根据2014年4月20日发表于NatureClimateChange期刊的文章《来源于作物秸秆的生物燃料可以减少土壤碳并增加CO2排放》（BiofuelsfromCropResiduecanReduceSoilCarbonandIncreaseCO2Emissions），利用作物残余物质来生产乙醇与其他生物燃料可以减少土壤中的碳，与生产的燃料相比，其产生的温室气体更多。这一由美国内布拉斯加大学林肯分校（UniversityofNebraska-Lincoln）的研究人员组成的研究小组得出的结论，让人对是否可以利用谷类作物秸秆，通过扩大乙醇生产来减少温室气体排放的作法来实现美国联邦的任务产生怀疑。
研究人员利用内布拉斯加大学林肯分校霍兰德计算中心（HollandComputingCenter）的超级计算机模型，评估了大农业带中12个州的1.28亿英亩耕地中作物秸秆物质移除的效果。研究团队发现，从玉米田中移除秸秆，每兆焦生物燃料生产则额外产生了50~70gCO2。利用5年平均数据，每兆焦生物燃料生产每年产生的CO2排放约100g，这比汽油生产排放的CO2高7%。
为了减缓CO2排放的增加与土壤中碳的减少，研究建议种植覆土作物来弥补土壤中的碳，纤维乙醇生产也可以用其他的原料来代替，如多年生草本或者木材参与物质，或者从生物燃料生产工厂输出电力来补偿燃煤电厂的排放。其他可能的替代方案是按照2012年平均燃油经济性标准开发燃料效率更高的汽车并显著降低国家的燃料需求。
到目前为止，科学家并没有完全量化出作物收获后移除作物秸秆使土壤中的碳损失了多少，这受到了玉米田中CO2测量的限制，这主要因为每年的碳损失相对较小、测量困难、缺乏一个结合地理空间分析的成熟模型评估CO2排放等因素造成的。
而之前人们一直认为，生物燃料是更加清洁的石油替代品，可以减缓气候变化。玉米秸秆（秆茎、叶、玉米棒芯等）一直被认为是木质纤维乙醇的来源。美国能源部曾在联邦基金内提供了10亿美元来支持纤维质生物燃料的研究与开发，包括玉米秸秆的乙醇生产。
