温度，pH等）诱导表达平台结构域发生构象变化，进而在转录水平或翻译水平对下游基因的表达进行调控。目前鉴定发现的核糖开关已超过40种。其中，可识别THF及其类似物的核糖开关可分为两类（THF-I和THF-II）。THF-I于2010年被发现，主要存在于革兰氏阳性细菌，晶体结构已于2011年被解析。THF-I含有4个双螺旋结构和2个THF结合位点（位点FA3WJ和FAPK），其中双螺旋P2, P3, P4形成倒置的“三支路”结构被一个长程假结（Pseudoknot）相互作用所稳定。通过解析晶体结构，人们揭示了THF-1识别配体和调控基因表达的分子机理。2019年，人们又于革兰氏阴性细菌中鉴定了一类全新的可识别THF及其类似物并在翻译水平调控基因表达的核糖开关，被命名为THF-II。与THF-I完全不同，THF-II具更简单的结构，仅包含2个双螺旋结构，且无明显可区分的适配体结构域和表达平台结构域界限，在双螺旋结构P1的右臂则存在一个核糖体结合位点（RBS）。然而，THF-II识别配体和调控基因表达的机制仍不清楚。   1月9日，中国科学院生物物理研究所研究员方显杨课题组在Nucleic Acids Research上，在线发表了题为《II型四氢叶酸核糖开关调控基因翻译的结构基础》（Structural insights into translation regulation by the THF-II riboswitch）的研究论文，报道了第二类可特异性结合THF及其类似物的天然核糖开关THF-II的三维结构，揭示了THF-II核糖开关识别配体和调控基因翻译的结构机制。   科研人员利用等温滴定量热法研究了镁离子对THF-II与配体（如THF）结合的重要影响，通过优化RNA序列进行结晶筛选，应用X射线晶体学方法解析了THF-II与不同配体形成复合物及C22G突变体的无配体结合状态下的高分辨率结构。晶体结构表明，THF-II的两个双螺旋P1，P2及THF-II连接区通过共轴堆积形成长棒状结构，位于连接区的保守嘧啶（J12的C22，J21的U44）通过与四氢叶酸及四氢叶酸类似物的蝶呤环部分形成6对氢键相互作用进行识别，识别模式与THF-I的FAPK类似（图A）。科研人员结合小角X射线散射（Small angle X-ray scattering），定点突变和寡核苷酸介导的核糖核酸酶H酶切实验（Oligonucleotide-directed RNase H cleavage assay），研究了镁离子和配体结合对THF-II的折叠，构象动态以及位于P1的RBS的可及性的影响（图B）。基于相关实验结果，科研人员提出了THF-II核糖开关调控基因翻译的模型（图C）：在没有镁离子时，RNA处于去折叠的状态，此时无法结合配体；镁离子的结合可极大促进RNA的折叠使RNA获得配体结合能力，但此时共轴堆积的结构尚未形成，RBS暴露程度较高，核糖体可与之结合，介导下游基因翻译起始；当配体结合后，类似于晶体结构中THF-II的共轴堆积结构形成， RBS的暴露程度极大降低，核糖体无法与之结合，下游基因翻译停止。   研究通过整合多种研究方法(X射线晶体学、小角X射线散射、等温滴定量热以及RNase H切割实验等，深入研究了一类具简单结构的THF核糖开关的高级结构、构象动态与相互作用，揭示了THF核糖开关特异性识别配体及在翻译水平调控基因表达的分子基础。该研究成果也可为功能RNA的从头设计、开发基于核糖开关的RNA传感器、靶向RNA的小分子药物设计等研究提供重要参考。   研究工作得到国家自然科学基金委、北京市生物结构前沿中心、清华大学X射线晶体学平台、清华大学药学中心活性筛选平台、上海同步辐射光源BL18U1和BL19U1线站、美国阿贡国家实验室12-ID-B线站的支持。
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  • 《植物所等发现新水稻谷粒大小调控开关》
    • 来源专题：转基因生物新品种培育
    • 编译者：zhangyi8606
    • 发布时间：2018-04-13
    • 水稻是我国三大主粮之一，其谷粒大小和形状（粒型）决定稻米的产量和外观品质。近十年来，水稻粒型调控机理研究取得了较大的进展，许多重要粒型基因被克隆和研究。但目前已知的多数粒型基因难以归类到已知调控途径，报道的信号通路信息也呈现片断化的特点，极大限制了对粒型调控分子机理的认识，制约了其在作物高产优质分子育种中的应用。 近日，中国科学院植物研究所宋献军研究组与中国水稻研究所庄杰云研究组合作，借助现代高通量SLAF测序技术，在水稻中鉴定到超过40个粒型和产量QTL位点。在此基础上，研究人员定位并克隆了一个控制谷粒长度和产量的基因TGW3，该基因编码一个类似于GSK3/SHAGGY的激酶TGW3。研究发现，TGW3是谷粒大小的负向调节因子，能够通过增加颖壳细胞大小、减少细胞数目，从而使颖壳变长，谷粒变大、变重；TGW3的大粒等位基因的第三内含子核苷酸碱基发生转变，改变其mRNA的剪切方式，导致其第三和第四外显子的丢失，其编码蛋白丧失形成二聚体的功能。通过水稻种质资源序列测定分析，研究人员找到了其他两个具有长粒表型的遗传材料，其编码序列与本次发现的大粒亲本相同，显示了该基因位点的稀缺性。进一步研究表明，TGW3位点在水稻驯化过程中，并没有受到人工的选择，将其大粒等位基因TGW3JZ导入主栽品种“黄华占”中可以提高产量10%以上，显示了该位点在水稻高产育种中具有较好的利用潜力。 该研究深入揭示了水稻超大粒的遗传构成，并找到一个新的谷粒大小调控开关，为深入研究作物粒型调控的分子机制和遗传调控网络提供了新的切入点，对高产、优质作物的分子育种具有重要意义。 相关研究成果发表在Molecular Plant上。中国水稻研究所副研究员应杰政、植物所宋献军组博士研究生马铭和硕士研究生白琛为论文共同第一作者，研究员宋献军为通讯作者。该研究得到了中国科学院“分子模块设计育种创新体系先导科技专项”和国家自然科学基金项目资助。
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