截至2017年底，全国295个地级及以上城市共排查确认黑臭水体2100个，其中轻度黑臭的有1390个，占66.2%，重度黑臭的有710个，占33.8%。实施城市黑臭水体整治专项行动以来，各地按照《城市黑臭水体治理攻坚战实施方案》要求，加快补齐城市环境基础设施短板，黑臭水体治理取得积极进展，但部分城市整治进展滞后，治理任务十分繁重。截至2019年底，全国295个地级及以上城市（不含州、盟）共有黑臭水体2899个，消除数量2513个，消除比例86.7%。其中，36个重点城市（直辖市、省会城市、计划单列市）有黑臭水体1063个，消除数量1023个，消除比例96.2%；259个其他地级城市有黑臭水体1836个，消除数量1490个，消除比例81.2%。全国共有57个城市黑臭水体消除比例低于80%。
截至2019年底，长江经济带110个地级及以上城市共有黑臭水体1372个，消除87.0%，其中12个重点城市消除95.6%，其他地级城市消除84.3%。黄河流域49个地级及以上城市共有黑臭水体253个，消除88.5%。一是控源截污不到位。主要存在城镇污水管网不配套、污水处理能力不足、存在非法排污口、截流的污水未经处理异地排放、雨污合流等问题。
二是垃圾收集转运、处理处置措施不到位。黑臭水体河面存在大面积漂浮物，河岸存在大量随意堆放的垃圾，部分堆放点管理差，垃圾无人清理，雨水冲刷导致垃圾进入河道。
三是内源污染未得到有效解决。部分黑臭水体存在内源污染问题，重污染底泥没有得到有效清除，已完成整治的河道依然存在大面积的翻泥现象，清淤底泥随意堆放，易造成二次污染。
